至是逼吴贞毓自尽，杀朝臣十四人（明史稿）。三月，名振率舟师侵崇明南沙嘴、寿兴沙等所，与清吴淞副将赵光祖等战，失利（三朝实录）。之瑜在安南，鲁王赐玺书曰「尔娇娇不折，远避忘家，阳武之椎尚堪再试，终军之请岂竟忘情？予梦寐求贤，延伫以俟，恢复事业，当资尔节义文章」。之瑜欲还，不果。后至日本（舜水文集），水户义公招而馆之，待以宾师之礼；之瑜遂止而不还（义公行实）。四月，李定国克复罗定、新城等诸县（行在阳秋）。五月，清福建提督杨名高奏清主云：「成功虽云就抚，而接诏不开，衣冠如旧；且纵兵焚掠，侵扰延、建，情甚叵测」。清主下事兵部知之。六月，芝龙请和硕郑亲王济尔哈朗等曰：「次子世忠与成功谊切手足，若令与使臣同到成功处，谕以君恩，责以父命，巽言婉导，彼必欣然向化」。济尔哈朗等议奏，清主可之（明清闘记曰：「是夏，成功攻清许良于广东海防南洋岛，破之」。七月，清主谕成功曰：「自古识时俊杰，遇推诚待人之主，披肝效顺，矢忠勿二，方能建立事功，身名俱泰；未有猜疑观望，可称识时知命者。朕承皇天眷佑，奄有万方，海陬一隅，何难偏师勘定！但闽峤苍生，皆吾赤子，不忍勤兵。又念尔父郑芝龙投诚最早，忠顺可嘉！故推恩延赏，对尔公，给与敕印，俾尔驻剳泉、漳、惠、潮四府，拨给游营兵饷，养尔部下官兵。朕之推诚待尔，可谓至矣。尔自剃发倾心，义不再计。今据尔疏奏，虽受敕印，尚未剃发，冀望委畀全闽；又谬称用兵，屯剳舟山，就近支给温、台、宁、绍等处钱粮。词语多乖，要求无厌；乃复以未撤四府官兵为辞。尔尚未归诚，岂有先撤官兵之理！尔若怀疑犹豫，原无归诚实心，当明白陈说，顺逆两端，一言可决。今如遵照所领敕印，剃发归顺则已；如不归顺，尔其熟思审图，毋贻后悔（三朝实录）！十月，平远再陷，官军围广州（行在阳秋）。清主复遣叶、阿二员招抚成功，成功不从。清遂幽芝龙、芝豹于宁古塔（郑成功传。本书云：「置芝龙于高俎」，今从三朝实录顺治十二年。高俎，地名，未详其所在）。兹月，清议政王贝勒大臣会议：「郑成功屡经宽宥，遣官招抚，并无剃发投诚之意；且寄伊父芝龙家书，辞语夸张，肆无忌惮，不降之心已决。请敕该督、抚、镇整顿兵马，固守城池，勿令逆众登岸，骚扰生民；遇有乘间上岸者，发兵扑剿」。从之（三朝实录）。十二月，清援广州。李定国攻肇庆，不克（行在阳秋）。成功攻漳州，降清守将刘国轩、朴世用等，十邑皆下；乘势略泉州，泉不下，敛民而退（郑成功传）。清主命世子济度为定远大将军，同多罗贝勒巴尔楚浑等统大兵讨成功。清福建巡抚佟国器奏：「成功袭破漳郡，连陷各邑，复围泉州，警连兴化。夫海贼与陆地不同，扬帆所至，随所可犯；贼众亿万，攻围孤城，单弱可虞。请迅发满洲大兵荡剿，并敕广东、南赣督抚调发潮州水师直抵厦门，与闽师首尾夹击，海氛可靖矣」。下议政贝勒大臣会议（三朝实录）。时成功兵势大盛，分所部为七十二镇，以中左所为思明州（长崎夜话草曰：「成功志期恢复，故以州号思明，寓思明室之意也」）。立储贤、储材二馆、察言、宾客二司（按隆武开储贤馆，定十二科取士，事见明史稿；成功盖仿隆武制也）。设印局、军器诸局。今六官分理庶政，以壬午举人潘赓昌兼吏、户二官，丙戍举人陈宝钥为礼官，世职张光启为兵官，浙人程应璠为刑官，丙戍举人冯澄世为工官，以邓会知州事。奉监国鲁王、卢溪王、宁靖王居金门，凡诸宗室，颇赡给之。礼待避乱而至诸缙绅，军国大事时咨询焉；王忠孝、卢若腾、沈佺期、辜朝荐、徐孚远、纪许国等皆其选也。凡有便宜封拜，乃朝服北向，遥拜帝座，疏而焚之。其所施为，鼓动一世（郑成功传）。鲁王后欲复航海，舣于南日山，遭风没于海。南日山在莆田东南滨海，与琉球相望（明史）。初，清入兖州执王，王时年尚幼，诡称牧儿，清兵疑而刃之，三击不中，清人异而不害，得脱。及清兵渡江，马士英、方国安欲执王为贽而降清，然所遣将病俄发，不省人事，王得单骑逸。及台州航海，清兵追及，海中忽有龙升天，清兵没溺，王复免。然至是天命不遂矣（粤游纪闻。按明史稿三王传及三藩纪事鲁藩条云：「顺治十一年甲午，郑成功奉王居金门。初至，礼待甚恭，既益懈；王积不能平，成功衔之。未几，王将往南澳，成功使人沉之海中」。而据舜水文集，朱之瑜有丁酉岁报鲁王书疏；丁酉，顺治十四年也。考之明史沈宸荃传曰：「鲁王监国擢右佥都御史，已而事破，宸荃弃家从王海外，又从抵厦门、金门。后舣舟南日山，遭风没于海」。然则甲午以后，王尚无恙，至丁酉后，航海而漂没也。明史稿、三藩纪事，恐系一时之讹传。且成功以忠义自许，岂有此事哉？黄斌卿之据舟山，绐沉王子于海，世或讹传而为成功事欤）！卢溪王失传。宁靖王名术桂，辽王裔也，事见于下（台湾纪略）。孚远文人，与陈子龙结几社；及松江败，遁入于海（明史）。
九年乙未（清顺治十二年、日本明历元年），正月，驾在安隆。前年改州为府。成功遣众侵仙游（郑成功传）。二月，孙可望驻贵州，李定国入南宁，