大梦顿觉，遂弃位学道，云游方外。唐高祖各敕赠灵圣大禅师及普化真人、普利真人、普济真人封号，一释三真，均成正果。故事翻腾变化，条分缕析，至最后方豁然开朗，点明题意。
全书的整体构架是一个佛教故事，它先写澹然的德行，意在强调佛家的精神修炼，其后专叙杜伏威诸人之事，也是借以展示澹然的事业和高风。“迹种种异，道种种同”，故最后指迷说教，皈于佛道。这样张扬佛教，是与南北朝时代南梁、北魏佛教的广泛传播和大力发展相适应的。南北朝时期又是儒、释、道三教大论辩的年代，经过激烈的论争，结果是互相汲取，在某些方面融合起来。所以小说中的主要人物，或为释氏高人，或为释氏门徒，他们都得到仙家的传示，崇尚神仙符箓，并学了道家观星望气、补阳炼阴、驱神役鬼一套法术，俨然是一批道者。不宁唯是，在这些释道高人的内心深处，又满是纲常名教的思想，诛奸锄妖、辅佐明主、留名青史的雄心，不得意时，也是高山流水、长啸狂歌的志趣，全是儒家者流的行藏。可见，释而道，道而儒，三教合流，三教互补，正是这部小说总体思想的主要特征。这一特征，反映了我国古代儒释道三大思想体系演变的真实面貌。我国古代小说中，没有哪一部作品如此鲜明地打上这种宗教思想密切交融的印记，这就为它在思想文化史和小说史上取得了一席之地。
这部小说积极的思想意义在于：它通过对梁、魏社会现实的描写，表现了庸君媚臣礼佛参禅，造成了奸佞得势，英雄斥逐，朝政废弛，烟尘四起的恶果。以侯景之乱为结局，作品写出了国家沦亡、生民涂炭的不幸，对梁武帝一心追求极乐世界，最终幽居宫禁、饿死台城的下场作了辛辣的讽刺，并在一定程度上总结了“干戈四境尚谈经，国破家亡佛不灵”的历史教训。小说以钟守净为反面典型，揭露了上层僧侣贪财好色、伤风败俗的丑行，暴露了他们口诵弥陀、心藏荆棘的阴险嘴脸，使人们看到被梁武帝定为国教的佛教教会势力的黑暗面。作品还通过对萧梁、东魏、北齐诸国社会矛盾的描写，使人们看到大江南北，到处都有害民的官府。盘剥百姓的豪绅。举朝上下有牛进、周乾、桑皮筋、吴恢、蒋太守、汤思忠、甄雍一类贪官污吏为非作歹、残害无辜，才促发了薛志义、缪一麟、杜伏威等英雄揭竿而起。作者多处赞扬了他们的绿林高义，肯定了这些起义英雄剪戮豪强、济困怜贫、替天行道的合理性与正义性，因而继承了古典小说民主性思想的光彩。
历史在这里只是现实的镜子。作者的用意不是驻足过去，而是指向现实。我们很容易发现，小说的内容是相当明代化的。例如，梁武帝拿问犯人，使唤的竟是明代的特务机关锦衣卫；处人的极刑是跟明代酷刑相一致的剥皮揎草；唱的丽词艳曲，大多是明代特有的民歌俗曲。这种历史失真现象，也表现出《禅真逸史》与明代现实生活的密切联系。所以作品揭露的上述矛盾，正是明代中后期昏君庸主崇释好道，宠用奸佞，朝政腐败，以至外族入侵、危机四起的现实矛盾的反映。《凡例》所谓“欲期警世”者在此，徐良辅序所谓“其间挽回主张，寓有微意”者亦在此。从这种现实性出发，我们可以从中看到明代政治的、宗教的、民俗的、艺术的诸种生活的情状。其间“圣主贤臣、庸君媚子，义夫节妇、恶棍淫娼，清廉(女幸)直、贪鄙奸邪，盖世英雄、么么小丑，真机将略、诈力阴谋，释道儒风、幽期密约，以至世运转移，人情翻覆，天文地理之征符，牛鬼蛇神之变幻，靡不毕具”。这种驳杂斑斓的色调，有助于我们对明代的社会实际生活有更具体、广泛的认识。
应该指出，《禅真逸史》也充塞着不少思想糟粕。它有儒家的忠君思想，纲常名教的教条，顺天知命的天命论观点，也有释、道两家根深蒂固的虚无主义、无为主义，生死轮回、因果报应等等教义，和发源于宗教迷信的神仙法术，真是处处可见，无孔不入，使小说笼罩了一层宗教性的迷雾。不仅如此，作者从儒家的天命观和纲常伦理观念出发，在主要人物身上，鼓吹急流勇退、顺天安命的妥协精神；从道、释二家清心寡欲、委弃红尘的教义出发，安排了修真慕道、飞升霞举的归宿。这样，作品所描述的一场声势浩大的农民起义，就被弓；上一条投降的道路，并以失败而告终。作者对投降主义的沤歌与提倡，集中暴露了作者政治思想的阶级属性。总之，由于《禅真逸史》在思想上把儒、释、道主教合为一体，这就必然给作品带来它们固有的消极思想。
《禅真逸史》出现于明代末期，这时，《三国演义》、《水浒传》、《西游记》、《金瓶梅》等都已相继问世，传统的历史小说、英雄传奇、神魔小说和人情小说的艺术成就，都得到高度的发展。在一个个艺术高峰面前，作者既缺乏才力，又缺乏胆识，不能另辟蹊径，而是力图把传统小说的不同内容和艺术手法融合在一起，兼收并取，渗透综合。所以，从作品反映的南北朝历史背景，从这一百余年发生的历史、社会事件和一系列真实的历史人物来看，自始至终都有浓厚的历史气氛，叙事方式也接近于讲史。它对《三国演义》的一些模仿，也留下了历史小说的印记。