求吏治。章牍按时驳发，必慎必详。遇笞杖细案，一以速结为主。尝言：『命案重情，反复以致精审，宜也。自余琐细，亦岁月尘搁，则左证牵连，羁候失业；且使隶役得磨砥穿穴，以长其奸，大非便民之道』。每见僚吏，必谆谆教饬之。奸桀旗民有以身扦网者，则檄饬交下，或申之以章奏，不得其奸不止。所定爰书，往往附为令甲。其有倾赀干请，至使王公专员谕指者，则概令暂止署外。告之曰：『若所从来，真伪不可知。就令来自邸第，然法者朝廷之公，凡属子臣所当共守，岂宜以一二私人挠之』？来者咸嗟服而去。尝诫主吏，时时清厘册籍，曰：『当使朝改官而夕可就道耳』。
四十四年冬，召拜文渊阁大学士。四十五年正月，入阁办事，历充会试正考官、殿试武殿试读卷官，国史馆、典训馆、方略馆、一统志馆总裁。仁庙潜心六艺，凡河洛象数之学，下逮濂洛关闽之书、旁及历数音声之理，靡不殚求研索。光地每承顾问，及奏进文字，皆发舒心得，抉奥探窔。至是，命修朱子全书、周易折中、性理精义，中有淆赜，光地往复陈请不勌，求底精醇。频言经学隆污，有关世运；由是分简廷臣修纂诗、书、春秋，别纂律吕正义，厘定韵学，皆命就光地正之。先后荐朱轼、杨名时、陆陇其、赵申乔、刘炎、文志鲸、冉觐祖、陈滨、徐用锡、魏廷珍、李绂、蔡世远、张昺、张瑗、梅文鼎、惠士奇、秦道然、王兰生、何焯、庄亨阳、刘谦，皆名臣硕学。其有遭污蒙垢，必别白之。江宁知府陈鹏年为总督阿山所劾，拟重辟。光地乘便言阿山勤敏，其犯清议，独劾陈鹏年一事耳。鹏年遂内召。两江总督噶礼与巡抚张伯行互纠，遣大臣往讯，狱久不决。仁庙忽罢噶礼，寻孥戳焉，复伯行官；光地实密赞之。桐城贡士方苞坐戴名世南山集论死。他日上言：『自汪霦死，无能古文者』！光地曰：『惟戴名世案内方苞能』。叩其次，即以名世对，闻者股栗。而苞因得释，且召入蒙养斋修纂群书；蔡世远以为有旋乾转坤之力。试翰林被黜者二十有四人，光地言文字不称与败检殊，乞从宽减，遂皆以原品休致。直隶巡抚患盗，请立十家连坐法。光地言：『盗踪诡秘，主家未必知情，况邻右乎？株连非善政也』。事以不行。徭人田舜年以僭越论斩，光地请遣大臣覆审，得舜年见诬状，罪诬者而赦舜年。闽贼陈五显因饥酿乱，既坐斩，余党及家属拟充发者千三百余人，光地奏赦之。云、贵诸臣请开银矿，光地言：『边黎贫匮，或得藉此资生。但矿徒聚之易，矿尽将何以散之』？旨不准行。三藩之变，听人入赀为生员，名曰「例生」，事平即止。至是，复欲开之。营进之徒，又议广开捐纳事例。光地独持不可，卒罢其议。朱子全书告成，仁庙以粹然孔、孟之传，命跻位四配。光地奏：『时世相后千有余载，位先十哲，前贤心有未安』。乃定列祀十哲之末。六旬庆典，将欲沛泽寰宇，普免直省丁粮。光地请分为三年轮蠲，未蠲之省拨解丁赋充蠲省吏禄兵饷，庶内帑不竭，恺泽环流。从之。
四十八年八月，以病疡旷直，具疏丐休，温谕慰留。五十二年六月，以久婴残疾，复申前请。仁庙终惜其去，予假二年，赐「谟明弼谐」匾额，赐饯、赐诗，命王公以下皆为和章，以宠其行。辞陛，密有陈请。以光地耳重，虑语泄，屡手书作答，并握手为别曰：『卿虽家居，政事有不便者当密以闻』。九月出京，道出铅山，谒鹅湖书院，为文纪之。次武夷，谒仁智堂，赋诗寄慕。十二月抵里，以丧母抑情守制，望乡变服，行奔丧礼于墓次。里居未及半岁，旋奉密谕趣还，疏请展限。以部召前为学政、后归休者概行派差，贤否无分，疏请分甄；于是刘谦、沈涵等皆蒙宽宥。立族里规约，课训子弟，约束乡族；狙狯失恃，奸盗屏息。修泉州府学、建安溪考亭书院，各纪以文。构榕阴书堂，族党门徒追随请业，多兴起者。
五十六年，旨下督、抚敦趣。二月，还朝。临发，申定乡约。六月，至京；时避暑驻跸热河，以三庚水潦，命俟处暑后来觐。七月，赴陛丐休，不许。十月，迎觐丐休，仍不许。十二月，遭孝惠章皇后大恤，群臣虑仁庙春秋年高，不任哀劳，凡诸丧礼乞从省节，未允。光地奏言：『汉儒郑康成尝论：国有大忧而君有疾者，使子执事。朱子据以议于朝。朱子平生谨礼，及老不任拜跪，亦惟坐视子孙行礼。乞稍抑圣情，遵古制』。从之。
五十七年四月，复丐休；命俟在告大学士王掞假还，当遂所请。五月，薨于位，年七十有七。驾在热河，降诏悯悼。遣恒亲王率内大臣侍卫奠茶酒，赐银千两。命尚书徐元梦护其丧，予祭葬，谥「文贞」；取遗书进览。榇归，复遣皇子临送。雍正元年，追赠太子太傅；十年，入祀贤良祠。
光地良登词垣，迄膺宰辅，以学术上结主知。其赴耿藩之召，议者谓有贰心；光地恐为门户之祸，不能无所委蛇。及得君既专，常闭门谢客，显然荐达无多人。由是众皆深怨，间被谗构其所荐举者以撼之；仁庙亦以光地好言道学，常为门生所诳，然不之罪也。母丧，不准回籍，在任守制，廷臣交章论劾。仁庙谕廷臣曰：『朕留他自有深意，说出便难包容』。盖忌之者辄造诽