来归，便当推诚相与如青天白日，何自怀疑而以子为质哉？”乃厚赐其子关而遣之。洪武爷后察其意终是阳附阴叛，心怀二端，乃遣博士夏煜、陈显道谕方国珍道：“福基于至诚，祸生于反复。大军一出，不可以其言释也，尔宜深思之！”国珍始惶惧，对使者谢道：“鄙人无状，致烦训谕。”使者归国，遂遣人谢过，且以金玉饰马鞍辔来献。洪武爷却之道：“吾方有事四方，所需者文武材能，所用者布帛菽粟，宝玩非所好也。”庚子年，洪武爷以方国珍虽以三郡来附，不奉正朔，又遣人谕之。国珍道：“当初奉三郡时，尝请天朝发军马来守，交还城池，不至。今若奉正朔，实虑张士诚、陈友谅来，救援若不至，则危矣。姑以至正为名，彼则无名罪我。况为元朝首乱，元亦恶之，不得已而招我四兄弟授以职名，我弱则不容矣。要之从命，必须多发军马来守，即当以三郡交还。”洪武爷知其心持两端，道：“且置之，俟我克苏州，彼虽欲奉正朔迟矣！”
始初国珍约降之时，原说俟下杭州即当入朝献地，及降了杭州，破灭了张士诚，他仍据境自若；又累假贡献，觇我虚实，又北通扩廓帖木儿，南交陈友定，图为犄角之势。洪武爷累书责其怀奸挟诈，阳降阴叛，且征其贡粮二十三万石，国珍不报。洪武爷遂遣汤和率师讨之，国珍遁入海岛，师劳无功。刘伯温奏道：“方国珍倚海保险，狡黠难制，苟不识沿海形势、港泊浅深、礁巉突兀、避风安岙、藏舟邀击之处，难以避敌扼险、设奇出伏决胜也。臣昔与朱亮祖弟亮元共学，曾出其叔父朱思本《测海图经》示臣，自粤抵辽东边海险要皆注图说，其关阶快捷方式计里画方，确有成算。亮元能熟谙之，此人不可不招致。亮祖亦颇知之。浙东主将，非亮祖莫可任使。”洪武爷复以亮祖为浙江行省参知政事，统领马、步、舟师三万人，开府浙东。有诗为证：万里波涛万里山，山礁突兀千水湾。
图经测海千秋事，亮祖当时镇百蛮。
话说洪武爷听刘伯温之言，命朱亮祖统领马、步、舟师三万人讨方国珍于庆元，弟国瑛、国璋于台州。亮祖领兵攻关岭山寨，一鼓破之，乘胜至天台，县尹汤盘以城降，遂统水陆二军进向台城。方国瑛率劲兵出战，前锋击却之，遂乘山攻打，焚其东门，士卒溃乱不守。国瑛自料抵敌不过，夜从间道出兴善门，以大船载了妻子奔于黄岩县。亮祖入城抚安其民。始初国瑛要遁入海岛，适值国珍入庆元，治兵为城守之计，使都事马克让来谕国瑛坚守地方，国瑛遂据住黄岩县。国珍见势事危急，复结海中大盗来援，又分遣人引日本岛倭入寇。探事人来报瞭亮祖。亮祖遣儿子朱暹同朱忠邀其来路，各领舟师二百人伏于牛头、钓崩两岙。时贼船十余只过昏山，朱暹舟突出占住上风，出其不意，贼船惊散。朱忠兵船四面合围夹攻，标枪毒矢，毙其篙师，又用善伏水之人凿其船底，上攻下凿，贼莫能支。火箭火炮乱施，贼船火发，船底之水又滔滔的滚将入来，再无逃避之处，溺死千余人，生擒二百余人，贼首陈敬、陈仲被我兵拿住，叩头乞命。朱暹责问道：“我父子兵取绍兴，至台州，所向无敌，方国珍兄弟父子不日便要授首，尔敢助贼以挠我师，此是何意？”陈敬、陈仲道：“方殿下以重币金银器皿约我兄弟共退大兵，取台州、绍兴，画江以守，许封我侯爵。”朱暹笑道：“尔等也要图封拜？方国珍剽劫小寇，仅得三州，欲抗王师，若釜中鱼耳。我朱殿下圣文神武，四海属心，应天顺人，舆图并有大半。尔在海上劫掠犹为未足，复党叛贼，欲图侥幸，自来送死，还思求活耶？”敬、仲二贼哀求免死，后当捐躯报德。朱暹叱道：“叛贼逆天，罪宜族灭。”令朱忠领兵押其党，捣彼海岛巢穴，俘其家属，悉来就戮。朱忠至彼，焚毁其巢，械其妻子家属，并虏中积聚，载之以随。敬、仲与妻子对泣，朱暹亦怜之，送父军前，乞赦其死。亮祖谕之道：“胡元乱华，群雄并起，虽海陬奸宄亦蓄异志。尔所从非人，败则为虏。今日至此，万无生理。按军法当分尸枭示方是。我今体上天好生之心，推吾主不嗜杀人之念，当请之主上，待尔不死。”乃亲释其缚，以妻子财物还之。敬、仲二人叩首，愿将财物献上，以完军费。亮祖不受道：“尔得此改心易虑，为浙东布衣，能不负保全之意否？”敬、仲复叩首道：“愚民抗犯王师，自甘天诛。将军有再生之恩，即令赴水火，当捐躯以报，敢再反耶！”亮祖推心以待之。敬、仲感激思奋，对朱暹道：“闻方氏遣使臣厚资礼物，往结海岛，通市倭主，大小琉球、萨摩州五岛，伊岐、对马、多艺等岛借兵，各船集泥湖礁，约定分踪往取苏、杭、常、太、建康等府，夺朱殿下地方。今约日将至，将军须早为之计。”朱暹道：“吾家为元朝经略边海，自广、闽、浙、淮、山东、辽、冀，延海八千五百余里，凡海岛诸山险要，及南北州县卫所、营堡关隘御敌处，各有方略，何惧倭夷百万？我主帅周知地利险夷，各岛出没皆有常处，备御多方，用兵如神，百胜百战。倭夷乌合之众，吾当以计尽剿灭之。”陈仲道：“我等蒙再生之恩，当效死力。”亮祖因问道：“岛中倭主未必齐来，若来，尔有何计待之？”敬、仲对道：“我兄弟往来海岛二十余年，