昌，城中四十八公署及民居皆烬；故侍郎郭正域第独存，乃即之以立军府。招流亡百姓，出军船所掠下江货物，贱其价以通市；商贾闻之颇来。知府以下官，亡城失印多窃伏；闻兵至，自出者咸复其所。知黄州府周大启修献忠所夷故城、知沔阳州章旷倡义旅，郡邑有闻而应者；楚下流稍稍复完。
张献忠既陷湖南诸郡，身驻长沙而遣伪都督张其在趋江西；楚新抚王扬基闻之，以兵复岳州。贼从醴陵入萍乡，张其在分道趋袁州，袁人开门纳贼。良玉之副将吴学礼援袁州者，斩贼守将邱仰寰。江西巡抚郭都贤恶学礼淫掠，檄学礼归；而自募士人置戍。贼闻左兵之撤也，突陷吉安，复陷袁州；而水军方国安之在楚者亦为贼将所败，岳州复陷，江夏震恐。良玉遣马进忠、常国安、杜学金围袁州，斩贼二千；遣马士秀、郎启贵率水师合国安之兵以败贼于临湘，追及岳州城下大败之，遂并复袁、岳，而江西、湖南略定。先是，帝解侯恂总督任，中道逮下狱；来代者为兵部侍郎吕大器。良玉知因己故，心鞅鞅，辄与大器龃龉；贼连陷建昌、抚州、南丰，大器无兵不能救，为良玉所揶揄。而贼将先驱艾四者屯嘉鱼锐甚，马进忠与之再战，皆败；于是良玉亦不振。
时李自成跨有荆、襄、承德，汉、黄以上与应、随接壤者，多通贼而输之粮。许州之陷，良玉妻女为自成所得，自成厚养之；以良玉女配贼将王四者，遣之至武昌道其家无恙，欲因以致良玉。良玉不应，多金帛以归之；然亦不能抗自成也。会张献忠入蜀，良玉遣兵追之。距荆州七十里，侦知自成西入关，荆、襄为贼守者尽懈；乃遣副将卢光祖上随、枣、承德，惠登相自均、房，刘洪起自南阳犄贼后，收其空虚地，以自为功。
十七年（一六四四）正月，封良玉为宁南伯、畀其子梦庚以「平贼将军」印，功成世守武昌；仍特诏诘其进兵状，命给事中左懋第便道督战。良玉乃条日月进兵状以闻。疏入，未奉旨而京师陷，良玉缟素，率诸将旦夕临；诸将前请曰：『天下事皆当关我公；今南中立君，挟天子以坐诏，我辈宜乘其未定引兵东下可也』！良玉拊膺而号曰：『不可！世守武昌，此非先帝之旨乎？先帝甫弃天下而我背之，是幸国家之变以自利也！封疆之臣，应守封疆；南中立君，我自以西藩为效。有过此一步者，良玉誓之以死』！尽出所藏金银、彩物凡二、三万，散之诸将；曰：『此皆先帝赐也。受国厚恩，祸变至此，良玉何心独有之乎』！于是良玉哭，诸将噭然皆哭；副将马士彦奋曰：『有不奉公令、复言东下者，吾击之』！以巨舰置炮断江，众乃定。当良玉出所藏，其子梦庚有吝色；良玉曰：『尔以此为若物邪？向者吾散之，乃所以为若也』！太息曰：『左氏不得世有此军矣』！
既弘光帝立，大封四镇为侯、伯；推恩晋良玉为侯，委以上流之任。诏书到，而良玉贺表亦至。时李自成败于关门；良玉以其间，复荆州、德安、承天。诏以收复陵园为良玉功，责所司补给十六年楚饷缺额四十万；寻加太子太傅。而何腾蛟为楚抚、袁继咸为江督，腾蛟共良玉收拾武昌，同心固守。继咸为李邦华所推许；邦华死北都难，其客李犹龙又在良玉幕中，故两人交最合。良玉兵无虑八十万，号百万；前五营为亲军、后五营为降军。每春秋肄兵武昌诸山，以一山帜志为一色，良玉建大将旗鼓于射堂；周麾一呼，旆而立者山谷为满。其阅军法：两人夹马驰，曰「过对」；马足动地殷如雷声，闻数十里。诸镇兵惟高杰最强，不及良玉远甚；然良玉自朱仙镇之败，亲兵良将大半死，其后归者多乌合，法令不复相摄。会马士英、阮大铖当国，以良玉出侯恂门下，虑东林倚为难，谩词修好；阴忌之。监军御史黄澍者入朝，挟良玉势，面纠士英奸；士英恨甚，嗾楚宗人盛浓纠其赃，拟旨逮问，良玉留弗遣。已又嗾御史袁洪勋、黄耳鼎诬袁继咸尝与良玉谋立他宗，良玉不之许；意在构继咸而媚良玉也。良玉则大惧，疏辨无是事；且言「三朝要典」治乱所关，勿听邪言、兴大狱！由是，与士英成雠隙。
明年三月，北来太子事起；良玉疏言：『东宫之来，吴三桂实有符验。史可法明知之而不敢言，此岂大臣之道！满朝诸臣但知逢君，罔惜大体。前者李贼逆乱，尚锡王封；何至一家视同仇敌！明知穷究并无别情，必欲展转株求，使皇上忘屋乌之德、臣下绝委裘之义。普天同怨，皇上独与二、三奸臣保守天下，无是理也』！初，黄澍之被逮也，阴讽将土哗，欲索饷南京；澍复日以清君侧为请。良玉念所将皆乱人、降卒，幸假天子声号相縻系，恐东下则散走不可复制；未之许也。既而太子事中外讙哗；又李自成弃陕入楚，兵日逼。良玉心动，澍乃召三十六营大将与之盟；良玉方沈吟未决，中一将拂衣起曰：『疑事毋成！若主帅必不动者，某等请自行之』！良玉不得已，乃称奉太子密诏，驰檄具疏声明士英七大罪（详载「纪年」，不具录）；举兵东下。自汉口达蕲州二百里，舳舻相接。邀楚督何腾蛟与俱，腾蛟赴水免。过九江，邀江督袁继咸，继咸责以大义；良玉约不破城，驻军俟命。而继咸部将郝效忠已与左兵通，入城纵火。时良玉疾已剧，见岸上火起