，运结为水寨，以歼寇盗。闻义率舟师来降，上大喜，亲至巢湖慰安之，率诸将渡江。时北风顺，舳舻齐发，举帆，顷刻达牛渚。元兵阵于采石，常遇春奋戈先登，元兵败走，遂拔采石。乘胜径取太平路，遂率众进取金陵。元将陈野先降而复叛，被杀。野先之子陈兆先，战败被擒，复以众降，太祖复用之。太祖克金陵，元御史大夫福寿战死。太祖入城，谕父老曰：“我来为民除乱耳，凡旧政有不便者，尽除之。”民大悦服，太祖发兵取镇江，克之，命邓愈等将兵取广德路。诸将奉太祖为吴国公。上克宁国，擒元将朱亮祖。亮祖骁勇，初降复叛，至是再降，上复释而用之。遣诸将取江阴、徽州、池州，皆下之。又取扬州，以康茂才为营田使，谕之曰：“理财之道，莫先于农，务在蓄泄得宜，始得多收粮足。若所至扰民，便非付任之意。”立领民兵万户府，其法精选民间武勇，编辑为伍，农时则耕，闲时练习，有事则用之。事平，有功者升赏，无功者令还为民。太祖兵取婺州，召儒士进讲经筵，兴学校。
上欲遂取浙东诸郡，召诸将谕之曰：“师旅之行，势如烈火，为将者能以不杀为心，非惟国家之利，在己亦蒙其福。”上遣徐达等屡败张士诚兵，方国珍以温、台、庆、元降，而据地如故。太祖兵取处州，遣使征青田刘基、浦江宋濂、龙泉章溢、丽水叶琛。上喜曰：“我为天下屈四先生。”咨以时事，甚见尊礼。基明于天文、兵法，尝游西湖，有异云起西北，诸同游者，皆以为庆云，欲赋诗，基独纵饮不顾，曰：“此天子气也，应在金陵，十年后有王者起，我当辅之。”时杭城犹全盛，众大骇以为狂。至是陈时务十八策，上嘉纳之。
陈友谅攻陷太平，知府许瑗死之，守备花云被缚。云奋起，
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缚尽绝，夺守者刀，连杀五六人。友亮军射杀之，其妻郜氏亦赴水死。侍儿孙氏抱云三岁儿逃，遇汉军夺舟，孙氏及儿投之江，偶拊断木，入芦渚中，渚有莲实，孙氏取啖儿，凡七日不死。忽逢雷老，与偕行，始达上所。孙氏抱儿泣拜。上亦泣，置儿于膝曰：“此将种也。”命赐雷老衣，忽不见，一时惊为神异。陈友谅既篡其主徐寿辉称帝，国号汉，声言东下，建康震动，或欲降，或欲奔，据钟山。独刘基请击之，上深然之。时友谅遣人约士诚，同侵建康，上恐二寇合，则不能支，欲速其来。乃召康茂才曰：“汝与友谅有旧，宜作书伪降，招其速来。”
茂才依计行，友谅果信而进兵，上伏兵奋击，大败之。遂乘胜拔江州，及蕲、黄等郡，友谅奔武昌。方国珍以金玉饰马鞍来献，上曰：“吾所需者，文武才能，所用者，布帛菽粟，宝玩非所好也。”却之。汉江西行省胡廷瑞守南昌，遣使约降，请无分散其部曲若干事，上初有难意。刘基自后踹其所坐胡床，上悟，许之，廷瑞遂降。
上命朱文正守南昌。陈友谅愤其疆域日促，作大战舰，悉其兵，号六十万。空国而来，乘江涨，直抵南昌，围其城。朱文正、邓愈督后死守，遣千户张子明赴建康告急。太祖亲帅舟师二十万，进次湖口。友谅闻之，即解围东出，与太祖遇于鄱阳湖之康郎山。友谅联舟纵战，望之如山，太祖军舟小，怯于仰攻，往往退缩。郭兴曰：“彼舟如此，大小不敌，非火攻不可。”上然之。明日，东北风起，上令诸将乘风纵火，焚其水寨舟数百艘。友谅弟友仁、友贵及其平章陈普略，皆焚死。明日复联舟大战，敌兵大败，友谅敛舟自守，不敢战。相持三日，友谅计穷，冒死突出，将奔武昌。上麾诸将邀击之，友谅中流矢，贯睛及颅而死。其将张定边，乘夜以小舟载友谅尸及其子理，径趋武昌，复立陈理为帝。
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初，鄱阳之战，上亦屡滨于危。一日，被围莫解，指挥韩成，服上冠袍，对敌众投水中，围稍解，救至得免。又一日，太祖方与友谅鏖战，刘基忽跃起大呼曰：“难星过，急更舟。”
上急更之，旧舟已为敌众炮碎矣。甲辰正月，上即吴王位，命有司先立宗庙社稷，定文武科取士之法。命有司访求古今书籍，以备阅。陈理既还武昌，太祖复进兵围之，遣其降将罗复仁入城谕之。理遂衔璧肉袒，率张定边等降。上怜之，慰谕友谅父母，凡府库储蓄，令理自取，妻子资装，皆俾自随。封理为归德侯。城中饥困，命给粟赈之。于是湖广、江西悉平。
时张士诚自立为吴王于平江，治宫室，立官属。士诚委政于弟士信，士信惟务酒色荒淫，复委政于王敬夫、蔡彦夫、叶德新三人，皆诌佞奸邪，惟事蒙蔽。时为之谣曰：“丞相做事业，专用王蔡叶，一朝西风起，干瘪。”上乃以徐达为大将、常遇春副之，帅师二十万伐吴。师将发，上问诸将曰：“此行用师孰先？”常遇春曰：“惟有直捣姑苏耳！”上曰：“不然，士诚起盐贩，与张天骐、潘原明等相为手足，苟士诚穷蹙，若天骐出湖州，原明出杭州，内外夹攻，何以取胜？莫若先攻湖州，使彼疲于奔命，羽翼既除，然后移兵姑苏，庶几万全。”
诸将敬服。师至湖州，张士诚发兵来援，达等大败之，守将李伯升、张天骐举城降。李文忠师下浙江，杭州守将潘原明遣使诣军门降。徐达会诸将进逼姑苏，士诚引兵来拒，大战于尹山桥，