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会哨
提标各官每年出洋巡哨，分中、南、北三路。中哨轮值右、前、后三营游击一员，领千把总、外委四员，带五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉金、厦洋面，订期会哨，听金门镇调度。北哨轮派五营千把总、外委四员，领五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉北洋，订期会哨，听海坛镇调度。南哨轮派五营千把总、外委二员，领五营战、守兵驾坐哨船二只，巡缉南洋，订期会哨，听南澳镇调度。每哨四个月，以二、六、十等月为始，哨满更代，迭相轮转。右、前、后三营期满，轮值驾船带兵巡哨汛地内洋，五营守备按期巡哨汛地港面。
操演
提标五营军士，有轮换出洋随缉者、有戍守汛地者、有在营差操者。平时挑选，由千、把教习技艺。按期提督选将备一员为督操官，教演熟习，中军参将阅之。每年之冬，提督阅之，水、陆操各一次：陆操，五营会合大小二十四队及杂色兵共一千八百八十五名；水操，用船十只，合兵五百七十六名。五年，总督巡阅一次：陆操，提标五营，合金门左右二营、南澳左营、铜山营兵一千四百五十六名；水操，提标五营，合金门、南澳、铜山各营共兵五百七十六名。
班兵
班兵，海外台、澎之戍兵也。三年一更，分四起作两年春、秋二仲配换。头起，提标五营拨换安平营〔兵〕二百三十七名、艋舺营兵十九名、澎湖左营兵八十九名、外委一员；二起，拨换澎湖左营兵一百三十名、额外一员；三起，拨换澎湖左营兵一百三十名、外委一员；四起，拨换沪尾水师兵一百一十五名、外委一员、澎湖左营兵八十一名、额外二员。
凡换班兵丁，上府各营换艋舺、淡水等营者，由五虎门对渡；换彰化各营者，由蚶江对渡；其督抚将军三标、陆提标换班台郡凤山各营者，均由厦门配渡。总督方维甸奏定：营船、商船并用。后因水师各营弁多封商船，总督庆保通饬禁止。适遇饷银、班兵、公务紧急（凡台饷皆厦门提标大号战船配载），兵船不敷，方准添雇；亦须预期详请批准，檄行由厦防同知备办协济。道光十三年，总督程祖洛专定水师各标兵船，不准雇用商船（以上档册）。
官俸
水师提督：全年俸银八十一两六钱九分三厘有奇、薪银一百四十四两、心红纸张银二百两、蔬菜烛炭银一百八十两、马匹草干银二百四十两、养廉银二千两。
中营参将：全年俸银三十九两三钱三分九厘有奇、薪银一百二十两、心红纸张银三十六两、蔬菜烛炭银四十八两、马匹草干银九十六两、养廉银五百两。
四营游击：全年俸银各三十九两三钱三分九厘有奇、薪银一百二十两、心红纸张银三十六两、蔬菜烛炭银三十六两、马匹草干银七十二两、养廉银四百两。
五营守备：全年俸银各十八两七钱零五厘有奇、薪银四十八两、心红纸张银十二两、蔬菜烛炭银十二两、马匹草干银四十八两、养廉银二百两。
五营千总：全年俸银各十四两九钱六分四厘有奇、薪银三十三两三分五厘有奇、马匹草干银二十四两、养廉银一百二十两。
五营把总：全年俸银各十二两四钱七分一厘、薪银二十三两五钱二分九厘、马匹草干银二十四两、养廉银九十两。
五营外委：名粮每月战饷银一两五钱、米折银一钱五分、本色米一斗五升；经制外委养廉全年十八两，额外外委无。
五营额外：粮饷与战饷同。
康熙四十二年，原准亲丁随粮。乾隆八年，改随粮为养廉，名粮删去亲丁名目。四十六年，以名粮挑补实额；各官准照文员之例，添给养廉。
附原设五营各官随粮旧额：提督军门随粮八十名，中军参将随粮二十名，左、右、前、后四营游击随粮各十五名，五营守备随粮各八名，五营千总随粮各五名，五营把总随粮各四名，五营外委随粮各一名。
水师提标多世袭人员，附载「会典」世爵俸银：一等轻车都尉兼一云骑尉俸银全年二百三十五两，一等轻车都尉俸银二百一十两，二等轻车都尉俸银一百八十五两，三等轻车都尉俸银一百六十两，骑都尉兼一云骑尉俸银一百三十五两，骑都尉俸银一百一十两，云骑尉俸银八十两，恩骑尉俸银四十五两。
兵饷
战兵：每名每月饷银一两五钱、米折银一钱五分，本色米一斗五升。
守兵：每名每月饷银一两、米折银一钱五分、本色米一斗五升。
中营战兵：除外委名粮外，共四百二十八名，全年饷银共七千七百零四两、米折银共七百七十两四钱，本色米共七百七十石零四斗。守兵：四百十三名，全年饷银共四千九百五十六两、米折银共七百四十三两四钱，本色米共七百四十三石四斗（闰月外加）。
左、右、前、后四营战兵：除外委名粮外，各营四百三十三名，全年饷银各七千七百九十四两、米折银各七百七十九两四钱，本色米各七百七十九石