而乘间先归者。诏曰：『北都沦丧，帝后升遐。巷战死节者遂无一人，且反面事雠、甘心降贼，为之指斥先帝，规并海宇。人心已丧，法纪何存！所奏既已会议允当，并先夺职。其绞罪以上，法司行抚、按官逮解来京候讯；流罪以下，抚、按官依律讯处具奏。其有身虽陷贼能改图归正，擒杀贼首及以兵马、城池来归，或为内应克立大功，或为内间效忠本朝者，仍从优升赏，不用此例』。论擒解河南伪官功，加义勇李际遇、刘洪起总兵官。以六科员缺，命将中行、评博、推知等官俱减俸行取。
丁酉（十二日），依旧制为五军、神枢、神机三大营，杜宏域等六人分统之。刘宗周疏劾马士英等，优诏答之。
戊戌（十三日），士英乞休，不允。刘泽清、刘良佐疏讦宗周。谕曰：『昔汉宣起于艰难，魏、丙合志；唐肃兴于灵武，李、郭同心。今者袒分左右，口构元黄，天下事不堪再坏！诸臣各宜和衷集事，息竞图功！庶几君臣之间，礼全终始』。
庚子（十五日），擢开封推官陈潜夫为御史，巡按河南。
癸卯（十八日），淮扬巡抚王燮以皇太子及二王皆遇害闻。
甲辰（十九日），荫福府内臣屈尚忠、田成、张执中等弟侄各都督同知，世袭锦衣卫指挥使。夺温体仁官荫。
己酉（二十四日），内批以张有誉为户部尚书；高宏图等争之，不听。
辛亥（二十六日），释高墙罪宗前唐王聿键等三百余人。
时群臣纷争日甚，朱国弼、刘孔昭条陈新政，有『吏部用人必勋臣商榷、各部行政必勋臣面定』之语；又请增设家丁营将，户部给粮。上亦厌之。壬子（二十七日），谕曰：『朕遭百六之运，车书间阻；方资群策，旋轸故都。乃文武之交争，致异同之日甚。先皇帝神资独断，汇纳众流；天不降康，咎岂在上。尔诸臣尚鉴于前车，精白乃心，匡复王室。若水火不化、戈矛转兴，天下事不堪再坏！且视朕为何如主！祖宗成宪，弗尚姑息；各宜钦承，朕言不再』。改正阁臣衔，尚书兼大学士，举经筵。高宏图等请建中宫，谕俟母后回銮日行。
乙卯（三十日），宏图乞休，不允；请召还史可法，亦不报。
是月，万元吉奏大清兵南征。
八月丙辰朔，日有食之。
丁巳（初二日），亲祀先师孔子。以杨鹗为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督川、湖、云、贵、广西军务。命惠王常润居广信。刘泽清疏劾刘宗周。侯考宗室朱统■〈金类〉讦姜曰广。通政使刘士桢、礼科袁彭年疏纠统■〈金类〉罪，不报。
庚申（初五日），加史可法少保兼太子太保、武英殿大学士，高宏图太子少师、文渊阁大学士，姜曰广太子少保、文渊阁大学士，马士英太子太师、武英殿大学士，王铎太子少保、文渊阁大学士；予荫有差。
壬戌（初七日），以贺世寿为户部尚书兼都察院右佥都御史，总督仓场。复东厂；给事中袁彭年疏争，降浙江按察司照磨。起前蓟督丁魁楚兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督河南、湖广军务，巡抚承德、襄阳等处。
甲子（初九日），献贼陷成都，蜀王至澍及妃邱氏以下皆遇害，抚臣龙文光、刘之勃、道臣刘士斗等皆死之。连陷崇庆、新津、汉、彭、什邡、绵、绵竹、仁寿、汶川九州岛县，知崇庆州王励精、知仁寿县刘三策死之（详「忠义」传）。
乙丑（初十日），恤殉难湖广举人陈万策、李开先等。
丁卯（十二日），逮降贼臣光时亨、周锺、项煜。
辛未（十六日），太后至南京。
壬申（十七日），起樊一蘅为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督川、陕军务。起佥事越其杰为都察院右佥都御史，巡抚河南兼辖颍、亳二州军务。
癸酉（十八日），命修西宫之西园第一所为皇太后宫。
乙亥（二十日），命吏部察才品堪用者，发督辅军前补地方官。内批：以张捷为吏部左侍郎。
丙子（二十一日），下降贼臣光时亨等于狱，逮前按察司佥事雷演祚、礼部员外郎周镳。
丁丑（二十二日），封太后弟邹存义为大兴伯，世袭。赠吴三桂父勷辽国公、母祖氏辽国夫人。恤死节生员许琰。
戊寅（二十三日），命王永吉戴罪督山东军务。
庚辰（二十五日），命选淑女、内官；科、道交章谏，不听。
辛巳（二十六日），赐北京死节诸臣范景文等赠谥；立庙于鸡鸣山，赐额「旌忠」。
壬午（二十七日），改前大学士王应熊为兵部尚书，总督川、广、云、贵等处，专办蜀寇；赐尚方剑便宜行事。封总兵郑芝龙为南安伯。命停荐举。禁非言官而上疏者。
癸未（二十八日），革楚抚王扬基任，听勘。
乙酉（三十日），内批：以阮大铖为兵部添注右侍郎，巡阅江防；刘宗周劾奏，