从中主持。沈一贯也觉冤戮地太多了，不免良心发现，在神宗的面前竭力维持，总算勉强结狱，只杀了袁衷、徐有明等几个观政进士。大狱结后，统计前后两案，东林党人死者三百六十余人，浙党死者相等，也算得明朝未有的巨案了。神宗帝见都下谣言日盛，人人说郑贵妃谋太子，便召沈一贯进宫，亲自书了手诏，立皇长子常洛为储君。沈一贯奉谕退出。
郑贵妃已得宫监密报，自己本想做太后的，听说立了常洛，自然要来争执。神宗帝和郑贵妃在枕席爱好的当儿，曾答应她立常洵为太子，如今突然变卦，郑贵妃怎肯罢休，娇啼婉转地要神宗帝收回成命。神宗帝正色道：“国立长子是祖宗的成规，朕怎敢因私废公受人讥评。”郑贵妃不依道：“皇上曩日有言，必立福王常洵的，天子无戏言，如何可以赖得？”神宗帝笑道：“那时朕和你开玩笑，岂能作真？况皇长子年龄已经弱冠，天下人谁不知道。万一废长立幼，廷臣议论倒还罢了，倘因此人心疑虑激出乱子来，不是以小误了大事么？”郑贵妃见神宗帝意志坚决，不由地放声大哭，一头撞在神宗帝的怀里，立时要寻死觅活。神宗帝令内侍们把她劝开，郑贵妃索性倒在地上打滚，大哭大喊，口口声声要册立福王，否则情愿死在皇帝面前。神宗帝眼见得郑贵妃这样撒泼，也触恼了性子，霍地立起身，直到光华殿召集群臣，命把立储之意速行布告中外。一面着尚书赵世卿、大学士杨廷珪持节往迎太子常洛，正位东宫。
诸事已毕，神宗帝才缓步回宫。大事既定，郑贵妃知道争不回来，也只好死了这个念头。哪里晓得群臣意还未足，以福王自受封后，年将弱冠，留在京中有许多不便，应令即日就藩。
这章疏一上，郑贵妃怎舍得母子远离，于是又在神宗帝面前哭闹，弄得神宗帝打不定主意起来。吏部侍郎夏静安将这件事密白两宫，李太后忙召郑贵妃入见，把她大骂一顿。郑贵妃不敢回话，忍气吞声地回宫。
次日皇太后传出懿旨，催促福王常洵就藩。郑贵妃没法，只得任得福王启程。故事：皇子赴封地，母妃不能随行的。福王临行向郑贵妃辞行，母子两人哭得气也郁不转来。经内侍们相劝，福王始含泪出宫，向河南就藩去了。
福王就国后，宫中的大殿角上发现木人三个，上书皇帝、太子、李太后的生辰，木人身上有钉四十九根，大约是苗人的一种魇法。神宗帝看见了，心中怒气勃勃，追究置木人的主使。
司理王日乾奏称，木人系道士孔学所制，孔学与郑贵妃宫中的内侍姜田稼私下串通，居心要谋太子。神宗帝见奏，怒不可遏，甚至御案推倒，命速逮孔学刑讯。孔学死不承认。尚书叶向高禀道：“王日乾也是都下无赖，夤缘中官获职。若穷诘此事，小题大做，反使得小人得逞了。”神宗帝听了，恍然大悟道：“非卿一言，几乎又兴大狱了。”由是将木人一案搁置不提。
时四川宣慰使杨应龙和他的儿子杨朝栋占据险要，拥兵称叛。应龙本宋代杨业后裔，抚治西蜀苗人颇著威望。后来被妖人李贽所惑，遂起叛意。那李贽曾做过一任知府，他自己说得异人传授，能呼风唤雨，撒豆成兵，在鄂西一带倡言传道，名叫白莲教。鄂抚刘光汉见李贽举止妖异，下令驱逐出境。李贽立不住脚，奔到蜀中，也假传教为名四处招摇。宣慰使杨应龙有个爱女妙姑忽然被妖邪蛊惑，白昼赤体嗷叫，似与人交接一般。应龙只有这个女儿，平日爱如掌珠。一朝患了奇疾，急得走投无路悬重金征医：有能治愈妙姑的，立赏黄金千两，并把妙姑赘他为婿。
这个消息传播各地，谁不愿得千金和美妇？上门自荐的也不知多少，都没甚效验，妙姑的病反越重了。那时李贽被鄂抚赶走，正没处容身的时候，便来见杨应龙，当日没坛建醮、焚香请神，居然把妖邪驱去。妙姑就醒了过来，不似前几天的裸卧噪闹了。杨应龙大喜，立给李贽千金。待要拿妙姑嫁他，李贽辞谢道：“俺已是世外之人了，要金帛女子也没用，只求赐俺一所小宅，得修炼传道就够了。”应龙连声答应容易，立命土木工人在蜀西建起一座大厦来。正厅上供一尊白眉真人，大约就是白莲教的祖师了。大厦落成，李贽就在那里传教，又替那些人民治病，倒很是灵验，四川的愚夫愚妇都称李贽为活神仙。李贽每天坐了八人大轿游行街衢，百姓迎道跪拜，好似神佛一样的尊崇。杨应龙也常常和李贽交谈，两下很觉投机。李贽也不时邀应龙高饮，醉后自炫他的本领，能千里外搬取财物，剪羽毛可以代弓矢，撒豆能够变兵，裁纸可成骏马。杨应龙深信他的话说，帮着他四方传扬。
不到一年，江淮荆楚教徒遍地，愚人纷纷来归，统计不下十万人。李贽便劝应龙起事，应龙心动，暗中和他儿子朝栋商议。朝栋跳起来道：“天下有这样的奇人肯来相归，是天助我了。”应龙意决，私下密遣兵卒把守要隘，于八月中秋举旗起义，拥众二十万，声势十分浩大。李贽为军师，筹划一切。他见军中少硬弓，就连夜捏成泥人千百，各给纸剪一把。李贽念念有词，吹口气，许多泥人就不见了。到了晚上，泥人纷纷回来，布囊中满贮着羽毛，李贽令将羽毛堆积成了小丘，略一眨眼，化了千万枝硬弩强矢，应用时和真