时御史林兰友、科臣何楷皆有疏。二人，臣同乡，心嫌不言」。帝曰：「今独不嫌耶」？对曰：「臣所奏关天下纲常、边方大计。今更不言，后将无及。且臣即缄默可以滥叨升斗，所惜陛下之纲常名教……」。语未竟，嗣昌骤进曰：「纲常二字，不敢不剖明。君为臣纲、父为子纲，君臣固在父子之前。臣父臣母皆受君恩无所逃，臣又逃于何所？臣四疏力辞。闻黄道周人品学术为人宗师，意必有持正之言可使臣终制；不谓其自言不如郑鄤，臣始绝望」！道周曰：「故事：谏官论执政，执政出听对仗，读弹文。臣虽非言巨，然未有大臣当上前争辨、不许尽言者」。帝复护嗣昌曰：「对君有体，嫚骂何也」？对曰：「臣疏豭狗、人枭语不无过激，幸明主故得直言。礼义廉耻，国之四维。臣为一己之私，缄默取富贵足矣」。帝曰：「无端污诋大臣，总有所为」。对曰：「宋臣司马光有言：「臣若有专司则有不言，如为论思则无不可言者」。臣为侍从论思之臣，诚不忍见圣世有夺情之事，故言』。帝曰：「如此，又言不如郑鄤，何也」？对曰：『匡章弃于通国，孟子不失礼貌；孔子自云辞命不如宰予。臣亦谓文章不如郑鄤』。帝曰：「章子不得于父，岂鄤杖母之比？尔言不如，岂非朋比」？对曰：『众恶必察』。帝曰：『陈新甲谙练军情，尔言其走邪径；岂嗣昌一荐为邪径邪』？对曰：『臣不识陈新甲。但人心邪，则行径皆邪。夺情一事，呼群引类为之，使成夺情世界，岂非邪径？臣今日不言，后有言者，则臣之耻也』。帝复诘问久之。道周曰：『宋人恶李定不丁母忧，赐孝子粟帛风之。臣若救郑鄤，则参嗣昌非所以救鄤也』。帝默然。有简命出候旨。道周曰：『臣今日不尽言，则臣负陛下。陛下今日杀臣，则陛下负臣』。帝曰：『尔一生学问止成佞耳』！复命起。道周起，复跪曰：『臣请剖明忠佞。夫人臣在君父之前独立敢言为佞，将阿谀顺旨为忠耶？敢争是非、辩邪正为佞，将容悦缄口为忠邪？忠佞不分则邪正不明，为政之大戒。帝曰：『问此遁彼，非佞而何』！叱之出。嗣昌曰：『皇上所谕，诚诛意之法。道周冒盛名，望为优容』。帝乃召文武诸臣咸聆戒谕而退。是时。帝忧兵事，谓可属大事者惟嗣昌。而道周守经既失旨，奏对又不屈，怒甚，欲加重罪；终以其名高，未决。会刘同升、赵土春继劾嗣昌，将予重谴，而部拟道周谴顾轻。嗣昌惧论己者将无已时也，阴构劾道周者。刑部主事张若麒谋改兵部，遂劾道周群党籍籍，归过君父。于是贬道周六级，为江西按察司照磨，而若麒得兵部。
十三年，江西巡抚解学龙荐所部官，推奖道周备至。故事：但下所司，帝不覆阅。而大学士魏照乘恶道周甚，拟旨责学龙滥荐。帝怒，立削学龙籍，并道周逮下刑部，责以党邪乱政，并杖八十。词连编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨，并系狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉救之，亦系狱。尚书李觉斯谳轻，严旨切责。再拟谪戍烟瘴，帝犹以失出，除觉斯名，移道周等镇抚司；掠治炼锻无所得，仍还刑部狱。刑部尚书刘泽深等言：「道周罪拟永戍至矣，过此惟论死。论死，非封疆、则贪酷，未有以拟建言者。道周建言蒙论，非我皇上覆载之量也。且陛下岂有积恨道周？万一圣意转圜，而臣已论定，悔之何及」？仍以原拟上，乃永戍广西。
十五年二月出京，疏请便道携家省墓。八月，帝召辅臣人文华殿，手一编从容问曰：「张溥、张釆，何如人也」？对曰：「读书好学人也」。帝曰：「溥已死、釆小臣，科道何亟称之」？对曰：「其胸中自有书，科道以其用未竟而惜之」。帝曰：「亦未免偏」。时杨嗣昌既死、周延儒再当国，方参月公议，欲为道周地；即对曰：「即黄道周亦不免偏。徒以其善读书，人人惜之」。上默然。蒋德璟、黄景昉、吴甡复交言道周博学清修，在狱手书孝经跋语，仰颂圣德；且家贫子幼，可悯念，乞免永戍。延儒曰：「皇上心同天地，既赦道周，便可径用，岂但移戍」。帝微笑不答。次日，敕阁议还其原秩。道周在途疏谢，乞宥学龙、廷秀。疏上，已别有旨赦免。帝召见道周，道周见帝泣曰：「臣不自意复得见陛下。臣故有犬马之疾，请赐假归」。许之（按年谱，复官谢疏称闻盲十月朔日，即以是月还山，不载人京事；今据明史）。归，构明诚堂讲学，为朋诚之会。
福王称号南京，起道周吏部侍郎，道周不出。马士英讽之曰：「人望在公；不起，欲从史可法拥立潞王耶」？乃趋朝。九月，拜礼部尚书，协理詹事府事。明年三月、遣祭告禹陵。临行上言：「今欲东收兖济、北略漳河，然后问洛阳之钟簴、埽承德之松楸，上规天寿；此旷日持久，其道诚难必。臣愚。计得一沈鸷之将，籍士三万、赍粮百日，出赣榆韦桥、东逾破车、度临朐、历博兴，直上盐山，抵沧州。此间千四百里，皆荒旷如升虚邑；惟临朐、安邱、乐安、阳信之间稍有屯聚，可因粮而食。尽七昼夜至武清，度白沟，出其不意从天而下。然后致陛下哀痛之意，祭告洒埽于十二陵，与长安下士拭泪而觐九庙。还则分兵两道：一下临清以收兖济、一下邯郸以收彰卫，其用力甚少，奏功甚巨。此耿弇所