千六百名为卫，千一百二十名为千户所，一百一十名为百户所。每一百户内设总旗二名，小旗十名，大小相维，编成队伍。泉州卫，都指挥使司一员，领左、右、中、前、后五千户所。洪武元年，总兵官汤和擒陈有定，泉州平，改元总管府为卫，即宋州治也。操海屯种旗军，旧额六千一百四十七名，后以逃亡事故渐次裁减。万历时，存操海旗军余丁千二百三十六名，屯种军三百四十四名。营房沿郡城内外，今废。左千户所，营房六百三十间，在旧通淮门内，左右沿城。右千户所，营房七百一十间，在东门内，左右沿城。中千户所，营房七百一十二间，在南门外及水仙门，左右沿城。前千户所，营房六百九十间，在西门外及临漳门，左右沿城。后千户所。营房七百七十间，在北门，左右沿城。永宁卫，指挥使司一员，领左、右、中、前、后五千户所。操海屯种旗军，旧额六千九百三十五名，后以逃亡事故渐次裁减。万历时，存操海军千三百九十四名，屯种军七百八十三名。左千户所，营房八百五十间，在海宁门东街。万历时只存一百二间。右千户所，营房八百四十间，在水陆门西直街。万历时只存一百一十二间。中千户所，营房八百四十九间，在东瀛门东南街。万历时只存一百八间。前千户所，营房八百四十间，在金鳌门南街。万历时只存一百一十间。后千户所。营房八百四十九间，在玉泉门北街。万历时只存一百二十九间。
福全守御千户所，差操屯种旗军，旧额五百七十五名，万历时存操海军一百一十六名，屯种军一百一十七名。营房八百五十三间，在所城中。
中左守御千户所，操海旗军旧额一千二百四名，万历时存六百八十四名。营房九百八十七间，在所城中。
隆庆府志：明初，泉永二卫尺籍，有归附军，有投充军，有犯该谪发军，有外卫改调军，共一万二千有奇。其训练之制，岁二月中旬至夏至止，七月中旬至冬至止。其出海备倭之制，以上、中、下班更迭之。月支粮于官，亦有定制，二斗为军总旗，八斗为差操正军，又加行粮四斗为出海备倭军，六斗为只身纪录军，二斗为老幼存恤军。其后，复分三分守城，七分屯种。粮出于所种田，而以余粮输官，为不支粮屯军。本府原派广平等七仓秋屯盐本折色九万四千有奇，亦定制也。是时，民出谷粟以养兵，兵荷干戈以卫民，兵食俱足，而民未尝重困也。太平日久，军政不修，逃坟日多，勾清无法，制额于是日减，所存仅五之一。屯已失额，操复缺伍，于是抽选于军户以备团练，谓之余丁军；招集于市井，谓之募兵，动调于各省，谓之客兵；调之于湖广等处者，谓之狼家兵。又增派兵户丁粮于旧制之外以为一乡防守，谓之民兵、乡兵。太平无事之时，兵额虽减而粮额犹有余；一旦有事，兵不足则增兵，兵久费多而食又不足则增饷，皆一时不得已之权，而非国家经常之规矣。
水寨军兵
明初旧制，水寨兵统以指挥一员，谓之把总，每五年考选推委。嘉靖四十二年，题请定例照都指挥体统行事，名为钦依把总，而各卫岁轮指挥一员，领卫所军往听节制，无额设。如南日寨控郡北境，则拨泉州卫兵三百三十五人，合兴化、平海二卫兵共一千五百人以戍之。浯屿寨控郡南境，则拨永宁卫并福全所兵二千二百四十二人，合漳州卫兵共二千八百九十八人以戍之。寨军分三班更迭，月粮之外加给行粮。上班今年二月上，明年二月下，下班替之。中班今年八月上，明年八月下，上班替之。下班明年二月上，后年二月下，中班替之。三番轮转，大约一年有半年休息。休息者，月办料银一钱以修战船。千户以下轮班如军士之法。卫总指挥各以八月更代，哨守皆卫所之军，有司无供亿之费。嘉靖间，五寨水军另募充数。隆庆四年，增设浯铜游兵，天启初又设一游击兼统之，于是卫与寨分，卫所军只拨贴水寨驾船耳。外此又有澎湖游兵，万历二十五年，因倭而设。此明水军之大概也。
浯屿寨钦依把总一员，旧额水军二千二百名，万历时存一千七百名。 粮每月九钱，布政司发给。又卫所贴驾军五百八十名。旧额兵船三十二只，后福、哨、冬、鸟等船，共增至四十八只。
浯铜游兵名色，把总一员，兵五百三十六名，粮亦布政司发给。驻中左所。又卫所贴驾军三百名，冬、鸟等船二十二只。泉南游击，统辖浯屿寨军、浯铜游兵。天启初设，以备红夷，兵三千人，寻裁。
澎湖游兵名色，把总一员，兵八百五十名，哨船二十只。春汛支粮于泉，冬汛支粮于漳。
水寨所辖汛地，隆庆府志载：旧岱屿以北接于兴化，南日水寨辖之，岱屿以南接于漳州，浯屿水寨辖之。嘉靖四十二年，军门议以本寨兵船一■〈舟宗〉，直至湄洲屯扎，一■〈舟宗〉直至料罗屯扎，而埈上一带量拨巡哨。寇至则以全力守湄洲，而于平海卫前与南日会哨。铜山又守旧浯屿，而于担屿与浯屿会哨。本寨汛地，北至南海，南至担屿。万历府志所载，浯屿寨兵，分四哨，出汛时，一屯料罗，一屯围头， 一屯崇武，一屯永宁。每汛舆铜山、南日两寨及浯铜游兵合哨，稽风传筹。浯铜游兵分二哨，出汛时一屯旧浯屿， 一屯担屿。每汛与浯屿寨兵合哨。惟澎