旧额一千二百五十八名。万历时，存操海军六百二名、屯种军一百九十四名。营房一千二十五间，在所城内（「泉州府志」）。
职官裁设
国朝顺治三年，设提督；统辖全省水陆军务。驻泉州。
康熙元年，专设水师提督及提标官，驻海澄。又设右路水师总兵官并镇标官。裁海澄总兵官，增设水师副将一员。
康熙二年，裁泉州水师参将等官。
康熙七年，裁水师提督及提标等官。
康熙八年，设水师总兵官及镇标官，改右路水师总兵官为兴化总兵官。
康熙十三年，裁浯屿营游击、守备各一人。
康熙十六年，以海澄公管水师提督事务，驻漳州。
康熙十七年，裁水师总兵官及镇标官为漳州镇，又裁海澄公标等官。又是年，设水师提督提标，分中、左、右、前、后五营。中营设参将以下等官，左、右、前、后四营设游击以下等官。
康熙二十三年，裁厦门总兵官并中、左、右、三营等官为南澳镇，又裁海澄水师副将并三营等官（十九年，恢复厦门，以总兵镇守。至是，移水师提督驻札。二十四年，施靖海建衙署）。又是年，以提标左营游击分驻石码。
康熙二十七年，裁提标后营千总一人为澎湖千总。
康熙三十四年，裁提标中营参将，改设副将。
康熙三十九年，复设中营参将，裁副将。四十六年，裁参将，仍设副将。五十二年，裁副将，复设中营参将。
康熙五十八年，以提标中营守备分防，驻浯屿。
雍正五年，增设提标五营各千总二人、把总四人。
雍正十一年，复设水师提营后营千总一人。
乾隆十八年，增设浯屿把总一人。
乾隆二十年，拨水师提标后营外委一人驻坂头村。
乾隆四十七年，通省增设额外外委四十七人（以上俱「会典」）。
兵额裁设
康熙十九年，以攻克金门、厦门两岛之岳州战兵三千名为提标中、左、右三营兵（提督万正色奏）。
康熙二十二年，添设战、守兵二千名为提标前、后二营兵（提督施琅奏）。
康熙三十五年，裁提标战兵二百名为督标水师营兵。
乾隆三十七年，以中、左、右三营战兵改如前、后两营体例，分别战守（提督黄仕简奏）。
乾隆四十六年，以公粮改为公费，裁五营守兵共一百四十名。
乾隆四十八年，裁武职随丁名粮三百六十名，又裁武职随粮、另给养廉正项以随粮改添五营实兵六百名。又拨提标兵四十五名赴台湾北路淡水营。
乾隆五十三年，裁提标战、守兵二百五十名赴台湾北路嘉义左营。
嘉庆七年，裁提标战、守兵一百六十五名赴福宁左营。
嘉庆十年，添设提标五营新兵二千名捕御海寇，俱给战饷（总督王德奏）。
嘉庆十六年，裁提标战、守兵一百十五名赴台湾艋舺营。
嘉庆十八年，裁提标新兵赴福宁左营为额兵三百名。
嘉庆二十年，裁新兵八百五十名。
嘉庆二十二年，裁新兵一百七十五名。
道光元年，裁战兵五十名，又裁新兵三百七十名。
道光十一年，裁新兵一百名。又裁新兵八十八名归金门镇标，驻防谾口。
道光十二年，裁新兵一百十七名为西疆制额（以上俱营册）。
水师提标五营兵额，除裁改外，存战、守额兵共四千二百七十五名。五营以战兵五十名为外委，额外名粮，以守兵二十四名为柁工炊粮（水师战舰以柁工为重，故支领名粮，得以兼饷，谓之炊粮。但谙习水务，才有优劣，粮亦有差等。柁工支领守兵粮饷，或四、五名，或二、三名不等）。
水师提督统辖福建全省水师军务，驻札厦门，节制金门、海坛、南澳三镇兼台湾、澎湖；领水师提标中、左、右、前、后五营中军参将一员、游击四员、守备五人、千总十人、把总二十人、外委三十人、额外外委二十人。一年亲巡南洋金门、铜山、南澳等处，一年巡北洋海坛、闽安、三沙、烽火门等处，二年而遍。巡阅台湾隔二年一次，与将军、总督、巡抚、陆路提督分年轮巡。
汛防
五营汛防
中营水师中军参将一员，驻札厦门城内；首领五营军务。守备一员，驻防海澄浯屿汛。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十一名（战兵四百二十八名、守兵四百十三名），战船九只、桨船五只。防守城东门，轮派千把总以下一员、兵十名（城内防守五营，各分地界存案）。分防高崎汛，外委一员、兵三十名。分防浯屿汛，守备一员、兵一百名，战船一只；兼辖深坞澳