宗绍兴元年，真歇解会长芦，南游浮海，于此结庵，榜曰海岸孤绝处。郡请于朝，命住持宝陀，易律为禅。时海山七百余家俱业渔，闻教音，悉弃舟改业去。（大德志，裘志，法统真歇传。）
演法堂
元大德五年，命李铁木儿不花治之。（旧志）
铁瓦殿
明洪武二十年，信国公汤和，徙居民入内地。焚山中殿宇三百闲，仅留是殿，使一僧一价守奉香火。正德十年，僧淡斋募铸铁瓦二万，砖一万，建正殿方丈于洞南。嘉靖六年，河南王赐琉璃瓦三万，鼎新殿宇。三十二年，东倭入犯，总兵胡宗宪、都督卢鏿，迁宇于今镇海之招宝山，余舍尽焚。（裘志）
无量（量亦作梁）殿
在潮音洞上，北都游僧（失其名）建。设钟鼓二十四具，以应二十四气。（裘志）
琉璃殿 梵王宫
俱在潮音洞上，明嘉靖间鲁王建。
栖真庵
明万历三十年，督造张随，改名真显。吴忠列钟峦，寓室遗迹在此。（朱绪曾昌国典咏）
朝阳庵
在白华山顶之麓。明万历五年，内臣明凤祝发于此，以凤号朝阳故名。徒真元、孙如乐，皆以内臣出家，坚守净业，克绍前声。督造内臣张随，题额曰瑞霭栴林。清康熙闲，六世孙照彻修，今废。（秦志）
明，上虞，徐如翰诗：
树密径幽深，禅房春昼阴。断云寒宿槛，流水静穿林。僧说前朝事，人多象外心。翻悲出门去，钟磬有余音。
雨华庵
在雨华峰下，如晓建，照德重修。
大慈庵
在茶山，明万历闲，古鉴建，以接待往来。
方圆庵
在千步沙，广济建，三世孙源禄修。
望槎庵 甘露庵
清雍正闲，法雨住持法泽，买二庵废址，并作一庵，为退居之所，即今之长生庵。
真歇庵
在普济寺后，宋真歇建。即海岸孤绝处，或称为真歇庵。
清，释永道，寻真歇庵诗：
波中卓锡破天荒，祖道于今日更彰。欲访幽栖遗老尽，寒云冉冉水汤汤。
宝函堂
在不二石右，真一刺血书经处。
育恩院
在普济寺西二里，总镇杨宗业建。并构不二阁，寺僧性能守静于此。
明，徐如翰诗：
山胜皆藏石，石奇各肖形。地当幽绝处，寺露半开扃。小槛援飞雾，晴窗瞰落星。曲阶苔细细，危窦水泠泠。竹罅斜通白，云标别染青。密阴时护径，丽影欲充庭。揖海悬双镜，开山问五丁。渐疑霞作屋，翻讶藓为屏。坐卧俱成适，攀跻觉有灵。樨僧能咒钵，仙子解谈经。面壁宜深定，镌题各办铭。最怜斋报午，粳粒笋芽馨。
总静室
在司基湾。明督造张随，以旧址湫隘，拓基迁建，题曰云林总会。
松雪斋
妙用居此，九世孙广志重修。明副宪周应治题额，大学士申时行书。
善法堂
性相居此。（采访云：普济寺住持天真，于洪筏堂外，别建是堂，今仍并入洪筏堂。）
恩荣堂
迥禅师祠。海日置地，集本文同建。
衣珠堂
如迥同徒性空居此。孙海日，字荣光，故又号荣光堂。嗣孙普通续敬等重修。
仁德堂
普勤同徒通奇创。（按秦耀曾记，即今之锡麟堂。）
清，朱谨，寓仁德堂诗：
暮年犹蹈海，至此未还家。梦过如飘叶，春残又落花。客心憎笔砚，儒业羡袈裟。何似山头石，无情阅岁华。
宝林堂
海山居此。因内徙，其徒散居不复建。五世孙通悟，归其地于普济。
弥陀庵
在茶山，照顺照林居此。（林为普济寺执事，募化油漆宝殿，尽心有功。）
梵音庵
在海天佛国石右，明照建。五世孙寂爱重建。
无垢庵
在茶山深处。明万历闲，宝台开山。清康熙二十八年，三世孙手量重建。慈豁裘琏，联其室曰：到门三涧清降海，绕室千葩艳夺霞。
吉祥庵
明万历五年，明潭以内臣出家，卜筑居焉。
飧霞庵
明万历间，妙峰宝峰同建。眉公陈征君题额。
竹林庵
增飧建。徒超慧居之，改名龙象庵。
宜庵
在茶山东北，勤学以过小山洞，潮汐不时，请于法雨明益长老，起盖此庵。