。明神宗恐师老财匮，下廷议。于是大学土方从哲，兵部尚书黄嘉善，兵科赵兴邦等，发红旗，趋杨镐进兵。镐不得已，分四路出师，计胜兵十余万。命马林督金台失兵攻北路；命杜松攻西路；李如柏攻南路；刘綎督朝鲜兵攻东路。时蚩尤旗现，长竟天；又彗见东方，星陨地震，识者知为败征。四十七年正月十九日出兵，值大雪，兵不前，师期泄。杜松欲立首功，越五岭关，先期抵浑河，既渡遇伏，杜松血战，力竭而死，兵无存者。马林由三岔堡，抵二道关，闻松败，结营自固。清兵乘胜攻之，林败，游击麻岩死之。刘綎独领兵，由马家寨口深入三百余里，克十余寨。清兵冒作杜松兵，为响导，诱入重围，众溃，綎没于阵；惟清河一路，李如柏以经略令撤回，获全。
或曰：李如柏因前日游击李永芳已降清朝，阴通结纳，故得全也。是役也，军士死者四五万。事闻，京师大震。
于是清兵克辽东诸城邑卫所。明起前御史熊廷弼经略辽东，逮杨镐、李如柏进京听勘，皆论斩。初，明神宗自即位以来，立王皇后，无于，王恭妃生皇长子，郑妃生皇三子，上宠郑妃，进封贵妃。给事中姜应麟，主事孙如法等上言，以为恭妃诞育元嗣，五年未闻进封，郑氏一生子，即封贵妃，天下不能无疑。
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上大怒，俱谪为典史。自后沈鲤、申时行、许国、王锡爵、王家屏等九卿科道，交章请立太子不休。上恶其激聒，愈置不理，迨皇子十三岁，辅臣王锡爵坚请，始命与皇三子同出阁，讲学读书。河南大饥，人相食，上与郑贵妃览奏侧然，郑贵妃请出私蓄五千金发赈，上喜。亦给内帑五千金，河南赖之。诸臣日请立太子，至二十九年，始立长于常洛为太子，时年已二十二矣，始冠。福王、瑞王、惠王、桂王俱冠。始册立郭氏为太子妃。有粘匿名书于各处，其书一夕间自宫门迄于衙巷皆遍，大约言郑贵妃欲危太子。题曰：《续忧危垃议》。竑者，宋宁宗嗣于名。宋宁宗欲立竑，及宁宗崩，史弥远矫诏杀竑而立理宗也，事闻，上大怒。中外危疑，下令捕妖书甚严，长安中无敢偶语。
吴江人沈令誉，以疑似捕治，并捕高僧达观弃市，株连甚惨。
最后得暾生光，生光不胜刑，遂自诬服。侍郎李廷机、尚书赵世卿劝辅臣沈一贯、朱赓力持之，狱始具，磔生光于市，妻子戍边。然妖书实非生光所为，其后中书舍人赵士征疾笃，自言为此，肉碎落如磔而死。四十一年，群臣合辞请福王之国。武人王日乾，讦奉好人孔学与郑贵妃宫中姜内相歃盟，请妖人王三诏至家，咀咒太子。上大怒，彷徨莫知所处，至掀翻御案。
辅臣叶向高具密揭奏曰：“王日乾、孔学等皆京城光棍，此事大类往年妖书。但妖书匿名，无可究治，今告者与被告者皆在。
一审其情立见。”上默然霁容，遂不复问。向高因密请速令福王之国。上纳之，令福王之国河南。
四十三年五月，蓦有男子闯入东宫，以挺掊仆守门内侍一人。众共执之。皇太子亲奏送部鞫审。是犯名张差，御史刘廷元疏言：“其迹涉风魔，貌似黠猾。”刑部郎中吴士相等定为风癫。提牢官王之采重加诘问，言有马三道诱至庞、刘二太监处，教之行事。语多涉郑贵妃弟郑国泰。科臣何士晋上疏，请穷究
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其事。于是群臣纷纷劾奏不已。上大怒，传旨只将本犯张差即时凌迟处死，不许波及一人。寻毙太监庞保、刘成于内庭，事遂寝。四十八年夏四月，王皇后崩。五月，上不豫。七月，上疾大渐，召阁臣方从哲，托以后事。遂崩。太子常洛即位，是为光宗贞皇帝。诏以明年为泰昌元年。令停止矿税，撤回诸内监，简补诸废官，发帑银一百万两，以赈九边，天下称庆。八月，上不豫，内医崔文升下通利药，上一昼夜三四十起，支离床褥间。封元妃郭氏、才人王氏为皇后，又谕选侍李氏，侍朕勤劳，着封为贵妃。鸿胪寺丞李可灼进红铅丸，上服之，不愈；可灼复进一丸，九月朔，上崩。在位一月，寿三十九岁。或曰郑贵妃用泄药所鸩也。内急宣召诸臣。诸臣趋进，给事杨涟曰：“李选侍非可托少主者，急宜请见嗣主呼万岁，以定危疑。”
随拥出宫，移住慈庆为是，诸臣皆然之。大学士方从哲率群臣哭临毕，即请叩见皇长子，良久未出，诸臣力请之，皇长子始出。诸臣遂拥皇长子至文华殿，行五拜三叩头礼，呼万岁。群臣请即日登极，谕初六日即位，复拥入慈庆宫。阁臣刘一璟奏曰：“今乾清官未净，殿下请暂居。”此时李选侍犹居乾清官，御史左光斗、给事杨涟、请选侍立刻移宫，选侍不得已，乃移居仁寿殿。皇长子由校即皇帝位，是为熹宗哲皇帝。诏以本年八月起，至十二月止，为泰昌元年。以明年为天启元年。
初，光宗服李可灼药而少愈，方从哲拟旨赏银五十两，至是群臣交章论崔文升、李可灼以弑逆大罪，发法司究问，俱遣戍。立妃张氏为后。时经略熊廷弼在辽东修筑城池，训练军士，通商贾，集粮饷，竭力支撑，方得二年无事。乃御史冯三元、顾慥，科臣姚宗文等，以私忿劾其无谋而欺君，廷弼不去，则辽之存亡未可知。又嗾其党魏应嘉、郭巩、张修德、魏应科等交章前后疏论熊廷弼。诏熊廷