及朝鲜王降，朕践前言，仍令主其国。后围大凌河，祖总兵来降，亦不杀之：尔等所素闻也。朕素以诚信待人，必不以虚言相诳。尔等可自思之』！九月，承畴谋突围出，悉城中步骑夜犯镶黄旗骁骑营、正白镶白两旗汉军营，败还，伤毙千余人。十二月，闻关内兵三千赴援将至，复出兵六千，夜犯正红旗护军营、正黄旗蒙古营，为矢炮所殪者四百二十余人，从杏山遁；伏发，截杀五百七十余人，败退城下，因门闭不得入，投降者二千余人。关内赴缓兵竟驻宁远，终不进。承畴欲战则力不支、欲守则粮巳竭、欲遁文未成队而出，与曹变蛟、王廷臣、巡抚邱民仰、兵备道张斗、姚恭、王之桢等坐困城中。越一月，副将夏成德遣人赴大军通款，以其子舒为质，约内应。清兵夜树梯登城；城破，斩曹变蛟、王廷臣、邱民仰等，生擒承畴送盛京瞻养之。祖大寿知承畴就擒，因率锦州诸将以城降。明讹传承畴已死，予祭十六坛，建祠都城外，与邱民仰并列。庄烈帝将亲临奠，俄闻承畴降，乃止。
清崇德七年四月，都察院参政张存仁上言：『臣观洪承畴欣欣自得，侥幸再生，是仰慕真主，思效力于我国者。应速令薙发，酌加任用』。五月，召见崇政殿。承畴奏曰：『臣困松山，粮绝人相食；城破被擒，自分应死。蒙皇上矜怜不杀，自知罪重，不胜惶恐』！太宗曰：『彼时各为其主耳。朕之击败十三万兵，得松、锦诸城，皆天也。天道好生，善养人者斯合天道，朕故思活尔。尔但尽心图报可』。命隶镶黄旗汉军。
顺治元年四月，睿亲王多尔衰伐明，承畴从师次辽河。闻流贼李自成已陷京师，承畴因陈进兵策曰：『我军之强，天下无敌，宜先布号令，示此行特扫除乱逆，不屠人民、不焚庐舍、不掠财物，其开门归降及首倡内应立大功者破格封赏。法立令行，此要务也。向见流贼遇弱则攻，过强则走；今闻我军至，必遁而西。宜从蓟州、密云疾行而前，贼若走，则以精骑追之；若仍据京城以拒我，则破之更易。至入关路隘。我兵皆不便履险，恐贼伏精锐；我宜改骑为步。从高瞰之，俾步前马后。比入边，则步卒皆马兵也。抵京日连营城外，以断西路诸援兵，则贼可一战而歼矣』。五月，清军击走流贼，定京师；承畴奉旨，仍以太子太保兵部尚书兼都察院右副都御史原衔人内院佐理机务，遂为秘书院大学士。
二年闰六月，豫亲王多铎定江南，明福王朱由崧就擒。上命承畴往驻江宁，铸给招抚南方总督军务大学士印，赐敕便宜行事。承畴至，疏列明南京翰林、科道、卿寺、部属等降顺者百四十九人，请令赴部录用。是时，明唐王自号隆武，据福建，某大学士黄道周引闽兵出浙江开化；明御史金声家居休宁，受聿键部院职，募乡兵十余万屯绩溪；明鲁王朱以海据绍兴，高安王朱常淇据徽州；薪水王朱术皑次子常■〈巛上水下〉冒族兄樊山王旧称，结寨英山、潜山间；又有朱由■〈木产〉冒称金华王，据饶州；朱谊石冒称乐安王、朱谊泐冒称瑞昌王，分据溧阳与金坛乡村：联结江南北党与谋犯江宁。承畴檄提督张天禄、总兵卜从善、胡茂桢等分路进攻，擒金声于绩溪、擒黄道周于婺源，先后解至江宁，论降不从，斩之。明故官荆本彻、李守库、徐君美等据崇明，承畴檄总兵李成栋攻之，斩守库，擒君美，降其城；本撤窜入海。
三年正月，承畴查知江宁人有叛应朱谊石、朱谊泐者，于距城五十里之西沟地捕斩万德华等五十余人；又闭城搜捕鞫实郭世彦、尤琚等三十一人，诛之。朱谊石、朱谊泐合众二万来犯，火攻神策门；清兵先分出潮阳、太平二门堵截，乃启神策门冲击，大败之。追至摄山，擒斩无算。寻檄总兵马得功、卜从善等剿潜山司空寨，斩守寨头目石应璧等，生擒朱常■〈巛上水下〉；搜婺源严杭山，擒朱常淇及其监运道江于东、职方司许文玠等。复擒朱谊泐及其经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏合章等于句容、丹徒，擒朱由■〈木产〉及其族人朱常洊、朱常泚、朱常涫于饶州、鄱阳湖，擒朱谊泐之弟谊贵及瑞昌王军师赵正于宿松县之洿池，并斩之。明给事中陈子龙家居华亭，结大湖溃众遥附朱以海；承畴遣参领索布图往捕，子龙投水死。
四年四月，驻防江宁总管巴山、张大猷奏：林游击陈际可擒贼谢尧文，获明鲁王封承畴国公及其总兵黄斌卿致承畴与杀巡抚王国宝书，有「请为内应，杀巴、张二将，则江南不足定」语。上奖巴山等严察乱萌，而谕慰承畴、国宝曰：『朕益知贼计真同儿戏。因卿等皆我朝得力大臣，故反间以图除陷。朕岂堕此计耶』？十月，巴山等以察获游僧函可、金猎等五人携有谋叛踪迹，牒承畴鞫讯。承畴疏言：『函可乃故明尚书韩日缵之子，出家多年。乙酉春，自广东来江宁刷印藏经；值大兵平江南，久住未回。今以广东路通，向臣请牌回里。臣因韩日缵是臣会试房师，遂给印牌。及城门盘验，经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌；又有变纪一书，干预时事。其不行焚毁，自取愆尤，与随从之僧徒金猎等四人无涉。臣与函可世谊，应避嫌，不敢定拟。谨将书牒牌文封送内院』。得旨，下吏部察议：『承畴私给印牌，应革职』。世祖以承畴劳绩可