地，不比北方，得任意驰驱；若凭险设伏，收人心以固其本、兴贩各港以足其饷，选将练兵，号召不难矣。夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山不威，脱渊则困。愿吾父思之」！芝龙拂袖起。成功出，遇鸿逵，告以故。鸿逵壮之，入谏，芝龙不听；成功率所部遁金门。其部曰「南郎」、「北郎」。南郎者，闽广人，多芝龙旧部曲；北郎乃江浙人及北方剧盗、旗下逃兵。芝龙复召之同行；复书曰：『从来父教子忠，未闻以贰。今大人不听儿言，投身虎口，惟大人努力自爱，勿以成功为念』！芝龙叹曰：『此子不来，清君臣其旰食乎』！成功旋闻唐王凶问、设位令军民缟素。从浯洲人安平镇，誓众曰：『本藩乃明朝臣子、中兴将佐，披肝无地冀诸英杰共伸大义』。出家帑犒师，用「招讨大将军」印，称隆武二年；自安平镇人海澄，至镇海卫以观其变。清韩固山统满汉骑兵突至安平，芝豹与弟芝鹏惧兵威，不敢战，敛其家资子女于巨舰，弃城泊外海。成功闻报，飞师而来。固山见船只塞海，亦不敢守，弃之回泉州。成功收整城池，率众固守。
广西瞿式耜立桂王于肇庆府，改元永历。苏观生等遁至粤，迎立唐王之弟聿■〈金粤〉，改元绍武，遣辅明侯林察御桂王。及绍武败，察遁，航海至安平。成功始知桂王立，曰：「吾有君矣」！乃修表称贺，遣江于灿至行在。
永历二年夏，成功人同安，守将遁，命邱缙、林壮猷、金作裕守之；进围南安。七月，清总督陈锦与将军陈泰复同安，邱缙三人巷战死；成功遥祭痛哭，移驻镇海铜山。
江于灿同太监刘玉赍永历诏，晋封成功威远侯。漳浦守将王起俸谋降事泄，奔成功，用为总练使。同柯宸枢联络铜山等处，募兵措饷。从云霄白塔登岸，守将张国柱迎战死，遂率众攻云霄城。守备姚国泰拒守，城陷，巷战，被擒；成功惜其忠勇，令医治，用为监督。
三年，将攻潮州，有漳浦盘陀岭之战，柯宸枢全军皆没，遂退师。时郑彩出师从鲁王，封建国公。芝鹏至自安平，说成功敢厦门；成功虑攻之不得，反结为仇。鹏弟芝莞曰：「建国远行，惟郑联在厦，此其时也」。施郎曰：「联嗜酒无谋，藩主以巨舰回师泊鼓浪屿，彼见船少，必无猜疑。余船作商贾，分驻旁港；登岸拜谒，相机而动。此吕蒙赚荆州之计也」。成功曰：「吾欲善取之，庶免杀兄之名」。莞曰：「恐其部卒生心，杀之可也；不见唐太宗之于建成、元吉乎」？成功率甘辉、施郎、洪政、杜辉精兵五百、船四只，中秋夜泊鼓浪屿。联方醉卧万石岩；岩在城东，凿石成洞，联所造也。报至，不得通。诘朝酒醒，栉发出迎。成功笑曰：「师屦败，兄能以一军相假乎」！联仓卒唯唯而已。成功麾军进，众莫敢动。因邀联饮于虎坑岩；投壶角胜。联归至半山塘，伏起刺杀之。成功勒兵入城，大哭曰：「谁杀吾兄」？令兵守联与彩宅门，饬无令不许擅入。斩其用事吴云飞，于是联部将陈俸、蓝衍、吴豪等咸归焉，彩将杨朝栋、王胜、杨权等亦降。乃遣洪政持书折矢招彩。彩曰：「吾年老，诸子弟能继志者，大木耳。愿以全师付之」。令弟斌偕政复命。彩既相见如故，成功待之甚厚。命洪政招诸岛，悉听约束。乃分其军为五，林察为左军、周瑞为右军、张名振为前军、周鹤芝为后军，而自为中军；蔡福为司马，泉州冯澄世、潘庚锺、纪举国、同安林俞卿等为参军。清兵下广州，桂王诏成功率舟师从虎门入援。乃以黄大振为援剿前镇守海坛，水师阮引、何德、陆师蓝登等属芝豹守厦门，自率诸镇南下勤王。至潮阳，施郎与陈斌不睦，因止不进。
五年，成功舟师回南澳。二月，至白沙湖遇暴风，收入盐州港。福建巡抚张学圣按泉郡，侦知成功往粤东，檄驻泉总兵马得功统兵乘虚袭厦门，从五通掩渡。阮引不战而退；芝莞闻报，席卷珍宝，弃城下船。张学圣督大队至，适潮大涨，登五通山，望波涛万顷、岛屿孤悬，愕然曰：「此绝地也！设有缓急，岂能飞渡」？即日引还。马得功闻后军已退，不敢坐镇，走篔筜港。而鸿逵部将杨抒素、吴勃已至，截诸港，勃战死；施郎复率陈纁、郑文星从厦门港登岸促之。得功尝为鸿逵标下守备，驾小舟见鸿逵而说之，鸿逵纵之去。成功率舟师至。得功已去五日矣。令镇将不许赴鸿逵署，出隆武所赐尚方剑斩芝莞。赏施郎、陈纁、郑文星银各有差。九月，成功攻漳浦，战于南溪。王邦俊战溃，入城不出。清提督杨名高统兴泉诸营，进至小盈岭。成功营连发三炮，岭左右伏起，名高队大乱，退驻泉州。成功乘胜进攻漳浦，守将杨世德、陈尧策出降。海澄郝文兴亦遣人通款，遂入海澄。同安周全斌亦降。
六年，围长泰，清知县传永吉中炮死；总督陈锦援之，成功解围，移屯柳营江。锦进战失利，退至同安，为其奴库成栋所刺，奔投成功。成功佯喜，厚赏之；次日，大会文武，数其叛主罪诛之。长泰守将李青弃城遁，城遂陷。进围漳州；清浙江总兵马逢知率师至、成功戒诸将勿战，纵之入城。度城中人多，粮必乏，外调既迟，可因而破也。逢知养锐数日，开东门出战。成功遣别将迎敌，自领甘辉攻城。逢知回援，成功横冲之，大败