时召对，多合帝心，乃擢为礼部侍郎。毕竟鸿都幻术，不能亲致红妆，春风桃李，秋雨梧桐，触景无非惨象，多忧适足伤身，是年八月，宪宗寝疾，命皇太子祐樘，视事文华殿，越数日驾崩，享年四十一。太子即位，是为孝宗，谥皇考为宪宗皇帝，尊皇太后周氏为太皇太后，皇后王氏为皇太后，以次年为弘治元年。赦诏未下，即降旨斥诸幸臣。侍郎李孜省，太监梁芳，外戚万喜，万贵妃弟。及私党邓常恩、赵玉芝等，俱谪戍有差。并罢传奉官二千余人，夺僧道封号千余人，宫廷一清，乃大赦天下，随立妃张氏为皇后。鱼台丞徐顼，疏请上母妃尊谥，并追究薨逝原因，孝宗饬群臣会议，或言宜逮万氏亲族究治。万安已擢为大学士，闻著廷议，惶急的了不得，忙对群僚道：“我、我久与万氏不通往来。”群僚皆相顾窃笑。有何可笑？恐大众多是如此。幸孝宗天性仁厚，恐伤先帝遗意，尽置不问，万安才得无事，方在欣慰，不意过了数日，太监怀恩到阁，手持一小木箧，付与万安道：“皇上有旨，这岂是大臣所为？”万安尚莫名其妙，发箧后见有小书一本，末尾署着臣安进三字，系是从前亲笔所写，才忆当日隐情，不禁愧汗浃背，俯伏地上。庶吉士邹智，御史姜洪、文贵等，正在阁中，窥见书中所列，俱系房中术，遂哄堂散去。怀恩亦回宫复旨，万安仰首起来，见阁中已无一人，慌忙起身趋归。越二日宣安入朝，令怀恩朗诵弹章，起首署名，就是庶吉士邹智等人，读至后来，都开列万安罪状。安尚磕头哀求，毫无去志。恩读毕，走近万安身前，摘去牙牌，大声道：“速去速去，免得加罪！”安始惶遽归第，乞休而去。实是便宜。
孝宗尝悲念生母，遣使至贺县访求外家，终不可得。其后礼臣上言，请仿太祖封徐王故事，拟定母后父母封号，且立祠桂林，春秋致祭。一面追谥生母纪氏为孝穆太后，有旨允准，并答复礼部道：
孝穆太后，早弃朕躬，每一思念，惄焉如割。初谓宗亲尚可旁求，宁受百欺，冀获一是，卿等谓岁久无从物色，请加封立庙，以慰圣母之灵。皇祖既有故事，朕心虽不忍，又奚敢违？可封太后父为庆元伯，母为伯夫人，立庙桂林府，饬有司岁时致祭，毋得少懈，以副朕报本追源之至意！
大学士尹直，奉旨撰册文，有云：“睹汉家尧母之称，增宋室仁宗之恸。”孝宗记在心中，每当听政余暇，回环诵此二语，往往欷歔泣下。又因宪宗废后吴氏，保抱维谨，具有鞠育深恩，一切服膳，概如太后礼，这也可谓孝思维则了。允宜褒扬。
且说宪宗末年，所用非人，当时有纸糊三阁老，泥塑六尚书的谣传。三阁老指万安、刘翊、刘吉，六尚书指尹祎、殷谦、周洪谟、张鹏、张蓥、刘昭，这九人旋进旋退，毫无建白，所以有此时评。及孝宗即位，励精图治，黜佞任贤，起用前南京兵部尚书王恕，为吏部尚书；进礼部侍郎徐溥，为礼部尚书，兼文渊阁大学士；擢编修刘健为礼部侍郎，兼翰林学士，入阁办事；召南京刑部尚书何乔新，为刑部尚书；南京兵部尚书马文升，为左都御史；礼部侍郎邱濬，进大学衍议补一书，得赉金币，下诏刊行，寻升为礼部尚书；令徐溥专理阁务；逮梁芳、李孜省下狱，孜省瘐死，梁芳充戍，流邓常恩、赵玉芝等至极边，诛妖僧继晓，所有纸糊泥塑的阁老尚书，淘汰殆尽。
惟刘吉尚存，右庶子张昇，上疏劾吉，说他口蜜腹剑似李林甫，牢笼言路如贾似道，应即予罢斥等语，未见俞允。庶吉士邹智，进士李文祥，监察御史汤鼐，又交章弹劾，鼐尤抗直，疏中所陈，不止刘吉一人，连王恕、马文升等所为，亦具有微词。廷僚未免忌鼐，吉更衔恨刺骨，御史魏璋，系吉私人，密受吉命，日伺鼐短。适寿州知州刘槩，馈鼐白金，并遗以书云：“梦一人牵牛陷泽中，得君手提牛角，引牛出泽。人牵牛，适象国姓朱字，大约是国势将倾，赖君挽救，因有此兆。”鼐得书甚喜，宣示友人。沾沾自足，适以取祸。璋闻风得间，遂劾鼐妖言诽谤，致逮入狱。槩亦连带被系。刘吉且诬鼐私立朋党，与邹智、李文祥等，统是一鼻孔出气，于是智与文祥亦坐罪。御史陈景隆等，与璋为莫逆交，希附吉意，奏请一体加刑，幸刑部尚书何乔新，及侍郎彭韶，坚持不可，王恕亦上疏申救。不念被劾之嫌，王恕不愧恕字。乃将鼐、槩戍边，邹智、李文祥贬官，魏璋反得擢为大理寺丞。惟刘吉以鼐等获生，都是何乔新主持，恨恨不已。会乔新外家与乡人争讼，遂暗唆御史邹鲁，劾奏乔新受贿曲庇。乔新知系刘吉挟嫌，拜疏乞归，既而穷治无验，邹鲁停俸，乔新竟致仕不起，刑部尚书一职，即由彭韶代任。吉复倾排异己，奏贬御史姜洪、姜绾，诬陷南京给事中方向等，中外侧目，呼他为刘棉花，因他屡弹屡起的缘故。
只是日中则昃，月盈必亏，从古无不衰的显宦，亦无不败的佞臣，可作达官棒喝。刘吉造言生事，免不得为孝宗所闻。渐渐的减损恩宠，吉尚恋栈不休。孝宗后张氏，系都督同知张峦女，册妃后，伉俪甚欢。及张氏进妃为后，父峦得封寿宁伯，峦卒，加赠昌国公，子鹤龄袭封侯爵，还有鹤龄弟延龄，未曾晋爵，孝宗亦拟加封，命吉撰诰券，吉请尽封周、王二太后家子弟，方可挨及后族