，婴城守。成功筑镇门堤，决水灌城；堤不成，乃罢。清都统金砺援漳州，至龙江，遇周全斌，击败之。成功解围退，又败于古县，退入海澄。
七年，金砺攻海澄，大败还漳州，海澄守益固。遣监督池士绅以蜡丸赍帛至广西行在报捷，回赍桂王诏，晋封成功漳国公。漳州刘国轩潜通成功；夜遣甘辉、洪旭等至南门，国轩开门纳入。诸县悉附。于是分所部为七十二镇，设六官理事，改中左所为思明州。鲁王航海来依成功，未至，议接见礼。潘庚锺曰：「鲁虽监国，而藩主奉粤西正朔均臣也；相见不过宾主」。成功曰：「不然。外藩于诸王非敌体，况监国乎？用宾主则纪纲混矣！吾以宗人府宗正见之，则两尽矣」。潮州郝尚久叛，来乞师。成功恶其为人，不欲援之。周全斌曰：「倡义宜纳降，拒之恐失天下心」。令自揭阳人援；至南澳而潮已破，引还。遣兵攻崇明，败；旋犯吴淞，掠战船二百。芝龙至京，改隶厢红旗汉军，诏封芝龙同安侯、成功海澄伯，命芝龙书谕成功降。芝龙遣其私人李德至。谕以如未投诚，先献监国鲁王；成功送鲁王于粤行在以避之。王不欲行，成功强之，始扬帆出海，遇风入南澳；寻复归金门，供给如初。清总督刘清泰致书成功，成功以未有地方安插为辞，不受印敕。八月，内院叶成格、理事官阿山偕芝龙二子名渡、名荫者赍四府安插兵将敕命入闽。成功遣渡候二使于安平，乃命水陆军列营数十里，设伏据隘。自偕诸参军诣安平；而叶、阿二使亦严军卫以待之。成功请先开诏书，二使谓「未薙发，非臣也，焉可轻出诏书」？径回泉州。成功笑曰：『忽然而来、忽来而去，意可知矣』。遂命芝豹至京。附书报其父曰：「儿只字不敢相通，惧有贻累也。修禀聊述素志，和议非本心也。不意海澄公之命突至，不得巳按兵以示信；继而四府之命又至，不得已接诏以示信。至于请益地方，原为安插数十万兵将，何以日词语多乖、征求无厌乎？地方无加增，四府竟成画饼，将欲效赚吾父故智。大丈夫作事，磊磊落落。若能信儿言，则于吾父为孝；不信儿言，则于吾君为忠。前诏使到省，儿属渡弟约期相见，盛设供帐于安平之报恩寺。乃二使不敢信宿，哨马四出、布帐山坡、举动疑忌。且奉敕堂堂正正而来，安用生疑？彼既生疑，儿安能无疑乎？叶、阿奉敕入闽，不惟传宣德意，亦且奠安兆民。百姓如此困苦、将士如此蕃多，目睹情形，不相商榷，徒以薙发二字来相逼挟。儿一薙发，郎令诸将薙发乎？郎令数十万兵皆薙发乎？二使不为终始之图，代国家虚心相商，而徒躁气相加，能令人无危惧乎？况儿名闻四海，苟且作事，亦贻笑于天下。吾父巳入彀中，得全至今，幸也！万一不幸，惟有缟素复仇以结忠孝之局耳。他何言哉」！又与弟渡书，勖以善事父母，勿以兄为念。二使复命，部议置芝龙于高墙。成功遣林察督师，会李定国于广东。定国战败，梧州失守。察侦知，自虎头门还。
九年，成功取仙游，复取揭阳、普宁。清郑亲王世子济渡率师平海，调各澳船出泉州，围虎头，战不利。夜狂风大作，船相触损坏过半。攻金门白沙寨，成功迎敌，退入泉港。施郎、黄梧以事前后降清，督师入奏，诏以前授成功海澄印授梧；荐施郎为副将，改名琅。成功既堕安平镇及漳州府漳埔、长泰、同安诸县城，集诸将议曰：「本藩欲北上争衡，因失海澄中止。今贝勒舆总督驻漳州，福州必虚；我乘南风抵闽安，取福州，则漳泉下游悉为我有」。遂以甘辉为帅、万礼副之，统杜辉、陈斌等十五镇北上攻闽安，守将望风遁。成功闻报，命前提督黄廷率陈鹏守厦门、洪旭同兄泰守金门，自与王秀奇等将大队舟师入南台，夺其桥；再战再胜，进围福州。分兵守乌龙江，以御泉、漳救援之师；西据洪塘水口，以截延、建饷道；北守连江北岭，以遏温、台；惟南面近水不为备。巡抚宜永贵与副将田胜议分兵守乌楼，成功每攻城，辄为乌楼炮石所伤；乃并力攻乌搂，破之。城中益惧，参将张国威请于巡抚，出原任藩司周亮工、副将王进于狱，问以破敌之策。亮工曰：「城外营垒相连，独东南一角疏防，令王进将步骑暗过鼓山，出路通桥，以袭南台海船；令一军伏南门、一军伏西门，出不意突击，破之必矣」。夜三鼓，开水部门，绕鼓山而出。天明，鸣螺掩杀，城上发大炮，伏兵齐起。成功诸营出不意。抛弃器械旗帜下船，解椗退屯闽安。十二月，攻罗源，复攻宁德芝龙再遣家人谢表谒督师，请劝成功投诚。巡抚佟岱致书成功，谢表赍书至宁德曰：「天下巳定，徒劳无益」。成功叱曰：「小人焉敢鼓唇舌」！表悚然不敢复言。清督师闻宁德之警，遣阿克襄往援。成功亦虑督师乘间攻厦门，令甘辉断后。杀阿克襄。乃遣谢表归，而致书其父曰：「吾父祸福存亡，儿料之熟矣；前言巳尽。但谢表日夜跪哭，谓无可回复，不得不因前言而申明之。大丈夫光明正大，岂肯效诈伪之所为？苟就机局，取笑当时。诚能略其小而计其大，益地足食插我弁众，罢兵息民，彼无诈、我无虞，如此则奉清朝正朔，无非为民生地也、为吾父屈也。文官听部选、钱粮照前约，又非徒为生民计、为吾父屈他。将兵安插得宜，则清朝无南顾之忧；海外别一天地，儿效巢