拟奏，与吏部无涉。”居正闻言，很是忿恨。又浼冯保传旨，责瀚久不复命，失人臣礼，勒令致仕。于是一班趋炎附势的官员，陆续上本，请留首辅，奏中大意，无非把移孝作忠的套话，敷衍满纸。移孝作忠四字，岂是这般解法。居正再请终制，有旨不许。又请在官守制，不入朝堂，仍预机务，乃邀允准。连上朝都可免得，是居正死父，大是交运。居正得遂私情，仍然亲裁政务，与没事人一般。
会值日食告变，编修吴中行，及检讨赵用贤，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝等，应诏陈言，均说居正忘亲贪位，炀蔽圣聪，因干天变云云。居正得了此信，愤怒的了不得，当下通知冯保，教他入诉神宗，概加廷杖。大宗伯马自强，急至居正府第，密为营解。居正见了自强，略谈数语，便扑的跪下，带哭带语道：“公饶我！公饶我！”自强正答礼不迭，忽闻掌院学士王锡爵到来，居正竟踉跄起身，趋入丧次。锡爵径至丧次中，晤见居正，谈及吴、赵等上疏，致遭圣怒等事。居正淡淡的答道：“圣怒正不可测哩。”锡爵道：“圣怒亦无非为公。”语尚未讫，居正又跪倒地上，勃然道：“公来正好！快把我首级取去，免致得罪谏官！”一面又举手作刎颈状，并道：“你何不取出刀来？快杀我！快快杀我！”好似泼妇撒赖。锡爵不防到这一着，吓得倒退倒躲，一溜烟的逃出大门去了。马自强亦乘势逃去。隔了数日，吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍讲于慎行、田一儁、张伭、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等，具疏营救，俱被冯保搁住。进士邹元标，复上疏力谏，亦坐杖戍。南京御史朱鸿模，遥为谏阻，并斥为民。且诏谪吴、赵、艾、沈四人，吴中行、赵用贤即日出都，同僚相率观望，无一人敢去送行，只有经筵讲官许文穆赠中行玉杯一只，用贤犀杯一只，玉杯上镌着三语道：
斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气，追追琢琢永成器。
犀杯上镌着六语道：
文羊一角，具理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
古人说得好：“人心未泯，公论难逃”，为了居正夺情，各官受谴等事，都下人士，各抱不平。夤夜里乘人不备，竟向长安门外，挂起匿名揭帖来。揭帖上面，无非是谤议居正，说他无父无君，迹同莽、操。事为神宗所闻，又颁谕朝堂道：
奸邪小人，藐朕冲年，忌惮元辅，乃借纲常之说，肆为诬论，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，兹已薄处，如此后再有党奸怀邪，必从重惩，不稍宽宥，其各凛遵！
这谕下后，王锡爵、于慎行、田一儁、沈懋学等，先后乞病告归。既而彗星现东南方，光长竟天，当下考察百官，赵志皋、张袴、习孔教等，又相继迁谪，算作厌禳星变的计画，这正是想入非非了。越年，神宗将行大婚礼，令张居正充纳采问名副使。给事中李涑，奏称居正持丧，不宜与闻大婚事，乞改简大臣。神宗不允，传皇太后谕旨，令居正变服从吉，居正遂奉旨照办。等册后礼成，方乞归治葬。神宗召见平台，特赐慰谕道：“朕不能舍去先生，但恐伤先生孝思，不得已暂从所请。惟念国事至重，朕无所依赖，未免怀忧。”居正叩首道：“臣为父治葬，不能不去，只乞皇上大婚以后，应撙节爱养，留心万几。”说毕，伏地恸哭。恸哭何为？无非要结人主。神宗亦为之凄然，不禁堕泪道：“先生虽行，国事尚宜留意。此后倘有建白，不妨密封言事。”居正称谢而起，进辞两宫太后，各赐赆金，慰谕有加。
居正归后，神宗复敕大学士吕调阳等，如遇大事，不得专决，应驰驿至江陵，听居正处分。既而由春入夏，又有旨征令还朝。居正以母老为辞，不便冒暑北行，请俟秋凉就道。神宗又遣指挥翟汝敬，驰驿敦促，更令中使护居正母，由水道启行。居正乃遵旨登程，所经州县，守臣多跪谒；就是抚按长吏等，亦越界送迎，身为前驱。及到京师，两宫又慰劳备至，赏赉有加。居正母至，概照前例。惟吕调阳自惭伴食，托病乞休，起初未蒙俞允，至居正还朝，再疏告归，乃准令致仕，解组归田去了。还算有些气节。
是时神宗已册后王氏，伉俪情深，不劳细说。独李太后以帝已大婚，不必抚视，仍返居慈宁宫，随召居正入内，与语道：“我不便常视皇帝，先生系国家元辅，亲受先帝付托，还希朝夕纳诲，毋负顾命！”居正唯唯而退。嗣是居正格外黾勉，所有军国要政，无不悉心筹画。内引礼部尚书马自强，及吏部侍郎申时行，参赞阁务，外任尚书方逢时，总督宣大，总兵李成梁，镇抚辽东。方逢时与王崇古齐名，崇古内用，逢时专任边事，悉协机宜。李成梁骁悍善战，屡摧塞外巨寇，积功封宁远伯，内外承平，十年无事。
居正又上肃雝殿箴，劝神宗量入为出，罢节浮费，复尽汰内外冗员，严核各省财赋。只神宗年龄搒长，渐备六宫，令司礼监冯保，选内竖三千五百人入宫，充当使令。内有孙海、客用两奄竖，便佞狡黠，得邀宠幸，嘉靖、隆庆两朝，非无秕政，而中官不闻横行，良由裁抑得宜之故。至此又复开端，渐成客、魏之弊。尝导神宗夜游别宫，小衣窄袖，走马持刀，仿佛似镖客一般。既而出幸西城，免不得饮酒陶情，逢