土营，领兵三千名（「漳州府志」。「郡国利病书」云：『嘉靖二十八年军兴，设参将一人。三十五年，益以水陆参将一人。三十八年，请分三路为三将军。其驻漳者为南路，所辖自诏安至广东界，北达祥芝，盖镇漳而兼控泉也。先南澳尚未开府，每遇汛期，专驻悬钟；后南澳既设，移驻铜山。万历二十年，议者谓偏处一方，移驻鹭门居中调度焉）。
按明制卫所军士，以五千六百名为一卫、一千一百二十人为一所、一百一十名为百户所。每百户内设总旗二名、小旗十名，大小相维，编成队伍（「筹海图编」云：『每百户所旗军一百一十有二，千户所一千一百二十。卫列五所及卫镇抚，凡五千五百有奇』）。卫兵有三：曰征操军（「府志」作往操）、曰屯旗军、曰屯粮军。征操军，入则守城以时训练，谓之见操军；出则按季践更，谓之出海车。屯旗军者，奉红牌及样田事例之屯军也。屯粮军者，屯田军也。洪武初，以开国靖难之人为之，或简户丁、或调他省、或配有罪籍为军，曰卫兵；亦宋人禁兵之意也。二十一年，周德兴制福、兴、泉、漳四郡民为兵，于是沿海有军卫。卫所初定，民未习水土，率潜离城戍。二十五年，互调其军于诸卫。嗣后，八月更代哨守，皆卫所军。至嘉靖间，五寨水军，另募充数。隆庆初，设浯铜游兵。天启初，又设游击，兼统之。于是卫与寨分，卫所但拨贴水、寨驾船军耳（「闽书」、「府志」）。
明初，永、泉二卫有归附军、有投充军、有谪发军、有改调军。定制：支粮八斗为差操正军，加行粮四斗为出海备倭军、六斗为只身纪录军、二斗为老弱存恤军。后又分三分守城、七分屯种；粮出于所种田，而以余粮输官，为不支屯粮军。太平日久，军政不修；屯既失额，操复缺伍。于是抽选于军伍以备团练，谓之余丁军；招集于市井，谓之募兵；动调于各省，谓之客兵（戚继光以浙江义乌兵与倭战有功，增募为新营分置。万历时，以饷绌，裁）；调之湖广等处，谓之狼家兵；又增添于旧制之外，为一乡防守，谓之民兵（弓兵之外，又招民壮，分三种），亦曰乡兵、机兵（隆庆「府志」）。水寨本皆本地兵，原无客兵名目；嘉靖间，设参将、游击，始带领各处客兵（「郡国利病书」）。
水寨军，分三班更迭。月粮之外，加给行粮。上班，今年二月上、明年二月下，下班替之；中班，今年八月上、明年八月下，上班替之；下班，明年八月上、后年二月下，中班替之。三番轮流，大约一年有半年休息。休息者，月办料银一钱，以修战船。千户以下轮班，如各军士之法（「府志」）。
水寨汛地，岱屿以南、接于漳州，浯屿寨辖之（「备倭记」云：『大担、旧浯屿、默林、圳上、围头、白沙、料罗、金门、乌沙、曾厝埯、南风湾，为浯屿寨要害』）。嘉靖四十二年，以兵船一■〈舟宗〉湄洲屯剳，一■〈舟宗〉直到料罗屯剳，圳上一带量拨巡哨。寇至，则全力守湄洲，而于平海卫前与南日会哨铜山；又守旧浯屿，而于担屿，与浯屿会哨。万历间，浯屿寨分兵四哨；出汛时，一屯料罗、一屯围头、一屯崇武、一屯永宁。每汛与铜山、南日两寨及浯铜游兵合哨，稽风传筹。浯铜游兵分二哨：一屯旧浯屿、一屯担屿；每汛与浯屿兵合哨。惟澎湖游兵，专过澎湖防汛。春以清明前十日出，三个月收；冬以霜降前十日出，二个月收。收毕日，军士放班；其看船兵，拨汛地小防（「府志」。「漳州志」：『明防海，以三、四、五月为大汛，九、十月为小汛。盖倭从东北入寇福建，清明后风多东北，且积久不变；五月则风自南来，重阳后亦有东北风，至十月则风自西北来。故设防以风为准）。
水寨战船，原出卫所；后广募民舰。旋设舟师于五寨之外，分有十六澳；船不加多，力分势寡。嘉靖四十三年，复水寨之旧。每寨设兵船三十二只，用兵二千二百名；以把总领之，属总兵官统督、监军道监督（「府志」。按明「会典」：『一卫五所，共船五十只；一所十船，一船旗军一百名。船有亏折、有司补造；损者，军自修理。所中左应有额设兵船十只』。「府志」仅载水寨游兵船额，而于卫所未详；补以备考）。
海澄高浦、圭屿，皆非厦门地。自国初设提督于海澄，迄今皆水师提标汛守。附载其略：海澄旧机兵营在县城东，初设额兵五百名。万历间，存四百名，分为四哨：陆三哨、水一哨；卫所官领之。后改三哨，水兵用土著、陆兵用浙兵；名色把总领之。海澄游，原设南路标海澄游。兵四百五名、哨船十二只，领以名色把总一员。后止存兵一百五十二名、哨船五只。崇祯元年，以见兵为水兵，募勇土兵三百二名为陆兵，匀其粮，申改为海澄游，筑溪尾城戍之。二年，筑大泥铳城；以海澄标游兵一百名、增募土兵五十名戍之。造小快船五只，分配水兵巡哨内港。后更造五只，合为十只；分为四哨，水、陆并行。圭屿，万历间筑腰城，募土兵守之。天启七年，又拨海澄标游兵哨守，额数随时增减不定（以上俱「漳州府志」）。
洪武二十年，城高浦；置高浦千户所正副千户、百户、镇抚各一员，操海、屯种、旗军