兵拥王至仪征。可法始知为士英所卖，仓卒奉弘光帝于五月初三日（庚寅）监国。进东阁大学士兼兵部尚书，与高宏图同入直；马士英仍督凤阳。方廷推时，刘孔昭攘臂欲入阁；可法曰；『本朝无勋臣入阁例』！孔昭勃然曰：『即我不可，马士英有何不可』！又议起废，众推郑三俊、刘宗周、徐石麒，孔昭特举阮大铖；可法曰：『此先帝钦定「逆案」，毋庸议』！自是始构怨焉。可法念高、黄、二刘之众未尽为国用，寓书士英言：『今日之事，非可法与公，谁任之者』！合疏请分江北为四镇，以杰、得功、泽清、良佐分统之；立督师于扬州，节制诸镇。又请『裁去南京内外守备、参赞各衔；依北京旧制，设京营、府卫，简精壮、募义勇以实之。侍卫、锦衣、蛮仪诸司所隶军役，当多事之日，悉宜入伍操练，毋坐耗钱粮。至锦衣、镇抚司官不必备，亦所以杜告密、节繁费、收入心，于新政有裨者也』。又言：『操江旧兵单弱，请增设九江、京口两镇文臣二人，协理戎政』。上并从之。是时士英旦夕冀入阁，闻仍督凤阳之命，则大怒；密以「七不可立」之书呈上，而拥兵江干，上疏劝进。既至京，谓可法曰：『我驭军宽，颇扰于民；公威名着淮上，公诚能经营于外、我居中帅以听命，当无不济者』。可法知势不两立，乃曰：『居者守、行者御，敢辞难乎』！遂请行。京师士民哗曰：『何乃夺我史公』！太学生陈方策、诸生卢渭疏言：『淮、扬，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人，可乎』？不听。壬寅（十五日），上即皇帝位。乙巳（十八日），可法陛辞；加太子太保兵部尚书、武英殿大学士，命百官郊饯，给银二十万两。可法请以总兵刘肇基、李栖凤、于永绶、卜从善、金声桓随征，荐举人李蘧、主事何刚军前监纪；从之。又请发铜甲、铜锅、倭刀、团牌、红夷炮并色绢、白布一应军需；诏户部即结。
可法既出，孔昭益无顾忌，结勋臣讦吏部尚书张慎言于朝。可法叹曰：『党祸起矣』！因疏曰：『先帝用人原无成心，傅宗龙、孙传庭起自累囚，张凤翔、袁继咸、马士英起自戍籍。当吴甡奉命南征，以候唐通兵不至，迟则过之，所可原者。即诸臣以为不可，亦须平心入告；何至痛哭喧呼，灭绝法纪！使骄将悍卒闻之，不益轻朝廷、长祸乱邪？昔主辱而臣死，今主亡而臣生。凡在臣工，谁能无罪！国难之作，勋臣之殉国者谁！文臣固多误国，武臣岂尽矢忠！若各执成见，文武水火，国家朋党之祸自此开、人才向用之途自此塞。臣不愿诸臣存此见也』！寻奉命祭告祖陵；祭毕，因上疏曰：『臣伏见二陵松楸如故，佳气郁郁，知万年灵祚之方未艾也。惟是北顾神州，山河顿异；感痛填膺，不能已已。连岁凤、泗之间灾异迭见，天鼓一月数鸣，地且三震，以致今春罹兹大祸。先帝躬神明之质，敬天法祖、勤政爱民，一十七年有如一日；尚不免身殉社稷，抱恨千古。天命之难谌而地灵之不足恃，于此可见。陛下践祚之始，祇谒孝陵哭泣尽哀，道路感动。若使躬谒二陵，亲见凤、泗境中万井悲风、千里赤地，蒿莱极目，鸡犬无声；汤沐遗黎，死亡殆尽：其呜咽悲愤又不知何如也！伏愿陛下坚此一心，慎终如始；察天人相与之故，考祖宗灵爽之依。处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安；享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展；膺图受箓，则念先帝之临渊集木何以忽遘危亡；早朝晏罢，则念先帝之克勤克俭何以卒隳大业？战兢惕厉，无敢刻忘，则二祖、列宗在天之灵必为请命上帝，默相陛下光复中兴。若晏处东南不思远略，滥恩施、开告密，贤奸无辨、威断不灵，老成激而投簪、豪杰因之裹足。窃恐祖宗怨恫、天命潜移，东南一隅犹未可晏然自保也』。上嘉答之。
六月，闯贼西遁，山东、河南郡县多据寨自保，杀伪官；而我大清兵已定北京，传檄四方。可法请速遣使北行，颁发监国、登极各诏，使中原知南国有君；从之。
时四镇争欲驻扬州，高杰尤暴横。进士郑元勋议纳杰以释怨，为州人所杀；杰怒攻城，知府马鸣騄、推官汤来贺拒守匝月。命可法往解之。杰素惮可法，趣其下宵取暴骨而埋之；入帐，洒然变色。可法故示以坦易，偏裨而下召见慰劳；因责杰曰：『将军之所以贵显者，以有君命也；如不奉诏而妄冀非属之地，则诸军与扬州之民皆得弯弓而射将军矣』！杰色沮，然浸易可法；以元勋死无罪，请诛首恶，纳其兵，不许。则止可法于其军，屏其左右，易所亲信者杖刀侍侧；可法谈笑不为动。徐草奏以瓜州予之；曰：『镇臣在瓜、臣在扬，调停于兵民之间释其猜嫌，同归于好』。又疏言：『高兵之南下也，初到不无骚扰；及镇臣斩数十人以徇，地方官民可以谅矣。乃抚臣黄家瑞漫无主张、道臣马鸣騄一味偏徇，听百姓日守河边草际，取零兵杀之；用是衅不可解。乡绅郑元勋亲到高营，所以为百姓；而百姓乘元勋一言之误，杀之抚臣坐次，碎其身首：抚臣威令之谓何！骂兵、杀兵以为爱民，而不知适以害民。臣于二臣，不能无憾！乞察首恶一重创之，庶纲常不至尽坏』！上谕部院议处；而扬州士民诣阙保任抚道，上乃优诏恕之。时刘泽清亦大掠淮上；刘良佐至临淮，士民张羽民等亦拒不纳。