袁噩具将才，可辅之。令密云镇臣唐通与臣由太行入太原，历宁武、雁门攻其后。首尾夹击，贼可擒也』。议未定而唐通至，诡请守居庸关，则纵贼直抵昌平。长祥复疏请急令大臣辅太子出镇津门，以提调勤王兵；不果行。而京师溃，为贼所掠，乘间南奔。
弘光时，改监察御史，巡浙盐。鲁王监国，加右佥都御史，督师西行。而七条沙之师又溃，监国航海去，长祥以余众结寨上虞之东山。时浙东诸寨林立，四出募饷，居民苦之；独长祥与张煌言、王翊三营且屯且耕，井邑不扰。监军鄞人华夏者，为之联络布置，请引舟山之兵连大兰诸寨以定鄞、慈五县；因下姚江，会师曹娥，合偁山诸寨以下西陵。佥议奉长祥为盟主；刻期将集而为降绅谢三宾所发，大兵急攻东山，前军章有功被执死。中军汪汇者，与百夫长十二人期以次日缚长祥入献；晨起，十二人忽自相语：『奈何杀忠臣』！折矢扣刃偕誓而遯。长祥匿丐人舟中，入绍兴城。居数日，事益急，复遯至奉化依平西伯王朝先。朝先亦蜀人，得其资粮、扉屦之助，复合众于夏盖山。一日，泊舟山下，有孽龙挟雷电将上天，涛涌荡舟，士卒无人色；长祥令发巨炮击之。雷电愈怒，水起立，长祥神色自如；俄而晴霁。由健跳移舟山，入朝监国；晋兵部左侍郎，兼官如故。请合朝先之众联络沿海以为舟山卫；张名振忌之，袭杀朝先，长祥仅免。
辛卯（一六五一）舟山破，亡命江、淮间。我总督陈锦捕得之，安置江宁。妻黄氏卒，大府疑之曰：『是孑然者，谁相保邪』！长祥微闻之。江宁有闺秀曰钟山秀才，善墨竹，容色绝世；乃娶之，朝夕甚昵。大府曰：『李公有所恋矣』！未几，乘守者之怠，竟逸去。由吴门渡秦邮，奔河北；遍历宣府、大同，复南下百粤。天下大定，始迁居毗陵，筑「读易堂」以老。
章有功，李长祥前军将也。故会稽农家子，骁勇敢战。所将五百人皆选锋，屡战有功。戊子（一六四八）翻城事败，大兵攻东山，被擒；拉胁抉齿，犹大骂而死。
冯京第字跻中，慈溪诸生。乙酉（一六四五），南都破，起兵湖中；鲁监国授御史。战败，入舟山依黄斌卿。水军都督周鹤芝时亦驻军舟山，固与日本撒斯玛王善；遣人以「齐之存卫、秦之存楚」劝之，撒玛王许之。鹤芝大喜，备珠玑玩好之物，谋以参谋林钥舞为使；斌卿止之曰：『此吴三桂之续也』！鹤芝怒而入闽。京第曰：『北都之变并东南而失之者，是则借兵之害也。今我无地可失，比之前者为不伦矣』！斌卿于是使其弟孝卿偕京第往。抵长琦岛，值日本与西洋人相仇杀，兵甫解；不听登岸。京第于舟中拜哭不已，并致血书。撒斯玛王闻长琦岛之拒中国也，曰：『中国丧乱，我不遑恤；而令其使臣哭于我国，我之耻也』！与其国之大将军谋发各岛罪人，致洪武钱数十万。长琦多官妓；孝卿乐之，若忘其为乞师来者。日本人轻之，益无出师意。京第郁郁归，师竟不出。自湖州间行入四明山，与王翊合军守杜岙；为王师所破，翊走天台，京第匿民舍，亦往来舟山、联络诸寨。监国晋侍郎。
己丑（一六四九）再出，破上虞。庚寅（一六五○）九月，王师洗四明山寨，翊避入海；京第病不能行，居灌顶山中，为叛将王升所杀。
王翊字完勋，余姚诸生。有智略；王正中荐之鲁监国，授职方主事，以军事属之。已而，正中与黄宗羲合军西渡。江上破，宗羲引残卒入四明山结寨；山民攻之。时翊方走海隅，王师购之急，囚其弟翃以招之；翃与幕下诸生皆不屈死。翊泣曰：『是真不负完勋家也』！既与屠献宸、华夏等谋袭宁波不克，乃以所募众入山。寻破上虞，杀摄印官，浙东震动。王师由清贤岭入，败翊众于丁山，屠四百人；有孙说者，中流矢死，尸不仆。御史冯京第自湖中军破，亦间行至四明与翊合军杜岙。山民之团练者导王师攻破之；别部邵不伦亦见获，京第匿民舍。翊以四百人走依威远将军天台洞主俞国望；谓诸将曰：『是皆团练之罪也。北兵虽健，吾视其锐则避之、懈则击之；非团练为乡导，彼安敢行险地如枕席乎！吾卒虽残，破团练尚有余力』。遂自天台至四明，击散团练者，随道收合得万余人；而京第亦出。明年己丑（一六四九）春，再破上虞，走其知县；告山中父老曰：『前此诸将横扰激变，今我军足为是山卫而一无所扰。倘念故国，其许我乎』！遂结寨于山之西北境，曰大兰山；号大兰洞主。当是时，浙东千里之间山寨鳞次：萧山石仲芳、会稽王化龙、台州俞国望、金汤吴奎明、奉化袁应滮；浙西之湖州柏襄甫等亦应之。其余小寨支军，不下百数。然皆招集无赖，从事钞掠。惟翰林张煌言军上虞之平冈、御史李长祥军上虞之东山及都督章钦臣军会稽之南镇，则皆且耕且屯而不扰于民，而又单弱不如翊雄；列城畏之若老罴当道，城门昼闭。
六月，监国之健跳；翊发使奔问，附贡方物。监国遣官诣寨，授翊河南道御史；副都御史黄宗羲上言：『诸营文则自称侍郎、都御史，武则自称将军、都督；惟翊不自张大而兵又最强，品级悬绝，非所以奖翊、且无以临诸营也』。是秋，翊朝谒舟山，擢右佥都御