至安南，将印掷还。会安南有内乱，系广南王后裔阮福映自逞罗入国，灭了阮光平，恢复旧国。此时见清朝的文书，惟恐清朝兴师前来问罪，遂一面声明此事是阮光平父子所为，一面上表入贡。嘉庆见表，恐罪非其主，遂封他为越南国王，令严惩海寇。福映接旨，遵照办理。无奈海寇一时难以扫尽。
内中有两个寇首，一个叫蔡牵，一个叫朱濆，号召群寇，把闽海口岸作出没根据。又结通陆地上教徒，暗济枪械，猖獗万分，官兵都无可如何，只有李长庚还能与他对战。嘉庆帝知长庚忠勇可嘉，遂升他为闽省提督，后又调任浙江，与巡抚阮元甚为投契，即筹款十数万，置造大船数十只，铸大炮四百尊，向各船配搭。每日向海岸往来游弋，败蔡牵于岐头东霍等洋，擒张如茂，兵威大振。后蔡牵被长庚剿得无路可逃，赍银至闽督王德处乞降。闽督见了数万银子，如见父母一般，遂遣人前来招抚。长庚明知蔡牵不是真降，况且是闽督招抚，不能作梗，只得叹息而退。哪知蔡牵经此一庇，遂暗暗将船修好，粮米装足，又暗地买通奸商，叫替制造一只大船，装好货物，只说装货出口，哪知一出口，即交蔡牵，牵得了船，即扬帆而去，横行海上，与朱濆合势，再犯温州。温州总兵胡振声率不整不齐水师出来抵御，被蔡、朱一挥，化为齑粉，连胡振声也入水中矣。
蔡、朱回舟入闽，闽中无一人敢前来抵敌。嘉庆帝闻知，遂命长庚总统闽浙水师。长庚奉命，遂将温州海坛二镇水师为左右翼，昼夜操练。于嘉庆九年，向马迹洋出发。至冬月，败朱濆于甲子洋。次年春，又败蔡牵于青龙港。蔡牵屡败屡愤，索性
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聚集百余艘，东犯台湾，并结岸上土匪，侵犯府城，自称镇海王，全台大动。闽督王德飞奏朝廷，嘉庆帝忙饬成都将军德楞泰，佩钦差大臣印，调四川兵三千赴剿。将军赛冲阿为副，分兵两路。两将军尚未出境，李长庚已至台湾。他见鹿耳门被阻塞，遂向他处寻出小港，港名安平，直通府城，急令总兵许松年、王得禄驾小舟率兵潜进，自督大队守住南北两汕要隘，以截蔡牵归路。蔡牵只道总门塞断，只顾放心前进，不想许、王两人率兵由间道攻进，直前进剿。蔡牵分兵御之，每战皆败，人数船只损失甚巨。料台湾难拔，想从北汕逃走。将要出口，见口岸有大船无数，塞住出路，遥望一只大舰上立一大将，手执大令，如天神相似。仔细一看，正是那百战百胜浙江提督李长庚，遂叹一声道：“遇此公，吾无命矣。”谁知陡然起阵怪风，兵士站立不住，蔡牵趁此逃走，一出海口，哪里挡得住，仅夺了数十号战船。哪知嘉庆帝昧着良心，说他纵贼远扬，旨下摘去他翎顶，德楞泰等一律退回。长庚大愤，复率部众力剿。
退至福宁岸上，无一兵夹击，蔡、朱见长庚势孤，合兵来攻，被长庚猛力杀退。牵遂与朱濆分窜浙江定海。长庚跟追，专击牵舟，牵受创又退。旨下复长庚翎管，庚方稍安。不料浙抚阮公丁忧去任，长庚抚膺叹息。部众曰：“阮公虽去，何患无人，现闽督王公，不比阮公犹胜乎？”长庚道：“不要提起王公还可以，吾自出师以来，多亏阮公；若王公，连一样也做不到。”
不料闽督王德激起众怒，遂群起促长庚据实列奏。嘉庆帝明白如镜，将王德革职拿问。另命阿林保继任。不料去一个坏的，又来一个丑的，真是患无已时了。阿林保到任，又与长庚不合，不到一月，弹劾三次。皇上心疑，留中不发，密令浙抚清安泰查复，虽不及阮公，也不甚糊涂，把长庚海上情形统笼起来，具表奏闻。嘉庆本是明君，一见此表，即知阿林保忌功，遂下
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旨督责阿林保，倘再忌功诬劾，王德就是你镜子。命长庚督造大船三十只，长庚内无掣肘，外无阻碍，可以得志。不料阿林保受此一责，格外大怒，总要置长庚于死地。长庚正想修理船只，无奈阿林保催战文书，三日一道，五日两封，不许休战，不满一月，下了十数道檄文。长庚叹道：“我不死海贼手，也难逃奸臣手中，看来与贼同死为幸。”遂召集将士，克日出师，凭一股锐气，驶船出港。蔡牵船一见长庚来，望风而逃。追至竿塘，擒获蔡牵侄儿，名叫天来。长庚往来海面，追得蔡牵无路可归，命许松年击朱濆，自己败蔡牵数仗。蔡牵逃至黑水洋，再逃已无路了，只得决一死战。长庚亲自擂鼓，战有两个时辰，牵船上风帆被弹击裂，急令兵士迎风放火，火势炎炎，燔及牵船。不料牵船一声炮响，穿入长庚船中。兵士回头一望，见长庚已跌倒船板上，连忙来救，弹子已中咽喉而死。张见升是阿林保之人。他见长庚死，引军退回，牵乘势逃入安南去了。这信传至京中，嘉庆帝不胜叹息，追封壮烈伯，赐谥忠毅。自此闽督改任方维甸，浙抚复任阮元，命长庚部将王得禄、邱良功升任提督，分领长庚旧部，同心协力，为长庚报仇。
王、邱二提督闻许松年在闽海击死朱渍，濆弟朱渥率众乞降，已立大功，自己恐落后，被人笑无能，遂慷慨誓师，决擒蔡牵。此时牵势日蹙，招集余贼，再入海面，直至定海渔山。
王、邱二人跟追至绿水洋，又被逃脱。二人愤甚，遂议分兵，指定蔡逆进剿。次日，又跟追至黑水洋，不料良