上颇疑之，渐近徐阶。御史邹应龙疏劾严世蕃
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交通贿赂诸不法事，及严嵩植党蔽贤，溺爱恶子。上览之心动，命严嵩致仕，而下世蕃于狱，以鄢懋卿等属法司，惟赵文华前以忤嵩去职，不在其内。严世蕃坐贬戍雷州，及其爪牙罗龙文、严年等，俱远戍。世蕃等俱不至戍所，竟归家，鸠工大治宫室。
推官郭谏臣以公事过嵩里，具揭于御史林润。润上疏言：“臣巡视上江，备访江洋盗贼，多入逃军罗龙文家，龙文卜筑深山，乘轩衣蟒，阴有不臣之心，惟严世蕃为主。近者假治第为名，聚众至四千人，道路汹汹，或谓变且不测。”疏上，即命林润逮捕。润捕严世蕃、罗龙文等至京，下法司讯状，徐阶略问，不待其服，即具疏以闻，言事已勘实，其交通倭寇，潜谋叛逆，具有显证，乞正典刑。上从之，命斩世蕃、龙文于市，籍其家。
金银珍宝充斥，几与天府捋。万采、鄢懋卿并充军，严嵩寄食人家而死。上自即位以来，好道术。会宫中黑眚见，方土陶仲文治之有验，上尊宠之，累官至礼部尚书，封恭诚伯。及仲文死，复宠用方士王金、陶仿、刘文彬、申世文、高守中、陶世恩等。晚年斋居西苑，专意元修。然不废政事，批决无停晷，故不至废弛。又好言祥瑞，恶闻死亡字。户部主事海瑞，罗上过失，上疏极谏。上大怒，命逮系瑞于镇抚狱。上以服方士药，渐渐火发，十二月，疾甚，自西苑还乾清官，遂崩。上英明苛察，严以驭吏，宽以治民，足称令主。然用严嵩，杀忠谏，好道教，宠方士，不无少损焉。在位四十五年，寿六十岁。
大学士徐阶等宣遗诏，请上第三子裕王载厔即位，是为穆宗庄皇帝，改元隆庆。立妃陈氏为皇后，追录先朝忠谏诸臣杨继盛、沈炼等，并复职赠荫谕祭，复海瑞官。追赠王守仁为新建侯，谥文成。诸方士伏诛。以张居正为大学士，徐阶致仕，以高拱为内阁大学士。北敌俺答孙把汉那吉者，酋妇所钟爱也，因小忿，率其仆阿力哥等来降，总督王崇古纳之。边吏大哗，
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以为不可，崇古不听，以闻于朝，廷臣喧然，以为不可，御史叶梦熊争之尤力。上曰：“慕义来降，宜加奖励。”以把汉那吉为指挥使，阿力哥为五千户，备赐衣一袭。俺答妻恐中国杀其孙，日夜怨俺答，俺答亦自悔，遂拥众十万压境，崇古令人谕以国恩，县邀其缚叛人示信。俺答夫妇感且愧曰：“汉乃肯全吾孙，吾且啮臂盟，世世服属，何有于叛人？”遂定盟，通贡市马，执赵全等来献，崇古遣那吉归。诏封俺答为顺义王，以功进王崇古为兵部尚书，世袭锦衣千户。五月，上不豫，既而大渐，召阁臣高拱、张居正、高仪至乾清官，受顾命。翌日上崩。在位六年，寿三十六岁。上宽仁大度，勤俭爱民，留心边事，处置咸宜，足称令主。及崩，太子翊钧即位，年方十岁，是为神宗显皇帝。以明年为万历元年。
时，太监冯保方居中用事，张居正乃结保以自固。首相高拱谋逐冯保，反为冯保所逐。未几，高仪亦病卒，而居正哀然首辅矣。上早期，出乾清官，见一无须男子，伪作宦者状，袖有佩刀，趋走惶遽，左右执之。冯保立鞫之。对曰：“我是南兵，名王大臣，自总兵戚继光所来。”张居正因密语冯保曰：“可借以除高氏。”因教之言：“高相君怨望，使来行刺，愿先首免罪。”群臣俱忿忿不平。及会审，风霾，天晦，雨雹，杂治王大臣，王大臣不能堪，冯保问曰：“谁主使者？”大臣曰：“尔教我言高相公主使。”冯保惧，遂罢审。已而王大臣中毒，哑不能言，遂处斩，自是居正威望日重矣。居正虽内结冯保以，自固，然性深沉，多智数，亦不甚贪财，而能辅上以正。请帝日御经筵，又进《帝鉴图说》，进《讲章》，进《宝训》、《实录》等类，以辅成君德。又信赏必罚，知人善任，赈饥荒，蠲积逋，动合机宜。灭岭东贼兰一清。又两浙兵民乱，命张佳允视师两浙，遂不动声色而乱平。于治河，则用潘季驯；于治兵，则用
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李成梁、戚继光等，天下大治。而刘台等犹劾其专权。张居正以父丧去位，帝手诏慰留之。吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标等，交章劾居正忘亲贪位。居正大怒。上俱杖谪之。居正在丧次，凡阁中事，令吏赍奏，就拟处分，手诏称元辅，称太师，称先生，慰谕甚至。六年五月，帝始冠。三月，立妃王氏为后。十年六月，大学士张居正卒。上震悼辍朝，遣司礼太监张诚监护丧事，赐赙甚厚。两宫太后及中宫，俱赐金币。赐祭十六坛，赠上柱国，谥文忠。未几，废司礼监冯保南京闲住，冯保每裁抑中贵，毋与朝政，内侍多怨之；又每辅上以正，上亦恨之，故坐贬。
时潞王婚礼，所需珠宝未备，太后以为言，上曰：“办此不难，年来廷臣无耻，尽献张、冯二家耳。”于是御史羊可立追论居正罪恶。一时攻之者锐气不可解。诏夺张居正封诰赠谥，籍没其家。家财不甚丰，株连颇多，荆州骚动。其长子敬修不胜刑，自缢死。其弟张居易，次子张嗣修，及张顺、张书等，俱发烟瘴地面充军。刑部尚书潘季驯上言：“居正家产奉旨抄没，国法已正，众愤已平。但其八旬老母衣食不周，子孙死亡相继，殊失罪人不孥之意