吉声也』！遽南下，已而大清兵果入口。初，南都作「防乱揭」攻阮大铖，东林子弟推无锡顾杲居首、天启被难诸家推宗羲居首；大铖恨之刺骨。南都立，大铖骤起，按揭中百四十人姓名，欲尽杀之。时方上书阙下而祸作，与杲并逮。同里奄党某，首纠刘宗周三大弟子；祁彪佳、章正宸皆列名仕籍，宗羲徒以人望挂弹章，闻者骇之。母姚氏叹曰：『章妻、滂母，乃萃吾一身邪』！驾帖未出而南都亡，踉跄还浙东。
会孙嘉绩、熊汝霖起兵，因纠合黄竹浦宗族子弟数百人随军江上，共呼之为「世忠营」；鲁监国授职方主事。寻以嘉绩及柯夏卿等交荐，改监察御史兼旧官。总兵陈梧败于嘉兴，浮海至余姚，大掠；职方主事王正中方行县事，集兵击杀之。乱兵大噪，有欲罢正中以安诸营者；宗羲曰：『梧借丧乱以济其私，致干众怒；是贼也。正中为国保民，何罪之有』！监国是之。已进所作「监国鲁元年大统历」；命颁之浙东。马士英在方国安营欲入朝，朝臣言当杀；熊汝霖恐其挟国安为患，好言曰：『此非杀士英时，宜使立功自赎』！宗羲曰：『诸臣力不能杀耳；春秋之孔子，岂能加于陈恒！但不得谓其不当杀』！又遗书王之仁曰：『诸公何不沈舟决战，由赭山直趋浙西？若日于江上鸣鼓放船攻其有备，盖意在自守也。蕞尔三府以供十万之众，北兵即不发一矢，一年之后亦不能支』！又言：『崇明为江海门户，曷以兵扰之，分江上之势』？时不能用。寻张国柱浮海至，诸营大震，廷议欲爵以伯；曰：『如此则益横已，且何以待后！请署将军足矣』。从之。已力陈西渡策，与王正中合军得三千人。正中为之仁从子，能以忠义自奋；深结之，使之仁不以私意相挠。故熊、钱诸督师皆不得饷，而正中与世忠二营独不乏食。海宁职方查继佐军乱，披发走入营，跪床下；乃呼其兵责之，乱以定。偕继佐渡海札潭山，太仆卿朱大定、兵部主事吴乃武等来会；议由海宁取海盐入太湖，直抵乍浦，约崇德义士孙奭等为内应。会大兵纂严，不得前。方议再举，而江上已溃；因结寨四明山，余兵愿从者尚五百余人。微服潜出访监国消息，部下不能遵节制，山民焚其寨，部将茅翰、汪涵死之；乃走郯中。
己丑（一六四九），闻监国在海上，与都御史方端士赴之；晋左佥都御史，再晋左副都御史。时方发使拜山寨诸营官爵；宗羲言『乃心王室者莫如王翊、不自张大亦莫如翊；宜优其爵，使总临诸营以捍海上』。朝论以为然；定西侯张名振弗善也。宗羲既失志，日与尚书吴锺峦坐船中正襟讲学；暇则注授时、泰西、回回三历。当其从亡也，母氏尚居故里；而我朝以遗臣不顺者，录其家口。宗羲闻之，叹曰：『方寸既乱，吾不能为姜伯约矣』！亟陈情监国，得请；锺峦棹三板船送之数十里。变姓名，间行归家。适弟宗炎以交通冯京第被缚，刑已有日；潜至鄞，计脱之。宗羲虽杜门匿影，而与海上通消息；屡遭名捕，幸不死。
其后，海氛澌灭，无复有望；乃奉母返里门。自是始毕力著述，四方请业之士亦渐至。尝自谓受业蕺山时，颇喜为志节斩斩一流，所得尚浅；患难之余，胸中窒碍为之尽释，而追恨为过时之学。盖不以少年之功自足也。丁未（一六六七），复举证人书院之会于越中，以申蕺山余绪；大江南北从者骈集，守、令亦或与会。已而大府请之开讲，不得已应之。康熙戊午（一六七八），诏征博学鸿儒；再辞，以免。未几，诏督、抚以礼聘修「明史」，亦以老病辞。乃敕下浙抚，抄其所著书关史事者送入京；当事又延宗羲子百家及门人万斯同等参局事。自后屡蒙我圣祖存问，叹为得人之难。所著书千数百卷。其大者：「易学象数论」六卷，力辨河洛方位图说之非。「授书随笔」一卷，则淮安阎若璩问「尚书」而告之者。「春秋日食历」一卷，辨卫朴所言之谬。少时尝取余杭竹管肉好停匀者断之，为十二律与四清声试之；广其说为「律吕新义」二卷。又以蕺山有「论语」、「学」、「庸」解，独少「孟子」，为「孟子师说」二卷。又「明儒学案」六十卷、「明史案」二百四十四卷、「行朝录」六卷。于历学少有神悟，尝言勾股之术乃周公、商高之遗，而后人失之，使西人得以窃其传；为「授时历故」一卷、「大统历推法」一卷、「授时历假如」一卷、「公历、回历假如」各一卷。外有「气运算法」、「勾股图说」、「开方命算」、「测圆要议」诸书共若干卷。晚年自定文集为「南雷文约」四十卷，又「明夷待访录」二卷、「留书」一卷。他著述不具录。昆山顾炎武见「明夷待访录」而叹曰：『三代之治可复也』！汤斌亦曰：『黄先生论学，如大禹导水、导山，脉络分明；吾党之斗杓也』。
戊辰（一六八八）冬，自营生圹于忠端墓旁；中置石床，不具棺椁。作「葬制或问」一篇，援赵邠卿、陈希夷例，戒子弟无违。乙亥（一六九五）秋，卒；遗命以所服角巾、深衣殓。年八十有六。门人私谥曰文孝先生。
陆世仪字道威，号桴亭；太仓人。少好「养生」之说；既而翻然曰：『是其于思虑、动作皆有禁，甚者涕唾、言笑皆有禁，凡以秘惜其精神也；如此，则一废人耳，纵长年何用