南安王刘文秀驻川南（行在阳秋。明清闘记曰：「兹月，成功将取揭阳，资粮，据要害，发舟师攻之。揭阳守却尚久战败遁去。成功使宣毅镇吴爷、义武镇陈义等守之」）。是月，芝龙窃通信成功及鸿逵，佟国器夺书具疏以闻；清主封下兵部密议（三朝实录）。四月，李定国败于新会（行在阳秋）。五月，成功遣洪旭、陈六御攻舟山，清守将降，令六御守舟山。旭又招降清台州镇马信、宁波镇张宏德（郑成功传）。陈其纶应成功，聚兵大柏山，与清兵战，不克而死（三朝实录）。刘文秀攻常德，败绩，走贵州（行在阳秋、三朝实录）。六月，成功破安平镇及惠安、同安、南安三邑（郑成功传）。七月，成功奉书于日本幕府曰：「洲同瞻部，就一水以判东西；境迩蓬莱，连三岛而橐天地。域占为雷之位，光拂若木之华。百篇古文，蚤得嬴秦之仙使；历代列史，并分上国之车书。道不拾遗，风欲追乎三代；人重然诺，俗尤敦于四维。恭维上将军麾下，才擅擎天，勋高浴日：铸六十五州之刀剑，雌雄为精；服五百一郡之版图，砾沙皆宝。文谐丹府，屡有表使至金台；释辅儒宗，再见元公参黄蘗。虽共临乎覆载，还独奠其山河。成功生于日出，长而云从，一身系天下安危，百战占师中贞吉。叨世绩之赐李，恩重分茅；效文忠之祚明，情深复旦。马嘶塞外，肃慎不数余凶；虏在目中，女真几无剩孽。绿征伐未息，致玉帛久疏。仰止高山，宛寿安之在望；溯洄秋水，怅沧海之太长。敬勒尺函，称伸丹悃；爰赉币篚，用缔缟交。旧好可敦，曾无赵居任于今复往；中兴伊近，敢望僧桂梧如昔重来。
文难悉情，辞不尽意；伏祈鉴照，毋任翘瞻」（华夷变态）。十一月，清定远大将军庶子王入闽，成功避之岛（郑成功传。据三朝实录，庶子王，济度也）。
十年丙申（清顺治十三年、日本明历二年），正月，驾在安隆府。可望谋移驾；李定国执可望家眷，护跸走云南（参取明史稿、行在阳秋）。庶子王略沿海（郑成功传），败成功所留兵于福州府属高齐、泉州府大营、惠安县海港，焚毁船只（三朝实录。明清闘记曰：「成功以其兵势渐盛，将陷福建而取南京。三月到福建，攻其城，城坚不拔，成功创意制攻城具木城。其制迭木而成砦寨堞墙形，下施车轮，令旋转自由，中设炮，乘夜窃以之逼敌垒，虏军大困」。按木城制载之武备志，其说曰：「用大小木为之，每扇阔五尺，高堞五尺，衮木三道，赘大竹钉，浮于拴上，约可一人负之而行，轻重适均。在城上则立在垛口，防夜袭登；在兵中可连而下营，立成营盘」。据此，则成功遵木城旧制而加新意也）；遂攻两岛，暴风壤舟，分兵攻鸿逵于白沙，皆弗克而还（郑成功传）。四月，清都察院左副都御史魏裔介上疏：言「天下民生所以不安者，以云贵有孙可望、海上有郑成功也。孙寇所借兵力，洞蛮为多。今欲招徕远人，但宜给以新命，不必追其前朝旧敕。至郑逆出没海上三十余年，我欲捣其巢穴，恐水师少而未练，宜择知兵大臣沿海防御，坐而困之，庶荡平有期矣」。下所司议。至明年，定水战跳舷升赏例（三朝实录）。五月，成功令苏茂、黄梧攻揭阳，不克。成功素不释然于苏茂尝纵施琅，至是，以师行失律斩茂焉。六月，成功将北略，克日解缆，留粮食于海澄，分兵护其诸门。黄梧在东南，茂部将苏明在北。黄格恐以茂故获罪，窃图降清；而以知明亦有所惧，就明而饮，微言诱之（郑成功传）；斩总兵华栋，率众剃发，以海澄县降。清主遣梅勒章京翁受等入城安抚（三朝实录）。清主以梧为海澄公，驻漳州；明亦得官。梧遂发郑氏坟，害亲党，杀漳商（郑成功传。和汉合运曰：「是月，成功于泉州大与清战」。明清闘记曰：「成功攻清提督马得功于泉州，成功战败几危，而以谋杀得功」）。十月，庶子王班师。甘辉闻海澄之乱，进攻取蓄积归，遂奉成功破闽安镇，逼福州，转略温、台等郡（郑成功传），平阳、瑞安俱陷，全浙震动（三朝实录）。
十一年丁酉（清顺治十四年、日本明历三年），正月，驾驻滇都（行在阳秋）。三月，故镇海将军定西侯鸿逵病卒于浯州，成功回岛。寻遣将城福州峡江牛心塔，令陈斌、林铭、杜辉等守之。清兵来攻，铭、辉弃回，斌降而被诱杀。甘辉、周全斌等攻宁德，满帅阿克襄身体雄伟，勇冠三军，率兵逆战，辉躬搏而获首，首重钧余（郑成功传）。八月，议政王贝勒大臣奏：「芝龙等所幽宁古塔，地近江海。贼船有水之地，无所不至，芝龙禁后恐有疏虞，应各用铁炼三条，手足杻械，令章京兵丁严加看守」。清主从之（三朝实录）。九月，素王孙可望谋叛，李定国、刘文秀讨之，可望师溃（明史稿、行在阳秋）。十一月，可望降于清，清封为义王（行在阳秋、三朝实录）。后从清主猎，被射杀。十二月，清攻云、贵，定国败。
十二年戊戌（清顺治十五年、日本万治元年），正月，驾在滇都（行在阳秋）。三月，清兵三路向云南（明史稿。明清闘记曰：「四月，成功攻清林宇于定海，林宇请援于福建军附阿克商；克商来援，甘辉伏兵败之，克商恃勇战死」）。六月，清师取湖南。七月，李定国秉黄钺出师