失；手书「八箴」箑进之。檄诸将乘机进取，劳师全州。
时李成栋遣官迎驾；式耜虑成栋之挟上自专如刘承胤也，疏曰：『兴陵两载陷风尘，成栋令地方官修葺陵殿，巍然天寿；彼数年想见天子、汉官，一旦奋不顾身，具移山超海之力，更非有所疑也。但事权号令，宜归于一。兹军中爵赏署置若归于朝廷，则事权中扰，阃外不能专制；不归朝廷则徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵如望云霓圣驾既东，军中将帅谓皇上乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣散。请上一见东诸侯，俾共瞻天子音容；慰劳指属。然后责其尽意于东，刻期出师；一切决于外，不中扰也』。三疏令简讨蔡之俊、给事中蒙正发先后迎驾；曰：『前日粤东未复，宜驻桂以扼楚；今日江广反正，则宜驻桂以图出楚。事机所在，毫厘千里』！上意未决。吏部侍郎吴贞毓力言成栋忠诚；乃决计幸粤东。八月癸巳朔，上还驻肇庆。成栋以翊明大将军执政；疏言：『式耜拥戴元臣，应召还纶扉』。上手诏促之，式耜因乞骸骨；乃留守如故。九月，何腾蛟复衡、永，监军余鲲起复宝庆；式耜疏言：『天下大势在楚不在粤；粤东三面险阻，易入难出。臣不敢争者，以成栋一片血忱，方倚为江右声援；阻其望幸之心，何以劝忠！今衡、永恢复，粤西之背愈厚；而江围未解，粤东之齿尚寒。皇上宜去危就安，俾成栋无内顾之忧，得毕力图赣；楚师得万乘亲临，亦勇气十倍矣』。疏上未报，而堵胤锡与常德守将马进忠不协，湖南州县复陷。
己丑（一六四九）正月，腾蛟兵溃被执，李成栋、金声桓亦相继败没。公卿集政事堂议代腾蛟者，佥曰：『惟留守望尊德巨，足以折制诸将』。上是之。赐式耜彤弓、铁钺；永、宝、鄂、岳上下三军之任行间者，生杀予夺惟命。式耜辞不获，乃戒期誓众，建元帅旗鼓，申号令。疏请兵科给事中吴其靁为监军；荐张同敞知兵、得士，总督军务。滇将赵印选、胡一青、王永祚以腾蛟死，率所部来依，大喜；遣使郊迎。请封三人为侯伯，分守全州、永宁。七月，王师取永宁，一青退守榕江。式耜檄印选出全州，顾无所取饷。十二月，王永祚败绩于永州，军赀尽散。式耜闻之，顿足曰：『我蓄锐两年，一朝崩溃；岂天果不祚明邪』！是时疆事大坏，而朝端吴、楚党局哄如水火。庚寅（一六五○）正月，王师克南雄；恶李元胤者，请上幸梧州。式耜疏曰：『粤东水多于山，良骑不能野合。自成栋反正，始有宁宇。赋财繁盛，十倍粤西；材官兵士，南北相杂：内可自强、外可备敌。且肇庆去韶千里，强弩乘城、坚营固守，亦可待勤王兵四至。「传」曰：「我能往，寇亦能往。以天下之大，止存一隅；退寸失寸，退尺失尺。今乃朝闻警而夕登舟，将退至何地邪』！疏再上，而上已移德庆，抵梧州境矣。寻金堡、刘湘客等下狱，严鞫追赃；式耜言：『中兴之初，宜保元气，勿滥刑。诏狱追赃，乃熹庙魏忠贤锻炼杨、左事；何可祖而行之』！上颁敕布诸人罪状，式耜封还；谓：『法者，天下之公也；不可以蜚语饮章，横加考察，开天下之疑』！疏凡七上，上听。诸镇将亦相争不协。
既全州失，印选、一青托分饷，入桂林；焦琏营安乐，猝呼之不能至。十一月甲寅（初五日），王师大举入严关。式耜檄印选为战守计，不应；再促之，则尽室逃。王永祚迎降；胡一青、杨国栋、蒲缨、马养麟等驰出小路勒兵，兵自溃，乃皆逃。式耜危坐府中，总兵戚良勋操二骑至，跪而请曰：『公为元老，系国安危。身出危城，尚可号召诸勋再图恢复』！式耜曰：『四年忍死留守，其义为何？我为大臣，不能御敌，以至于此；更何面目见皇上、提调诸勋乎！人谁不死，但愿死得明白耳』！家人泣请曰：『次公子从海上来，一、二日即至；乞忍死须臾，一面诀也』！盖式耜次子元錥间关入粤，时已至永安州矣。式耜挥家人出曰：『毋乱我心！我重负天子，尚念及儿女邪』？俄总督张同敝自灵川回；入见曰：『事急矣，将奈何』？曰：『封疆之臣，将焉往？子无留守责，曷去诸』！同敞曰：『死则俱死耳』！乃呼酒对饮。四顾茫然，惟一老兵不去；命呼中军徐高至，以敕印付之曰：『完归皇上，勿为敌人所得也』！是夜雨不止，城中寂无声；两人张灯相向。黎明，有数骑腰刀、挟弓矢入；式耜曰：『吾两人待死久矣』！偕之出。见定南王孔有德，有德踞地坐，举手曰：『谁为瞿阁部先生』？式耜曰：『我是也』。顾曰：『坐』！式耜曰：『我不惯地坐；城陷，求一死耳』！有德曰：『甲申之变，大清国为明复雠，葬祭成礼。今人事如此，天意可知。吾断不杀忠臣，阁部毋自苦！吾掌兵马、阁部掌粮饷，一如前朝事何如』？式耜曰：『我明之大臣，岂与汝供职邪』！有德曰：『我先圣后裔；势会所迫，以至今日。阁部何太执』！同敞厉声曰：『汝不过毛文龙家提溺器奴耳，毋辱先圣』！有德怒，自起批其颊，叱左右刀杖交下；式耜叱之曰：『此宫詹张司马，国之大臣！死则同死耳，不得无礼』！有德遽命还其衣冠，因曰：『某年二十起兵海上，南面称孤；投诚后，拥旄节，爵名王。公今日降，明日亦然矣。语曰：「识时务者为俊杰」