亨嘉至梧、谒者促式耜入朝；式耜曰：『王也而朝，礼也』？谒者曰：『易朝服』。式耜曰：『王，乌用朝服！以常服，礼也』。一日，迓式耜语，挟之登小艇。指挥曹升持刀加颈，索敕印。拽过数舟，数仆数起；坐稍定，曰：『敕印可刀求邪？我开府重臣；若欲为帝，曾庐陆之渔户不若矣』！亨嘉既不获敕印，而魁楚兵且至，乃挟式耜上桂林；塞其舱窦，不令见人，至则闭之王邸。式耜日凝坐，不与邸人语；进之食，亦不食。初，式耜以隆武之立也非序，不劝进。夫人邵氏在幽所日夜哭，因遣家人赍疏间道至福州贺即位，并乞师；曰：『岭表居楚、豫上游；岭表矢，则豫无所惮、楚未得通，天下事益不可为矣！臣式耜朝以死，则粤中夕以亡；岂惟一省之忧』！因陈亨嘉有必败状；上大喜。会丁魁楚遣陈邦傅进讨，亨嘉与战而败；返桂林，馈式耜衣服、饮食，瞑目不应。乃送式耜于距城五里之刘仙岩，而以王符调狼兵；不应。邦傅攻之急，乃复迓式耜入，返其敕印。中军官焦琏为亨嘉党总兵杨国威旗鼓，密输款于式耜；夜缒入邦傅营，合谋擒亨嘉并国威、推官顾奕，槛送福州。论功，加式耜兵部侍郎，协理戎政。式耜曰：『国家祸变，构难同室；臣子奚以功为』！固辞；不许。寻命晏日曙来代，乃僦居广东。
丙戌（一六四六）九月，汀州变闻，式耜与丁魁楚、前兵部尚书吕大器、巡按御史王化澄、巡抚李永茂奉桂王由榔监国肇庆；进式耜吏部右侍郎兼大学士，掌铨事。顷之，赣州报至，魁楚与太监王坤将奉王走梧州；式耜谓：『今日之立，为祖宗雪雠耻，宜奋勇以号召远近；外弃门户、内衅萧墙，国何以立』！不听。既闻苏观生立隆武弟聿■〈金粤〉于广州；魁楚谓：『不定大位，无以厌人心』。乃从式耜谋，奉王还肇庆，于十一月庚申（十八日）即皇帝位。晋式耜文渊阁大学士。
是时，太监王坤弄权恣肆。侍郎林佳鼎兵败于三水，内批以王化澄代督师；式耜奏：『内批非兴朝举动』。李永茂知经筵，疏荐十五省人望，御史刘湘客与焉；坤涂抹而黜之。永茂怫然去位。式耜言：『大臣论荐固其职；司礼辄去取其间，何以服御史、何以安大臣』！坤又疏荐两朝人望数十人；式耜言：『司礼抑人固不可，荐人更不可』！给事中刘鼒亦疏论内臣荐人之非；上怒，夺鼒官。御史童琳以疏劾都御史周光夏，下廷杖。式耜皆力争之；虽不尽听纳，然上甚重之。
十二月，降将李成栋以王师取广州，聿■〈金粤〉遇害。上奔梧州，式耜夜掉小舟留驾；曰：『我兵水陆凫至三水，可上下搤也』。上不能用。请留守肇庆，亦不许。部署五日，始追扈抵梧，而上西行又五日矣。至平乐，丁魁楚、王化澄、李永茂、晏日曙皆弃上去，左右惟式耜一人。会都御史张家玉、给事中陈邦彦合师攻广州，佟养甲呼成栋还救；乘舆得安抵桂林，加式耜太子太保。式耜谕诸镇曰：『粤西居山川上游，敌不能仰面攻，明矣。兵士云屯湖南北，南宁、太平出滇，柳州、庆远通黔；左、右江四十五洞土狼标勇詟国家威惠三百年，悉受衔橛，足资内备』。时朝廷新创，式耜修纪纲、布威武、抑权阉、招俊杰，一时倚以为重。
丁亥（一六四七）二月，梧州、平乐相继失，坤劝上入楚；式耜疏言：『半年之内，三四播迁，兵民无不惶惑；上留则粤留，上去则粤亦去。今日之势，我进一步，人亦进一步；我退速一日，人来速一日。故楚不可遽往，粤不可轻弃！今日勿遽往，则往也易；轻弃，则入也难。且海内幅员止此一隅，以全盛视粤西，则一隅似小；就西粤恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知拱手送矣』。不听；则请留跸全州以扼楚、粤之中，内外兼顾。已而警报狎至，上趣式耜治装；谢曰：『君以仁，臣以义。臣奉命守土，当与此土共存亡』！于是从官皆行。进式耜文渊阁大学士兼吏、兵二部尚书，留守桂林；以焦琏兵隶之。三月乙卯（十五日），王师从平乐长驱入，式耜檄召琏于黄沙镇；方遣人运粮太墟，而王师数万猝至。一卒仓皇奔报，气急舌结，手东西指；式耜笑曰：『敌兵至邪？何张皇若是』！俄数十骑乘虚突入文昌门，登楼瞰留守署，矢集纶巾；式耜叱曰：『何敢尔』！呼焦琏；琏袒背控弦、提刀，引骑兵开门出，直贯我营，冲王师为三；诸将白贵、白玉亦开城出，追奔数十里。总兵刘承胤时奉上驻全州；闻桂林急，亦遣兵三千来援。兵哗索饷，式耜搜库藏、捐囊金与之；不足，夫人邵氏则又捐簪珥数百金与之。哗如故；素与焦琏兵主客不和，乃交哄掠而去。式耜檄诛二十余人，劾承胤驭兵无状。五月乙丑（二十五日），王师侦知城中兵变，猝薄城，环攻文昌门，吏士失色；式耜与琏分门婴守，用西洋铳击中骑兵。大雨，王师稍却。琏乃开城山战，自辰至午，不及餐；式耜括署中米蒸饭亲出分哺，将士益用命。向晡，雨未息，收兵。明日复出战，琏奋刀直入冲阵；王师弃甲仗而奔。式耜先令援将马之骥隔江发大炮助声势，王师间道从栗木岭来者，之骥疾驰运槊提鞬，连毙三人；遂大北，我定南王孔有德望虞山树木疑为兵焉。论守桂功，进式耜少师兼太子太师，封临桂伯；焦琏新兴侯。式耜疏辞