时腹自痛为主证，病机为脾虚脏寒，治法主用温中，故曰：“自利不渴者，属太阴，以其脏有寒故也，当温之，宜服四逆辈”（２７７条）。“若发汗后，腹胀满者，厚朴生姜半夏甘草人参汤主之”（６６条），则脾虚气滞浊气上逆之证。其证重在腹满而吐，与上条侧重下利者有异，故用扶脾益虚破气导滞之法，亦即补虚与破气并用之法。若中焦脾虚，寒湿郁滞，致使肝胆疏泄功能失常，胆汁溢于全身，因而发黄。但此与阳明湿热发黄有本质的不同，是为寒湿发黄。
肾位居下焦，为人身真阳真阴之本。少阴病以脉微细但欲寐为提纲，直是阳虚寒化之证。
如阳气衰疲，寒湿凝滞，证见身体痛，手足寒，骨节痛，背恶寒，口中和，脉沉，是附子汤证，即无热恶寒之证；有阳气虚衰，水寒泛溢，证见腹痛，小便不利，四肢沉重疼痛，下利，是真武证；若大汗大下利而厥冷，或下利清谷，为纯阴无阳，是四逆汤证；有下利清谷，里寒外热，手足厥逆，脉微欲绝，身反不恶寒，证为格阳，是里真寒而外假热，为通脉四逆证；若下利，脉微，面色赤，证为戴阳，是下真寒而上假热，为白通证。前证见下利不止，厥逆无脉，干呕心烦。病机为阴寒盛于下，虚阳扰于上，当于姜附回阳救逆主药中，参入人尿、猪胆汁咸寒苦降，是为从治之法，并寓对证而治之义。然少阴病初起，阳虚不甚，见反发热，无汗，脉沉，用温阳解表两解之法，如麻附细辛、甘草汤类是也。至于少阴病，心中烦，不得眠，是肾水竭于下，心火亢于上，用黄连阿胶汤，取滋阴降火之法以治；有下利咳而呕渴，心烦不得卧，是少阴阴虚水气内结之证，宜用猪苓汤以育阴利水；若利久伤阴，证见下利咽痛，胸满心烦，用猪肤汤，取滋阴和中之法，亦即精不足者，补之以味之治法。以上三者，直是少阴阴虚热化证类矣。
肝主藏血，主疏泄。肝脉循胸胁，属肝，络胆，挟胃，贯膈，循阴器，抵少腹，上与心火相接，下与肾水为邻。故厥阴肝经受病，最易导致脾胃功能失常，而为寒热错杂上热下寒之证，如“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食即吐蛔，下之利不止”（３２６条）是也。若肝失疏泄，火热内郁，下迫大肠，而为下利后重或便脓血，渴欲饮水，脉弦数，则是厥阴热利，用白头翁汤，取苦寒之品，以凉肝坚肠。若肝寒犯胃，浊阴上逆，证见干呕吐涎沫，头痛者，吴茱萸汤主之。用暖肝和胃化饮降逆之法，直是厥阴脏寒证治法。
关于腑病病机，简略言之：如膀胱为太阳之腑，太阳主寒水之化，太阳表病不解，病邪由表入腑，“若脉浮，小便不利，微热，消渴者，五苓散主之”（７１条）。病由寒水蓄于膀胱，阳气不得宣化，故上见烦渴，下而小便不利。此与“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣”（《素问・灵兰秘典论》），正可互相印证。是此烦渴，当由气不化津所致，与胃热津伤之烦渴，自有本质不同，故仲景首与“胃中干，烦躁不得眠，欲得饮水者”（７１条），谆谆为辨，可以会意。胃与大肠为第三卷１９１阳明之腑，阳明主燥热之化。胃燥热盛，津液受劫，出现身大热，汗自出，不恶寒，反恶热，大烦渴不解，脉洪大滑数，宜清法；若见潮热，谵语，腹胀满痛拒按，大便不通，脉沉实，苔黄燥，属腑热结实，宜下法。然此则不仅属胃，而且有关乎肠矣。但与三焦为少阳之腑，少阳主火化。胆火上炎，故少阳病以口苦、咽干、目眩为提纲。胆气不舒，枢机不利，最易侵犯脾胃，故少阳病以往来寒热，胸胁苦满，默默不欲饮食，心烦喜呕为主证。三焦为决渎之官，主通调水道。故少阳或然证，如水气犯肺，有“或咳者”；水气结聚于胸胁，有“胁下痞硬者”；水气结于下焦，有“心下悸、小便不利者”。因水气变动不居，故见证如是也。
人体疾病受体内外各种条件的影响，病机变化复杂多端。一般来说，疾病单纯者少，合并者多。举例言之，如半夏、生姜、甘草三泻心汤，黄连汤，干姜芩连人参汤，均寓有脾胃同治之法。“伤寒二三日，心下悸而烦者，小建中汤主之”（１０２条），是心脾同治之法。“伤寒，阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛，先与小建中汤，……”（１００条），是肝脾同治之法。“自利不渴者，属太阴，以其脏有寒故也；当温之，宜服四逆辈”（２７７条），治法寓有脾肾并治之义。推之太阳病外寒里饮，用小青龙汤，方中有细辛、干姜、五味子温中化饮，可以悟出脾肺同治之理。更有少阴病，水寒泛溢，“若咳者”，用真武汤加五味子、细辛、干姜，则是肾脾肺同治之法。凡此诸例，不仅限于伤寒，而杂病治法，亦可仿此类推也。
水、血、痰、食、气郁，为杂病中常见病种。水病机制，古人有其标在肺、其制在脾、其本在肾之说，实则三焦主通调水道，膀胱主调节水液，与水病关系密切。《伤寒论》中，如小青龙汤治外寒束表，水寒射肺而咳喘；五苓散治表邪入里，腑有蓄水；真武汤治少阴阳虚，寒水泛溢，此皆水病之荦荦大者。又如苓桂术甘汤治“伤寒若吐若下后，心下逆满，气上冲胸，起则头眩，脉沉紧”（６７条）。“伤寒厥而心下悸，宜先治水，当服茯苓甘草汤”