诏与鲁监国书，群臣皆莫能及。感振飞旧恩，募能致者赏千金、给五品秩。振飞至，拜太子太保、吏兵二部尚书、文渊阁大学士；官其子太平为兵部员外郎。开储贤馆，定十二科取士，以观生领之。爱郑芝龙子郑森才，赐国姓，改名成功；命提督禁旋，以驸马都尉体统行事：即延平王也。
是时，宗室诸王流窜南方，臣民奉之建义者：浙东张国维、朱大典、孙嘉绩等奉鲁王以海监国于绍兴。秋七月，江西布政使夏万亨、分巡道王养正奉益王由本起兵建昌；不克，万亨等皆死之。巡抚田仰、监军道荆本澈、总兵张士仪奉义阳王朝墠，驻崇明沙。刑部郎中王期升、长兴县民金有鉴奉通城王盛澄起兵，复湖州。中书舍人卢象观奉宗室盛沥起兵，攻南京。事败，皆亡入太湖，与吴易等相应。他则江西吏部主事曾亨应、揭重熙起兵抚州，左庶子杨廷麟、左中允刘同升起兵赣州，通政使刘士桢起兵信丰，前汜水县知县胡定海起兵德兴，泸溪知县张载述、诸生魏一柱，又德化诸生李含初、德安郭贤操各起兵拒守；定海、含初寻败死：所谓江右义师也。道远，或不能达行在。惟赣州事闻，上手诏嘉奖，擢廷麟吏部右侍郎、同升国子监祭酒。
时江以南义师亦林立：太湖，则职方主事吴易、举人孙兆奎为倡，诸生陆世钥、沈自炳、沈自駉等应之；江阴，则典史阎应元、陈明遇为主，贡生黄毓祺、生员徐趋应之；松江，则前兵部侍郎沈犹龙、给事中陈子龙、中书李待问、前罗源知县章简起兵，与水师吴志葵、黄蜚相应；昆山，则举人周室瑜、贡生朱集璜、陈大任杀投降之县丞阎茂才，奉总兵王佐才拒守，前邑令杨永言与诸生吴其沆、陶瑊、归庄、顾炎武起兵应之；嘉定，则进士黄醇耀、举人张锡眉、教谕龚用圆、诸生马元调、夏云蛟、唐全昌奉前左通政侯峒曾拒守；休宁，则御史金声、诸生江天一为倡，推官温璜转饷应之。而前山东巡抚邱祖德与举人钱龙文、生员麻三衡、沈寿荛起兵攻宁国，前职方郎中尹民兴与生员赵初浣、吴汉超起兵守泾县，贵池副榜吴应箕起兵复建德、东流，与声、天一相援应；浙西则翰林屠象美、郎中钱棅、生员郑宗彝起兵嘉兴，参将方元章、副将姚志倬、张起芬起兵复余杭。其举义，大都与上监国相前后；道远，或闻、或不闻，皆遥授总督义师衔或敕使将命。是月，昆山陷，佐才、室瑜、集璜、大任、其沆、瑊死之。攻宁国不克，寿荛死之。嘉兴陷，前吏部尚书徐石麟暨象美、棅、宗彝死之。余杭败，元章死之。嘉定陷，峒曾、醇耀以下皆死之。华阳山寨陷，祖德死之。稽亭山寨陷，三衡及诸生吴太平等七家皆死之。又，前青阳知县庞昌胤、太仓生员王湛、无锡生员顾杲等甫谋起兵而已败死。或事闻褎恤，或不及闻者（具详「列传」）。又，川省千总周鼎昌、义民余飞等亦起兵拒献贼；贼怒，大杀成都所属人，邛蒲数百里荡为血肉场（详「蜀难忠义」传）。
郑芝龙集廷臣议战守事宜：仙霞关外宜守者百七十处，应设守兵若干。其战兵以今冬简练，明春出关；一出浙东、一出江右，计兵二十余万。饷不支其半，乃请于两税正供预借一年，令群臣捐俸，劝绅士输助。察府县历年积榖银两未解者，悉催赴行者；官吏督征，闾里骚然。芝龙请清理寺田，可得饷八十万；上不许。户部侍郎李长倩请广开事例，从之；于是厮养隶卒，皆得给札授官：犹苦饷不足。廷臣日请出关，芝龙殊不欲行。黄道周自请以师相募兵江西，连杨廷麟、何腾蛟为进取计；遂于是月辛未（二十二日）率门人子弟千人以行。
八月乙酉（初六日），颁祖训于廷臣。
庚寅（十一日），命肃卤伯黄斌卿镇舟山。
壬辰（十三日），册妃曾氏为皇后，封后父曾文彦为吉水伯。
癸巳（十四日），郊祀上帝于南郊。郑芝龙、郑鸿逵称疾不从，尚书何楷劾之；上嘉楷，命掌都察院事。
行保甲法。定锦衣卫军制，设中、前、后、左、右五所；每百户为一威所，八威所为一禁军。
时兵事皆掌于郑氏，芝龙知不出关无以弭众议，乃请以鸿逵出浙东、彩出江西，各拥兵数千，号数万。既出关，托候饷不行。鸿逵驻仙阳镇，恶上书言事者，严禁仙霞关不听四方儒生入。彩行百里而还，称饷缺，留如故。
是月，靖江王亨嘉僭号桂林，执巡抚瞿式耜幽之。两广总督丁魁楚遣参将陈邦傅往讨，式耜潜与合谋擒亨嘉并其党，槛送福京□□。
我大清兵克江西之峡江，守将邓武泰死之；克袁州，同知摄府事李时兴死之；克吉安，遂取万安，杀巡抚旷昭，知县梁于涘死之；袭临川，曾亨应死之；克江南之松江，沈犹龙、李待问、章简死之；克江阴，阎应元、陈明遇死之，克金山卫，指挥侯承祖死之。
太湖吴易、孙兆奎既败浙寇李九成军，败我师于白龙桥；军甚盛。俄降将吴胜兆合四郡兵至西山，卢象观与中书葛麟、总兵毛重泰、陈坦公俱战死；乘胜追易，八面环攻，易军大溃；兆奎及沈自炳等死之，别部总兵李某、生员任源邃、吴福之、徐安远全军覆没。又魏国公徐