燕王问：“周齐二安在？”郡主言：“周王召还，未复爵，齐王仍拘囚。”燕王悲不自胜。郡主徐申割地议，燕王曰：“凡所以来，为奸臣耳。皇考所分吾地，且不能保，安望割也。为我谢天子，吾与上至亲，无他意，但得奸臣之后，谒孝陵，朝天，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，只奉藩辅。更为我语诸弟妹，吾几不免，赖宗庙神灵，相见有日矣。”郡主还，具言之。上出与方孝孺议，孝孺曰：“长江天堑，但尽烧江北船，北师岂能飞渡耶！”燕王兵至浦子口，盛庸诸将逆战，败之。会高煦引北骑至，燕王大喜，抚煦背曰：“勉之，世子多疾，事成，吾以汝为太子。”于是煦殊死战。燕王帅精骑直冲庸阵，庸军小却。帝遣都督佥事陈瑄，帅舟师往援盛庸，瑄乃降燕。埴具舟至江上，来迎热王，王乃誓师渡江。庸所驻海艘，列兵沿江，上下二百里，皆大惊愕。师渐近岸，庸等整众以御。
燕王麾诸将鼓噪先登，以精骑数百冲庸军，溃，迫奔数十里，庸单骑走，余将士皆降燕。燕兵招降镇江而进，方孝孺请令诸
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王分守城门。乃命谷王穗、安王楹分守都城门，帝会群臣恸哭。
或劝帝且幸浙，或曰不如幸湖湘。方孝孺请坚守京城以待援。
万一不利，车驾幸蜀，收集士马，以图后举。齐泰奔广德州，黄于澄奔苏州。帝叹息曰：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”长吁不已，燕王整兵而进，屯金川门。时谷王穗与李景隆守金川门，遂开门降。魏国公徐辉祖率师迎战，败绩。京城破。朝中文武俱迎降。帝命左右摔徐增寿至，盖增寿通燕，时为燕地，以致帝败也。帝大恨，责以大义，遂手刃之。急命举火焚大内，皇后马氏赴火死。上欲自杀，翰林院编修程济曰：“不如出亡。”
少监王钺跪进曰：“昔高帝升遐时，有遗箧，曰临大难可开，谨收藏奉先殿之左。”群臣齐言：“急出之。”俄而舁一红箧至，四围俱固以铁，二锁亦灌以铁，帝见而大恸。程济急碎箧，得度牒三张，一名应文，一名应能，一名应贤，袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀俱备，白金十锭，朱书箧内：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮会于神乐观之西房。”帝曰：“数也。”程济即为帝祝发，吴王教授杨应能愿祝发随亡。监察御史叶希贤曰：“臣名贤，应贤无疑。”亦祝发，各易衣披牒，凡五六十人，俱矢从亡。帝曰：“多人不能无生，得失宜各从便。”九人从帝至鬼门，而一舟舣岸，为神乐观道士王升，见帝叩头称万岁，曰：“臣固知陛下之来也。畴昔之夜，高皇帝见梦，令臣至此耳。”乃乘舟至太平门。升导至观，已薄暮矣。俄而，杨应能、叶希贤等十三人同至，共二十四人。帝曰：“今后但以师弟称呼，不必拘主臣礼也。”约定左右不离者三人，杨应能、叶希贤俱称比丘，程济称道人，给运衣食者六人，冯凗、郭节、宋和、赵天泰、王之臣、牛景先；余俱遥为应援。黎明，取道溧阳而去。帝在位四年。孝敬宽和，仁慈节俭，尊贤礼士，一时风俗醇厚，天下共爱戴之。惜乎拘泥古礼，擅改祖制，庸腐
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拘执，无驾驭雄才，遂及于难。
初，帝在官分别时，兵部侍郎廖永请于帝。匿帝长于文煃以去，寄于黎平土司曾长官家，遂姓曾氏。平以少妹妻之。其后复姓朱氏，至后嗣繁衍。帝遁后，先入蜀，未几入滇。尝往来浙东、天台、广西、云贵诸寺中。正统五年，出滇南，语寺僧曰：“我建文皇帝也。”寺僧大惧。白思恩州官，转迎至藩司堂，南面跌坐，身称原姓名。送至京，朝廷命当时太监吴亮审视，建文帝一见亮，辄曰：“汝非吴亮耶？”亮曰：“非也。”
建文帝曰：“吾昔御便殿，食子鹅，赐汝肉，汝手执壶，我弃肉于地，汝据地，狗餂之，乃云非是耶？”亮伏地哭。建文左趾有黑痣，摩视之，持其踵复哭，不能仰视，退而自经。于是迎建文入西内，宫中人俱呼为老佛。程济闻之，乃散去。建文帝二十六岁出亡，归京时，年六十四岁，后以寿终，葬于西山。
不封不树，此是后话。时京城既破，诸王及文武臣僚，皆诣燕王劝进。燕王命驾谒孝陵毕，然后入城。七月朔旦，大祀天地于南郊，遂诣奉天殿即皇帝位，是为太宗文皇帝。诏是年仍称洪武三十五年，以明年为永乐元年。复周王橚、齐王榑封爵，清官三日，诸宫人女官内官多诛死，惟得罪于建文帝者乃得留。
上诘问宫人内侍，以建文帝所在，皆指认皇后尸应焉。乃出尸于煨烬中，哭之曰：“小子无知，乃至此乎。”召翰林侍读王景，问葬礼当何如？”景对曰：“当葬以天子之礼。”从之。迁吕太后于懿文陵，降封懿文太子之子允熥、允火坚、允熙俱为郡王，寻降为庶人，后皆不得其死。幽建文帝少于于广安宫，后不知所终。榜奸臣齐泰、黄子澄等百余人出赏格收之。自是以告讦擒获得官者甚众，乘机仇劫者纷纷。文皇召徐辉祖亲问，取伏状。辉祖惟书其父有开国功劳，子孙免死而已。文皇大怒，勒归私第，革其禄俸。
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初，道衍密荐方孝孺于文皇，至是文皇召孝孺至，孝孺衰经号恸阙下。文皇欲令草即位诏，孝孺大书曰：“死则死耳，诏不可草。”掷笔于