，立命和尔郭斯驰归讨逆，拿住高和尚及张易与王著，皆弃市。著临刑大呼道：“王著为天下除害，今日虽死，他日必令人纪念，我死也值得了！”王著虽自称除害，然矫令擅杀，不为无罪。
乱已定，世祖已返燕都，还道阿合马等冤死，拟加抚恤。枢密副使孛罗一作博罗。历陈阿合马罪状，方大怒道：“该杀！该杀！只难为了王著。”复命剖棺戮尸，纵犬拖食，人民聚观，无不称快。阿合马家产，籍没充公，复逮其子忽辛一作湖逊。至。忽辛时为江淮右丞，既被逮，敕廷臣杂问，忽辛历指道：“汝等曾受我家钱财，怎么问我？”嗣至参知政事张雄飞，先问忽辛道：“我曾受过你家钱财否？”忽辛答称没有，雄飞道：“如此说来，我应当问你！”遂审实忽辛的罪名，正法伏辜。世祖复闻郝镇党恶，亦令戮尸。还有右丞耿仁，与郝镇同罪，下狱论死。其余奸党，一律罢黜，并汰冗官七百十四人，罢官署二百余所，内外总算一清。
世祖乃加意求治，遣都实一作笃什。穷探河源，命郭守敬定授时历，焚毁道书，创始海运，诏诸路岁举儒吏，蠲免燕南、河北、山东逋赋。招衍圣公孔洙，为国子祭酒，提举浙东学校，统是一时美政，传播人口。
忽有闽僧上言，报称土星犯帝座，防有内变。世祖本尊崇僧侣，曾拜拔思巴为帝师，皈依释教。至是闻闽僧告变，自不免迷信起来。且因平宋以后，江南多盗，漳州民陈桂龙及兄子陈吊眼，起兵据高安砦。建宁路总管黄华，叛据崇安、浦城等县，自号头陀军，称宋祥兴年号，福州民林天成，也揭竿相应。又有广州民林桂方、赵良钤等，拥众万余，号罗平国，称延康年号。虽经诸路元帅，剿抚兼施，或杀或降，然大势尚未平定。各处小丑未为小害，故随笔略过。自闽僧告变后，复闻有中山狂人，自称宋主，有众千人，欲取丞相。京城亦得匿名揭帖，内言某日烧蓑城苇，率两翼兵起事，定卜成功，愿丞相无忧等语！先是帝顯被虏，至燕京，降封瀛国公，令与宋宗室大臣，寓居蓑城苇。既得揭帖，乃将蓑城苇撤去，迁瀛国公及宋宗室至上都。疑丞相为文天祥，有旨召见。
天祥初入燕，至枢密院，见使相孛罗。孛罗欲使拜，天祥长揖不屈，仰首自言道：“天下事，有兴有废，自帝王以及将相，灭亡诛戮，何代没有？天祥今日，愿求早死！”孛罗道：“汝谓有兴有废，试问从盘古至今，有几帝几王？”天祥道：“一部十七史，从何处说起？我今日非应考博学鸿词，何必泛论？”孛罗道：“汝不肯说兴废事，倒也罢了，但汝既奉了主命，把宗庙土地与人，何故复逃？”天祥道：“奉国与人，是谓卖国，卖国的人，只知求荣，还愿逃去么？我前除宰相不拜，奉使军前，即被拘执，已而贼臣献国，国亡当死；但因度宗二子，犹在浙东，老母亦尚在粤，是以忍死奔归！”侃侃而谈，纯是忠孝。孛罗道：“弃德祐嗣君，德祐系帝顯年号。别立二王，好算得忠么？”天祥道：“古人有言，‘社稷为重，君为轻。’我别立君主，无非为社稷计算！从怀、愍而北，非忠，从元帝为忠；从徽、钦而北，非忠，从高宗为忠。”孛罗几不能答。忽又道：“晋元帝、宋高宗，皆有所受命，你立二王，并非正道，莫不是图篡不成？”天祥大声道：“景炎帝昰年号。乃度宗长子，德祐亲兄，难道是不正么？德祐去位，景炎乃立，难道是图篡么？陈丞相承太皇命，奉二王出宫，难道是无所受命么？”说得孛罗面赤颊红，变羞成怒道：“你立二王，究有何功？”遁辞知其所穷。天祥道：“立君所以存宗社，存一日，尽臣子一日的责任，管甚么有功无功？”孛罗复道：“既知无功，何必再立？”天祥亦愤愤道：“汝亦有君主，汝亦有父母，譬如父母有疾，明知年老将死，断没有不下药的道理！总教吾尽吾心，才算无愧，若有效与否，听诸天命！天祥今日，一死报国，便算了事，何必多言！”义正词严，足愧孛罗。
孛罗即欲杀天祥，还是世祖及廉、许各大臣，悯他孤忠，不欲用刑。至谣言迭起，召谕天祥，要他变志事元，即拜丞相，天祥答道：“天祥系宋朝宰相，不能再事二姓，请即赐死，便算君恩！”世祖心犹未忍，麾之使下，经孛罗等进谏，不如从天祥志，免生谣诼，世祖乃下诏杀天祥。
天祥被押至柴市，态度从容，语吏卒道：“吾事毕了。”南向再拜，乃就刑，年四十七岁。忽又有诏敕传到，令停刑勿杀，事已无及。返报世祖，并呈天祥衣带赞，大书三十二字，分作八句。看官记着，首二句是：“孔曰成仁，孟曰取义；”中二句是：“惟其义尽，是以仁至；”末四句是：“读圣贤书，所学何事？而今而后，庶几无愧！”世祖连读连叹，且太息道：“好男子！好男子！可惜不肯为我用，现已死了，奈何！”能令雄主赞惜，毕竟忠义动人。乃赠天祥卢陵郡公，谥忠武。命王积翁书神主，设坛祭醊。饬孛罗行奠礼。孛罗方临坛奠爵，忽然狂飚大作，烛灭烟销，上面摆着的神主，好似生有两翼，陡然腾起，卷入云中。此事见诸正史，并非作者捏造。孛罗大惊，乃令改书神主，写着前宋少保右丞相信国公数字，仓皇祭毕，天始开霁。燕京人民，相率骇异。
天祥卢陵人，所居对文笔峰，因自