，有以六气而言者，有以脏腑而言者，说见《素问・至真要大论》。伤寒注家亦有六气为本，三阳三阴为标，脏腑为本，经络为标之说。故审察病机，循此而探索伤寒方，可治杂病之理，自寓求本之义。先以六气言之，如《伤寒论》中，用桂枝汤治中风，麻黄汤治太阳伤寒，此为在表风寒而言。若理中汤、丸治太阴脏寒，附子汤治少阴阳虚而寒，自属里寒，至于四逆汤治纯阴无阳，通脉、白通二方治格阳、戴阳，则属里寒重笃之证。热与寒相对，如葛根芩连汤治表里皆热，白虎汤治阳明独盛之热，三承气汤以通下为法，则是治阳明有形之燥热矣。湿与燥相对，茵陈蒿汤、栀子柏皮汤、麻黄连翘赤小豆汤，为治阳明湿热发黄，自可于太阴病中理中、四逆辈求之。然此云六气，多侧重于外来致病因素而言。若躯体内部机能失调，亦可产生六气之化。如脾肾阳微，可致内寒；脾虚失运，多成内湿；液燥津枯，阳热生热，治则自可参照太阴、阳明温清等法。至于厥少阴虚阳亢，生风动火，仲景法似未备，然推而广之，柔润滋填、凉肝熄风之法，如黄连阿胶、加减复脉诸方；火为元气之贼，古人并有六气皆从火化之说，证之临床，火病多见，自是事实。仲景方中，如三黄泻心，治心、胃亢盛之火，白虎、竹叶治阳明胃燥之火，柴胡龙牡治肝胆逆冲之火，黄连阿胶治少阴阴虚阳亢之火。凡此不仅为伤寒立法，设杂病病机，有同于此，亦当可为借鉴也。
次谈病机属于脏腑者，首先论肺：肺病不见于太阴病篇，古今注家啧有烦言，实则肺系病变最多，凡六经皆可涉及。盖肺为华盖，位居上焦，司呼吸，主一身之气，其变动为喘咳。肺主气属卫，外合皮毛，故太阳伤寒表实“无汗而喘者，麻黄汤主之”（３５条）。若外寒里饮，“伤寒表不解，心下有水气，干呕发热而咳……或喘者，小青龙汤主之”（４０条）。中风表虚自汗，或挟宿饮，肺卫失宣，亦可引起喘逆。如“太阳病，下之微喘者，桂枝加厚朴杏子汤主之”（４３条）。“喘家作，桂枝加厚朴杏子佳”（１８条）。又有外邪入里，肺热壅盛，失其清肃宣降之令，而为喘逆，如“发汗后，不可更行桂枝汤，汗出而喘，无大热者，可与麻黄杏仁甘草石膏汤”（６３条）。《内经》论咳，有“聚于胃，关于肺”（《素问・咳论》）之说。故“阳明病，反无汗，而小便利，二三日呕而咳，手足厥者，必苦头痛”（１９７条）。“阳明病，但头眩，不恶寒，故能食而咳，其人咽必痛”（１９８条）。前者为胃寒饮逆，即阳明中寒证；后者风热上干，是阳明风热证。可证肺胃之气，一脉相通，胃失和降，一干肺系清肃之令，无论虚寒实热两途，皆能而为咳为喘者如此。“太阳病，桂枝证，医反下之，利遂不止，脉促者，表未解也；喘而汗出者，葛根黄芩黄连汤主之”（３４条）。此是肠热下利，里热上扰，肺失清肃，而为喘逆，与表邪致喘者有殊。可见肺与大肠相为表里之说，证之病候，确有所据。少阳病有往来寒热等五主证，其或然七证有“若咳者”，方用小柴胡汤“去人参、大枣、生姜，加五味子、干姜”（９６条），此与四逆散证“其人或咳”（３１８条）加五味子、干姜，用意略同。盖寒饮咳喘，法宜辛温宣降，仲景每以细辛与干姜、五味子同用。此二者一是少阳枢机不利，一是厥阴肝郁气滞，少阳主火化，厥阴从中见，木反侮金，犯肺致咳，虽挟寒饮，亦不宜细辛辛散，以免动风助火之嫌。可见经方用药，或加或减，均有法度。太阴病以腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛等为主证，脾虚脏寒，似与肺之关系不大。然脾气散精，上归于肺，脾失运化，聚为寒饮，结于心下，而为咳喘，如小青龙汤必用干姜温中化饮为主，足证两太阴关系密切。仲景将肺系病变已详述于太阳篇，故不再见于太阴篇也。少阴病阳虚寒化，水寒泛溢，“其人或咳”（３１６条），如真武证；“少阴病，下利六七日，咳而呕渴，心烦不得眠，猪苓汤主之”（３１９条），则是阴虚热化，水热相结。盖肾为水脏，肺主气，为水之高源，肾水上逆，子盗母气，故无论寒化热化，均能导致肺病而为咳喘。
第三卷１９０心为火脏，主血、主脉，又主神志疾患。心在左乳下，正当虚里处。《内经》谓“胃之大络，名曰虚里，贯膈络肺，出于左乳下，其动应衣，脉结代，心动悸，炙甘草汤主之”（１７７条）。此是阴血虚而不得濡润，阳气虚而不能煦化，故见心悸之证，结代之脉，法以通阳复脉育阴濡润为治。
若“发汗过多，其人叉手自冒心，心下悸，欲得按者，桂枝甘草汤主之”（６４条），则是心液外泄，心阳大虚，故叉手自冒，欲得外卫。可见中医诊法，虚则喜按，实则拒按，自是不磨之论，故治用辛甘化阳甘温益气之法。若进一步心阳外越，神明不安，不仅烦躁，甚至惊狂，则甘温镇涩之法，如桂甘龙牡、桂枝救逆汤方意，又宜采用。另外，心病多是火热之证，如“少阴病，得之二三日以上，心中烦，不得眠，黄连阿胶汤主之”（３０３条）。此是心火太亢，肾阴枯竭，治宜补水泻火，如黄连阿胶汤，正是对证之方。
脾位居中焦，主运化水谷，散布精微。太阴病以腹满而吐，食不下，自利益甚，