宏基及幼子文爵避难吴江，亦以起义不克死。江南义师遂不振，惟浙东张国维等能张其军（具详「鲁纪传」，不具录）。
九月甲寅（初六日），我大清豫亲王多铎以弘光帝北还。
时闯贼李自成已死，其众无所归，推其兄子李锦为主，同自成妻高氏乞降于督师何腾蛟。腾蛟檄道臣堵胤锡往受之，一时增兵十余万。上大喜，告庙。进腾蛟大学士，封定兴伯；胤锡右副都御史，巡抚湖南。降将皆授总兵官，赐锦名赤心、高氏弟一功名必正，号其营为「忠贞营」。已而粮不继，降者稍稍散去。高、李十三部就食施州卫，其余郝摇旗、马进忠、王进才、张光翠、袁应第、牛万才、张先璧等十余营悉隶腾蛟麾下。
召在籍吏部主事夏允彝为翰林院侍读兼给事中，未受命卒。召举人郭金台、诸生顾炎武为职方郎中，李世熊为翰林院博士；俱辞不至。
是月，江南徽、宁事急，黄道周疏乞师、乞饷，为郑芝龙所阻。泾县陷，赵初浣死之。绩溪陷，金声、江天一死之；连陷徽州，温璜死之。池州溃，吴应箕死之。惟吴易出没太湖，吴汉超收邱祖德之遗众与当涂徐淮聚众华阳，黄毓祺、徐趋匿淮上，崛强未即下。上加易、毓祺兵部尚书，总督义师，赐敕印。继起者，有广德州太学生吴源长、民人裘君量起兵梭子山，复州城；副将钱国华、生员谢琢超兵溧阳，遥奉瑞昌王盛沥；淮安人王翘、林缪鼎、吉鼎言等奉新昌王□□起兵云台山，复盐城；兴化都司酆某、生员司石盘与相应和。我大清命降臣洪承畴驻南京、土国宝驻苏州，相机剿捕；诸义师先后崩溃，不能有所为。
冬十月，科臣刘中藻颁诏浙东；浙东不纳，于是闽、浙水火矣。
上以贪吏虐民，诛建阳知县施■〈火豦〉、邵武知府吴炆炜、推官朱健人，稍惴恐。
原任兵部郎中王期升、御史彭遇颽至行在，上加期升总督、遇颽佥都御史；大学士路振飞、曾樱封还内降，谓遇颽依附马士英，期升在太湖派饷苛虐，敛怨取败：不可用。上乃止。
初，汀、赣间有峒贼数万，号四营，头左营张安者最强；杨廷麟、刘同升等招之复抚州，又复临江。于是廷麟等请上出江右、何腾蛟请出湖南，浙中诸将请幸衢州。原任临清知州金堡陛见，言腾蛟可恃、芝龙不可恃，急宜弃闽幸楚；上大喜，即授堡兵科给事中。决意出赣州，幸长沙；遣大学士苏观生先赴南安募兵。
十一月，命修「思宗实录」，幸太学。
下诏亲征。以唐王聿钊、邓王鼎器监国，首辅何吾驺随营，曾樱、郑芝龙留守司转饷。吴震文为随营兵部侍郎，王觐光为随营户部侍郎；郑鸿逵为御营左先锋山浙江，郑彩为御营右先锋出江西。先期，类于上帝、禋于太庙、禡于社稷。驾幸西郊行推毂礼，为坛设高皇帝、烈皇帝位；御翼善冠诣坛所，百官陪位，武臣戎服听事。上皮弁升坛拜谒，立于神位西，南面；御营先锋北面跪。兵部授钺，上东向揖之。赐饯，光禄寺授爵；御营先锋跪受爵。诫劳毕，谢恩出，率将士跪坛下。上甲冑誓师，乃鸣金鼓扬旌而出。当授钺时，风雨晦冥，坛上烛尽灭，神位皆仆。鸿逵出城，马蹶踣地：识者知其不祥焉。
是月，陕西都督同知孙守法起兵复凤翔，进攻西安；不克。
十二月甲申（初六日），上发福京。遣锦衣卫康永宁乞师于安南国。
江西巡抚刘同升卒，以总督万元吉兼巡抚事。
壬寅（二十四日），督师黄道周败绩于婺源，被执。我大清兵克抚州，知府高飞声死之。右佥都御史陈泰来起兵复上高、新昌、宁州、万载，进攻武州；败绩，死之。
是月，云南土司沙定洲作乱，黔国公沐天波走楚雄；连陷旁郡（详「滇黔难忠义传」）。
我大清顺治三年（丙戌、一六四六）春正月己酉朔，上在建宁，称隆武二年。以三大罪自责，不受朝贺。交址、日本国遣使入贡。
广东布政使汤来贺解饷至行在，擢户部右侍郎。
马士英自浙东叩关求入朝，谕守关将士勿纳；士英七疏自理，不许。郑芝龙、方国安合疏荐之，命充为军前办事官，俟恢复杭州复职。
浙东鲁监国遣柯夏卿、曹维才来聘，上赐监国手敕曰：『朕无子，王为皇太侄，朕有天下，终致于王。同心戮力，共拜孝陵』！命取浙东所用职官尽列朝籍，不分彼此。加夏卿兵部尚书、维才光禄寺少卿。又命佥都御史陆清源解饷十万犒浙东江防诸军；方国安兵哗夺饷，杀清源，自是闽、浙衅益深（或曰马士英部将赵体元杀之也）。
何腾蛟会师湘阴，忠贞营李赤心遇大清兵而败，诸镇兵遂不进。
授丹徒诸生钱邦芑为御史；大学士熊开元争之，改兵部司务。寻复授御史；开元遂乞罢。
以苏观生兼吏兵二部尚书、行在文渊阁大学士，赐尚方剑便宜行事；上御门，赐银印曰「瞻奉南北山陵、安集军民文武官」。授方士蔡鼎为军师。
是