嘉，宥之。承畴以江南湖海诸寇俱削平，又闻其父卒于闽，请解任守制；乃调宣大总督马国柱为江南江西河南总督。
五年四月至京，回内院。六月，充太宗文皇帝实录总裁官，充会正考官，加少传兼太子太传。八年闰二月，命管都察院左都御史事。寻甄别诸御史，分为六等，拟差用魏管等二十二人、内升陈昌言等二人、外升张瑄等十一人，王世功等十七人外调、降用、革任有差。五月，张瑄疏劾吏部尚书陈名夏植党营私诸款，有「嘱承畴庇其门生李嵩阳留任御史及太仆少卿黄徽元因承畴姻戚骤升正卿」语，并劾承畴不请旨私送母回闽，又屡与名夏及尚书陈之遴聚集火神庙屏左右密议逃叛。下王贝勒大臣集质。名夏辩释，承畴以送母回闽未奏明自引罪；至火神庙会议数次，则皆因甄别御史。商酌应差用及升调降革者也。得旨：『聚议事，不必悬揣。送母回闽未奏，为亲甘罪，其情可原；仍留任，以责后效』。
九年五月，丁母忧，命人直如故，私居持服；赐其母祭葬。九月，钦天监奏，太白星与日争光，流星入紫薇宫。时内大臣议请驾往边外迎达赖喇嘛，承畴同大学士陈之遴疏言：『日者人君之象，太白敢与争光；紫薇宫者人君之位，流星敢于突入。上天垂象，诚宜警惕。且今年南方苦旱、北方苦涝，岁饥盗起，处处入告，非圣躬远幸之时。达赖喇嘛自远方至，遣一大臣接迎，巳足见优待之意，何劳圣躬亲往』？疏入，得谕曰：『卿言甚是，朕即停止。嗣后国家一切机务，敷陈毋有隐讳』。
十年正月，调宏文院大学士。五月，调国史院大学士。时明桂王居安隆，流贼遣党一只虎、郝摇旗、孙可望、李定国等俱假封号以招集散亡、联结枭健，踞滇、黔，掠楚、粤。上命承畴经略湖广、广东、广西、云南、贵州，特晋太保兼太子太师、兵部尚害、都察院右副都御史。谕之曰：「湖南、两广虽渐底定，滇、黔阻远，尚未归诚。朕将以文德绥怀，不欲勤兵黩武，而远人未喻朕心，时复蠢动；必得威望重臣、晓畅民情、练达治理者相机剿抚，方可敉宁。朕偏察廷臣，惟尔克当斯任。前招抚江南巳有成效，兹命绥靖南方，听择要地驻札。俟滇、黔既定，善后有人，即命还朝。承畴奏言：『臣年过六十，理宜退休，乃荷特界经略之任，伏愿时谕吏、户、兵三部仰承圣意，俾臣得竭力展布，剿抚中机』。上即命内院以特假便宜条款详列敕书，传示内外遵行。并允承畴奏荐，以原任大学士李率泰为两广总督，与平南王尚可喜、靖南王耿继茂驻守广东；改拨士贼朱靖之江西省属承畴，铸给经略湖广、江西、云南、贵州内院大学士印。
十一月，承畴疏言：『湖南有孙可望抗拒于南，郝摇旗、一只虎等肆毒于北，或由澧州而犯常德、或由岳州而犯湘潭，则我腹背受敌。广西有李定国眈眈思逞，距桂林二百里；惟附郭之临桂县舆灵川、兴安二县及全州未为所据。我兵若由桂林进剿，而彼自靖沅乘虚潜袭，则我首尾难顾；宜防守严密，乃可随机援剿』。上命宁南大将军辰泰率八旗兵往湖广，与承畴商驻要地；又诏继茂移镇桂林，以联声援。
十二年二月，上谕兵部曰：『前以湖广寇氛未靖，殃及生民，会有旨增遣满洲兵携家口驻武昌。今念沿途水陆居民及驿递必至骚扰，所驻之地又须拨给房屋田土，更为民累。近五省经略洪承畴在彼操练官兵，军威殊壮；招徕抚辑，民情悦安，无须增置携家口兵。前所遣兵，仍照常更换』。六月，可望遣其党刘文秀、卢明臣、冯双礼等分犯常德、岳州、武昌；承畴与大将军辰泰遣兵邀击，大败之，明臣堕水死、双礼中创遁、文秀窜贵州。八月，诏颁赏承畴及所统将领有差。十二月，承畴以宝庆府震雷彻夜，具疏自劾；上慰谕之。
十三年，晋太传，仍兼太子太师，荫一子入监。十四年十月，孙可望率所属官百余、兵丁数千，自贵州赴长沙纳款；上命承畴同宁南大将军、贝子洛托相机收取贵州。十五年二月，疏陈贵州地势情形及三路进取云南机宜。寻与托洛会师常德，由辰州、沅州向镇远进取；檄偏沅巡抚袁廓宇招降靖州，沿途擒斩、收降甚众。四月，抵贵阳，城中文武官俱先遁。承畴疏言：『自常德至贵阳，一路重关高岭，石径尖削；大雨将及半月，泥泞三尺。满洲兵谓从来出征有未如此之难、马匹疲毙未有如此之甚；然皆不顾艰险，奋勇当先。汉军绿营兵紧随而进，不五十日，剿逆抚顺，贵州全省底定』。上命信郡王多尼为安远大将军，率师之贵州，与四川、广西兵会，进取云南。六月，承畴疏言：「臣前有三路进取全局一疏，冀不致兵众拥集，争粮乏食。及至贵州，见各府州县卫所仅留空城，即有数十百石米彀；八旗兵陆续经过，二三日辄罄尽。惟省仓存米彀万余石，足供一月食用。臣所统兵皆分布镇远、偏桥、兴隆、清平、平越等处，各自买米，并寻野菜和米充饥；投诚官兵暂驻三、四日，即改发天柱、会同、黔阳等县及沅州以就粮。贵州山深地冷，收获皆在九月；臣遣官劝谕军民士司苗人，豫纳本年秋粮之半，接济满洲兵月米。今四川一路兵驻于遵义、鸟江休息，有旧日遗粮处；广西一路兵驻独山，可亦就近购粮。