知全出于此。甚矣学问之无穷，而人尤不可以无年也！"
先生晚年名益著，清世宗在潜邸，手书延至京师，握手赐坐，呼先生而不名，索观所著书，每进一篇，未尝不称善。疾亟，请移就外，留之不可，乃以大床为舆，上施青纱帐，二十人舁之出，移居城外十五里，如卧床箦，不觉其行也。先生又著《潜邱劄记》六卷，《毛朱诗说》一卷，及《日知录补正》《丧服翼注》《博学掌录》，宋刘攽、李焘、马端临、王应麟《四家逸事》诸书，诗有《眷西堂》诸集。
卒年六十有九，时康熙四十三年六月八日。世宗遣官经纪其丧，亲制挽诗，又为文祭之。
百诗仅有这点点成绩，为什么三百年来公认他是第一流学者呢？他的价值，全在一部《古文尚书疏证》。《尚书》在汉代，本有今古文之争。伏生所传二十八篇，叫做"今文尚书"。别有十六篇，说是孔安国所传，叫做"古文尚书"。然而孔安国这十六篇，魏晋之间，久已没有人看见。到东晋，忽然有梅賾（ze）其人者，拿出一部《古文尚书》来，篇数却是比今文增多二十五篇，而且有孔安国做的全传-即全部的注。到初唐，陆德明据以作《经典释文》，孔颖达据以作《正义》。自此以后，治《尚书》者，都用梅賾本，一千余年，著为功令。中间虽有吴棫、朱熹、吴澄（吴澄，字幼清，元崇仁人，著《书纂言》四卷，唯注《今文尚书》，谓《古文尚书》乃晋世晚出之书，不注）、梅鷟（字致斋，明旌德人。著《尚书考异》五卷，指出证据，明言东晋《古文尚书》是伪书）诸人稍稍怀疑，但都未敢昌言攻击。百诗著这部《古文尚书疏证》，才尽发其覆，引种种证据证明那二十五篇和孔传都是东晋人赝作。百诗从二十岁起就着手著这部书，此后四十年问，随时增订，直至临终还未完成。自这部书出版后，有毛西河（奇龄）著《古文尚书冤词》和他抗辩，在当时学术界为公开讨论之绝大问题，结果阎胜毛败。《四库提要》评阎书所谓："有据之言，先立于不可败也"。自兹以后，惠栋之《古文尚书考》，段茂堂（玉裁）之《古文尚书撰异》等，皆衍阎绪，益加绵密。而伪古文一案，逐成定案。最后光绪年间，虽有洪右臣续作冤词（1827-1897，名良品，字右臣，湖北黄冈人。著书近四十种，康有为《新学伪经考》方出，即撰《新学伪经考商正》二卷进行驳难。所谓续作冤词，指他曾作《古文尚书辨惑》十人卷，又《释难》二卷，《析疑》一卷，《商是》一卷，大抵重复前人陈说，声称《伪古文尚书》不伪。其说极迂腐，连信古文经学的学者也无人提及。），然而没有人理他，成案到底不可翻了。
请问，区区二十篇书的真伪，虽辨明有何关系，值得如此张皇推许吗？答道，是大不然。这二十几篇书和别的书不同，二千余年来公认为神圣不可侵犯之宝典，上自皇帝经筵进讲，下至蒙馆课读，没有一天不背诵他。忽焉真赃实证，发现出全部是假造，你想，思想界该受如何的震动呢？凡信仰的对象，照例是不许人研究的，造物主到底有没有？那稣基督到底是不是人？这些问题，基督教徒敢出诸口吗？何止不敢出诸口，连动一动念也不敢哩。中国人向来对于几部经书，完全在盲目信仰的状态之下。自《古文尚书疏证》出来，才知道这几件"传家宝"里头，也有些靠不住，非研究研究不可。研究之路一开，便相引于无穷。自此以后，今文和古文的相对研究，六经和诸子的相对研究，乃至中国经典和外国经典相对研究，经典和"野人之语"的相对研究，都一层一层的开拓出来了。所以阎百诗的《古文尚书疏证》不能不认为近三百年学术解放之第一功臣。
阎百诗为什么能有这种成绩呢？因为他的研究方法实有过人处。他的儿子说道："府君读书，每于无字句处精思独得，而辩才锋颖。证据出入无方，当之者辄失据。常曰：'读书不寻源头，虽得之，殊可危！'手一书至检数十书相证，侍侧者头目为眩，而府君精神涌溢，眼烂如电，一义未析，反复穷思，饥不食，渴不饮，寒不衣，热不扇，必得其解而后止。"（阎咏《左汾近稿．先府君行述》）他自己亦说："古人之事，应无不可考者。纵无正文，亦隐在书缝中，要须细心人一搜出耳。"（《潜邱札记》卷六）戴东原亦说："阎百诗善读书。百诗读一句书，能识其正面背面。"（段玉裁著戴先生年谱）大抵百诗学风，如老吏断狱，眼光极尖锐，手段极严辣，然而判断必凭证据，证据往往在别人不注意处得来。《四库提要》赞美他说："考证之学，未知或先。"（《古文尚书疏证》条下）百诗在清学界位置之高，以此。《四库提要》又说："若璩学问淹通，而负气求胜，与人辩论，往往杂以毒诟恶谑，与汪琬遂成仇衅，颇乖著书之体。"（《潜邱札记》条下。汪琬（1624-1689），字苕文，号钝翁，江苏长洲人。康熙中应博学鸿词科，授 翰林院编修，预修明史。著有《钝翁类稿》、《尧峰文集》等数百卷。他崇拜归有光，性狷急不容人持异议。其弟子惠周惕，传其说《易》议《礼》之学，开清朝汉学吴派先河。阎若璩曾批评汪及李因笃、毛奇龄说经史多穿凿，谓："汪尧峰私造典礼，李天生社撰故实