月癸亥（十五日），福京大雷电；甲子（十六日），雨雹大如斗，昼晦不相见。浙西金有鉴再攻长兴，败死。沙贼寇楚雄，游击王承宪败死，金沧副使杨畏知悉力御之；分兵陷武定，参将高其勋死之；陷大理，指挥陈祯死之；陷太和，县丞王士杰、教授段见锦、经历杨明盛、前同知萧时显、举人高拱极等死之；陷通海，典史单国祚死之。四川眉州义民陈登皞起兵破献贼于醴泉河。
二月，马胫岭兵变，命路振飞往浦城安抚。
丁亥（初十日），大雨雹，昼晦不相见。
诏宽「逆案」之禁。上曰：『北京陷于东林、南京亡于魏党，厥罪惟均。其党附概予洗濯，以观后效』。
广西有僧自称弘光帝，贵州抚臣俞思恂以闻。诏议迎请；廷臣曰：『即真弘光，甫经失国，有尊奉而无迎请』。审知其伪，下狱诛之。寻有木坚、李之秀者自称原任两司，召对，以原官补用；发觉，伏诛。
亨嘉俘至行在，下诸王议，废为庶人；以幽死。其党推官顾奕、总兵杨国威等，皆伏诛。封丁魁楚平粤伯，加瞿式耜兵部侍郎；式耜辞，不许。以晏日曙巡抚广西。
镇国将军常起■〈巛上水下〉兵蕲州；败绩，死之。
封孙守法、武大定爵为伯。
三月戊申朔，督师大学士黄道周殉节南京。事闻，辍朝哭；赠文明伯。
时江、楚迎驾疏相继至，上决意出汀入赣，与湖南为声援。郑芝龙不欲上行，使军民数万人遮道号呼，拥驾不得前；芝龙因表请回天兴。上不得已，驻延平，以府署为行宫。
封朱成功为忠孝伯，挂招讨大将军印。
命前大学士傅冠总理湖南剿抚事；冠十二疏乞罢，许之。
左都御史张肯堂疏请北征，诏加少保，赐尚方剑便宜行事；实无一兵也。寻兵科给事中徐孚远自松江航海至，上水师合战议，请以水师千人由海道与浙东陆师会于金陵；诏进肯堂大学士，以太常卿朱永佑、吏部郎中赵玉成、兵科给事中徐孚远、苏州推官周之夔为参军，以平海将军周鹤芝将前军、定洋将军辛一根将中军、楼船将军林习将后军。行有日矣，郑芝龙尼之，不克行。
我大清兵克奉乡，监军道许文龙死之。辛未（二十四日），克吉安，职方主事郭锟死之；万元吉退保赣州。
是月，四川参将杨展复川南诸州县，督师王应熊、总督樊一蘅乃檄诸路兵讨献贼；贼大杀遗民，率众东下。展迎战于江口，大破之；贼走还成都。
夏四月庚辰（初四日）万寿节，不受贺。
命礼臣追复建文年号，立忠臣方孝孺祠。
郑彩弃广信，奔入杉关。我大清兵遂克抚州，永宁王慈炎死之。报至，举朝震惊；诏削彩职，戴罪图功。
我大清兵克铅山，兵科给事中胡梦泰、兵部员外郎万文英、主事唐倜死之；克新城，知县李翱死之。
五月丙午朔，我大清兵进逼赣州，巡抚刘广胤战败被执，杨廷麟、万元吉悉力固守。
擢兵科给事中揭重熙为佥都御史，巡抚江西。加吏部尚书郭维经总督湖南北、江西、广东、浙江、福建军务衔，募兵援赣州。擢湖广监军道章旷为右佥都御史，巡抚湖北。
琉球国入贡。
廷试贡生，取万荆等十二人为萃士；照庶吉士例，送翰林院教习。
先是，鲁监国遣都督陈谦入闽，久驻衢州。自云鲁已爵为侯，邀封爵，上命取侯印为验；谦赍印至行在，御史钱邦芑请诛之。芝龙亟入朝，请以官赎，不得命；由是益萌异志。
己丑（二十日），天狗星陨。
是月壬申（二十七日），浙东江上兵溃，方国安劫鲁监国走绍兴。肃卤侯黄斌卿杀监军道荆本澈。太湖诸生张飞远龚金山卫，不克。
六月，开科取士，命流寓诸生皆入试，广额七十名。以编修刘以修、闵肃充主考官，举叶琐等百七十五人。有讦士以贿进者，命覆试，落四名。逮同考推官王三俊，下狱追赃。
温州总兵贺君尧杀前大学士顾锡畴。
以元子诞生，大赦，进诸臣爵；钱邦芑疏谏，不听。释佥都御史田辟于狱。
前南赣巡抚李永茂遣粤兵五千援赣，战于李家山，围暂解；粤兵退守南康。时赣城坚守已久，上谕奖，赐名「忠诚府」。加杨文荐右佥都御史，偕郭维经出闽援赣，与杨廷麟、万元吉为协守计。
既而浙东报至，我大清兵以是月一日渡钱塘江，鲁监国航海去；连陷绍兴、东阳、金华、衢州、严州，张国维、朱大典等皆死（详「鲁纪传」）。鸿逵驻关外闻警，徒跣疾行三日抵浦城；事闻，削鸿逵爵。芝龙时已通款于洪承畴，托言海寇至，撤兵回安海，守关将士皆随去；仙霞岭空无一人，惟所遣守关文臣及内官数人侦探报闻而已。
是月，我大清兵复定陕西；孙守法所得州县复失，声势寖衰，退保五郎山。武大定