遏，元言于珪曰：『师欲得如博学鸿词科之士乎？闽某卷经策是也』。遏者犹摘其四书文中语。元曰：『此语出白虎通』。于是珪由后场力拔出之。既而改翰林院庶吉士，时掌院郎朱公也。在都下，与惠言、引之、全椒吴鼐、歙鲍桂星齐名。辛酉散馆，已改部属矣。朱珪特奏以满洲及边省翰林人数甚少为言，仍授编修；同留者数人，实专为寿祺发也。归省，适阮元巡抚浙江，进谒。元曰：『大考期迩，胡归为』？寿祺以两世高堂，闽中饥，恐无以为食。元为怃然。旋延主讲敷文书院，兼课诂经精舍生徒，一时仁和赵坦、德清徐养源、养灏、钱塘严杰、临海洪颐煊皆相从问业。元又属修海塘志，命创义例；编纂群经古义为经郛数百卷，令高才生分任之。
癸亥冬，入都。明年，典试岭南，得士何惠群等七十人。丁卯，复典试中州，得士曹瑾等七十人。己已会试，分校礼闱，得士那莪等十人。两省试，皆遍阅二、三场遗卷一、二万。其所得士位给谏、列曹郎、莅监司、膺方面者盖十数人，如张藩伯岳崧、刘给谏光三，其尤也。在辇下十年，充文渊阁校理（教习庶吉士，撰拟进奉文字）、文颖馆纂修，罕与热官往来。及见嘉定钱宫詹竹汀、金坛段大令懋堂、高邮王观察怀祖、歙程征君易畴诸老，故学益精博。有贵人欲罗致门下，处以要津；峻却之。中尝被公卿论荐京察，书上考，拟陪南书房记名御史，充国史馆总纂。甫属草，以丁父艰归。
初，寿祺将以是冬告归省，遽遭大故，乃痛自悔其在都之非，其所述至令人不可卒读。时年方四十，即矢志不复仕。尝谓其门人张岳崧曰：『吾惟不屑不洁，不以不廉之财奉甘旨、不以不义之行欺晨昏，差告无罪尔』。适巡抚张师诚入觐，仁宗命注御制全史诗；携带回闽纂办，延寿祺总其事，克期告竣，其中每有所发明。服阕，陈情乞养母。主泉州清源书院讲席者十年，训诸生以经术，一洗空疏之习；若陈给事庆镛，其最也。尝正定清源书院先贤祀位，并率诸生鸠金增置祀产以资祀事。清源书院建于乾隆中，知府陈之铨遂专祀兴创、增拓诸守令，而郡先贤举弗及，惟朱子位于东偏之楼。乃正未子于东堂从以先贤之祀乡学者：明蔡文庄公、张襄惠公次崖、林氏紫峰、陈氏紫溪、苏氏慕寥、王氏素庵、林氏清、李文贞公，凡八君子颜曰「先觉祠」，自为之记陷石壁间。复致书于总督汪志伊、巡抚王绍兰，历陈『清源书院数数为路室候馆，讲肄之无所、鼓箧之莫陈，甚非所以敬教劝学。恐各郡县书院皆然。请永远禁止作传舍，并通饬各郡县』。
壬午秋，丁母忧，家居。上元叶世倬来抚闽，聘主鳌峰书院讲席。寿祺约先察学行，后考文艺；牒郡县举其孝弟廉洁、通经学古、秀异有才者及岁科试高等若举优行者，守命资送，乃扃试而录取焉。于是创立规约，整肃课程；建考栅为会课之所，每月兼课经史杂学。其教士，以崇廉耻、践礼法、研经术为尚，作义利辨、知耻说、科举论示学者。士始畏其束缚，渐而安之。一时承学之士经指授者，若仙游王捷南之诗、礼、春秋、诸史、舆地，晋江杜彦士之小学，惠安陈金城之汉易，将乐梁文之性理，建安丁汝恭、德化赖其瑛、建宁张际亮之诗古文辞，皆足名家。主讲十有一年，罢于文字之役，汲汲然以汲引后进如恐不及为心。每见诸生实力切劘者，无不为之延举于当涂，或为大府嘉赏、或为学使拔萃，咸使人兴劝。丁内艰后，公卿有以寿祺密荐于朝者；宣宗垂询，有『在家何为？何时还阙？将大擢用』之语。寿祺感激，而不欲易其初志，卒不出。
里党义举，若省会大成殿两庑之筑重垣、明伦堂右之辟通衢、敬节堂之恤嫠、米厂之施赈，莫不首倡其议，偕诸同志为之。贡院之号舍，西湖、东湖、木兰陂之水利，则当轴时与咨访，力赞其成者。贡院自乾隆初年前巡抚陈宏谋修整之后，几及百年；号舍旧有八千三百余间，墙檐痹隘、潦湿熏蒸，士子咸以为苦。寿祺言于总督孙尔准、巡抚韩克均，倡捐改筑；各属士民，闻风踊跃。于是号舍则改五为四、巷道则并三为两，增高围墙、夹墙，巷内外地皆砌以石。增建号舍一千余间，其衡鉴堂并官司辨公之所悉改严密爽垲。土石巷甓之属，核省缗钱甚伙。夫匠数百人，立章条、严程限；寿祺戏语人曰：『此所谓以兵法部勒者也』。甫六阅月而工竣。其它乡里利弊，蒿目痗心，往往直陈于大吏，冀获挽救。每不惮大声疾呼，虽间樱逆耳之怒，弗恤；以为苟身晦而道少伸，亦可告无罪也。其关系闽省吏治海防最大者，莫如平蔡牵、伸李赓芸冤抑二事，皆无形中隐为主持，事秘莫得详；观浙抚阮元之始终专用闽将、查勘李案之派王引之，略可识矣。嫉而谤之者至谓仗才负气，是己凌物。虽家居，喜持时局、乡党设施，不能悉协舆论；自大府以逮庶僚，无不貌敬惮而退相鄙夷。自主讲鳌峰，益高掌远跖。不恤人言。晚节支离，论者惜之。然不能实指其鄙夷、支离者之为何事也。
慕漳浦黄石斋先生之孤忠绝学，久欲请崇祀孔庙。道光四年，遂联绅士具呈于两府曰：『明儒漳浦黄公道周，行完忠孝，学贯天人。著述本乎六经，节义兴乎百世。建言直谏，斥佞黜邪。