仔园汛，一分防斗换坪汛，一分防大安汛，一协防南嵌塘、白沙墩塘，一分防加志阁汛，一分防中港汛（原额北路一营兵一千百二十名，雍正十一年分中、左、右三营，共兵二千四百名，道光七年，奉文将台湾镇标右营游击改为北路游击，十三年改左营为嘉义营，马步守兵俱有裁改调汰，册报未详）。
嘉义营（道光十三年，改北路左营增设，兼辖斗六门营，归台湾镇总兵统辖）
参将一员，驻札嘉义城。
中军守备一员（原斗六门汛守备，道光十三年移驻嘉义，作为参将中军）、千总三员、把总四员、外委十员、额外外委四员，马战兵二十五名（外委额外在内）、步战兵百百十九名、守兵六百八名，兵战马二十五匹。一驻防嘉义县城，一安防城外汛，一分防斗六门汛，一安防西螺汛，一安防水沙连汛，一安防笨港汛，一安防盐水港汛，一分防八浆溪、水■〈月屈〉头、山底、牛椆溪、打猫等五塘，一分防他里雾、大仑脚、中路头塘、林圯埔、大埔林、三条圳、虎尾溪、虎尾塘等处。
斗六门营（原北路左营，道光十三年改设，归嘉义营参将兼辖）都司一员（由北路左营移驻）、千总（由嘉义营递年拨员轮防）外委（由嘉义营递年拨员轮防）、马步战守兵（由嘉义营拨兵分防）。
附北路淡水营（雍正十一年，改北路营为协，改本营守备为都司，驻淡水为一营；嘉庆十四年，改为艋舺营，水师本缺裁）
澎湖水师协（康熙二十三年设，辖左、右二营，六十年，移驻台湾，六十一年，改归澎湖）
副将一员，驻札妈宫汛。
左营游击一员（驻札妈宫汛）、守备一员、千总二员、把总四员、外委千总二员、外委把总四员、额外外委三员，步战兵四百二十八名（外委额外在内）、守兵五百，战船见船政台湾厂。一驻防妈宫汛兼防虎井等澳屿，一防守妈祖澳新城内，一防守新城东港口炮台，一巡防妈祖澳港口，一轮班扼守八罩汛等澳屿，一防守挽门汛炮台，一防守水埯汛炮台，一防守将军澳汛等澳屿，一防守将军澳汛炮台，一巡防莳里汛兼防双头挂等澳屿，一防守莳里汛炮台，一防守风柜尾汛炮台，一防守文良港汛兼防龟鳖港等澳屿，一配船出洋巡缉。
右营游击一员（驻防妈宫汛）、守备一员（出洋轮巡）、千总二员、把总四员、外委六员、额外外委三员，步战兵四百二十八名（外委额外在内）、守兵五百名，战船见船政台湾厂。一驻防妈宫汛，一驻防妈祖澳新城内，一驻防新城西炮台，一巡防妈祖澳港口，一防守西屿头、内外堑等汛，一防守内堑汛炮台，一防守外堑汛炮台，一防守小门汛炮台，一防守大北山、吉贝、瓦硐通梁、赤嵌澳等汛，一巡防各岛屿（原额左、右二营兵共二千名，自后裁改调汰，今额如右）。
南路营（康熙二十三年设）
参将一员（驻札凤山县）、守备一员（分防水底寮汛）、千总三员、把总四员、外委千总二员、外委把总四员、额外外委四员，马战兵三十名（外委额外在内）、步战兵四百九名、守兵六百名，兵战马三十匹。一分防凤山县，驻札下埤头并辖坪仔头、苦答门、打鹿潭等塘汛，一分防水底寮汛，一分防旧城汛，一分防石井汛并辖观音山、小店竿蓁林、二滥、兰坡岭、溪边等塘汛，一分防攀桂桥汛，一分防番薯寮汛（原额兵共一千名，自后调汰，今额如右）。
南路下淡水营（乾隆五十三年分设）都司一员（驻防山猪毛口汛）、千总一员、把总二员、外委千总一员、外委二员、额外外委二员，马战兵十名（外委额外在内）、步战兵三百四十四名、守兵二百十五名。一驻防山猪毛口汛兼防阿里港、武洛、阿猴等塘汛，一分防新园汛兼防放缭、大昆麓、茄藤港、枋寮等塘汛，一分防万丹汛兼防东港汛（原额本营兵，乾隆三十年实存五百名，自后增改调汰，今额如右）。
艋舺营（原北路淡水营，嘉庆十四年改设艋舺营，统辖艋舺陆路、沪尾水师兼辖噶玛兰官兵）
水师参将一员，驻札艋舺。原为淡水营都司，嘉庆十三年改游击，道光四年改为参将。
路陆中军守备一员、千总一员、把总二员、外委五员、额外外委二员，马战兵十名（外委额外在内）、步战兵二百七十名、守兵四百二十七名，兵战马十匹，战船见船政台湾厂。一驻札艋舺营汛，一拨防海山口汛，一拨防水转脚汛，一分防大鸡笼汛，一分防三貂港汛，一拨防三瓜仔汛，一拨防马练汛。
沪尾水师守备一员（驻札沪尾炮台）、千总一员、把总二员、外委四员、额外外委三员，步战兵三百五名（外委额外在内）、守兵三百九十五名，战船见船政台湾厂。一驻札炮台汛，一驻防北港塘汛，一分防金包里汛，一拨防石门汛，一拨防八里坌汛，一拨防新城汛，一分防小鸡笼塘。
噶玛兰营（嘉庆十一年设）都司一员（驻札噶玛兰五围城内，原设守备，道光四年，守备移驻头围，本营增设都司）、守备一员（驻防头围汛乌石港）、千总