独立，仍与滇、桂军为仇。滇军司令李烈钧与桂军司令莫荣新联络攻龙济光，龙军屡败，甚为惶恐，亟电告政府，说李反抗中央，出兵图粤。乃令龙暂署广东督军，候陆荣廷到任，再行交卸。交卸后，即来京候用。粤中人士，皆愿去龙保乡。自陈宦去川督湘，哪知又被湘人拒绝，自举刘人熙为督军，电请政府任令。中央接电，左右为难，遂召阁员会议，解决湘粤乱事。阁员主张不一，后经段议论，粤事促陆荣廷赴任，湘事从民所请，归刘署理。黎总统应允，随即下令，饬陆赴粤，任刘署湘，湘省无事。惟陆荣廷不愿赴粤；返驻桂林，因帝制派在京，煽惑政府，遂托词告疾。唐继尧、岑春暄亦因祸首未办，时有啧言，政府不得已，遂下申令，严惩罪魁。此令未下时，皆已远扬，及逮捕令下，已久出京，哪能拿获一名。遂由西南抚军长唐继尧等十三人联名布告全国，内中说约法国会，次第恢复，大总统遵约继任，与独立各省宣言相合，其抚军政务等，皆于宣告日撤除，国事政体，悉听元首与国会主持，即电北京。
黎段接电后，加倍欢慰。黎亦即日复电，随又颁正式命令，于是南北统一，此时政府才算有代表全国责任。惟粤东龙、李仍相持不下，后萨镇冰率军航至粤，陆始到任。龙交卸后离粤，李亦退兵。山东民军被张怀芝袭击，愤怒不甘，欲与怀芝死战。
幸国务院派曲同丰来调和，改编军制，归隶中央，始行就绪。
自是各议员齐至京师，重开国会，由八月一日举行，并订一切礼节，此是第二次国会开会。时京中皆道是国会开幕第二次，民国再造第一日。散会后，政府即改定公文程式，并停止觐见大总统礼。另订觐见礼八条，均仿元年例而行，内阁一律就绪，不表。
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且说民国再造，转瞬已近双十节，仍照元、二、三年，行国庆大礼，届期一律举行。至赏功一节，亦分级酬膺。缔造民国，推孙、黄为首，余均按功颁赏，并抚恤死难诸人。清室代表并各国公使均至总统府祝贺，黎总统皆赠勋章，大家皆欢声道谢。于是两院联合开会，商议选举副总统，日期择定十月三十日。遂组织选举总统会，议决五条，届期投票，两院共到七百二十四人，投票毕，揭视，冯国璋得数最多，当选冯为副总统，选举会咨照黎总统。黎即电达冯，令仍兼江督，内外及各省均来电道贺。忽接黄上将兴讣闻，竟于十月三十一日病殁沪上。黎总统即下令抚恤从优，以表殊勋，特给治丧费二万，着江苏省长齐耀琳妥为办理，又派王芝祥来沪致祭。此事办毕，忽由日本医院接封川督蔡锷讣音。原来松坡督川时，政务终不就绪，自己吃点心苦，旧病复发，遂离川赴日本福岗医院就医。
起初尚有效，后来日渐沉重，竟至十一月八日，由福岗医院来电译出时，乃是蔡松坡死信。中国人士无不叹息。黎接电，亦下令交院从优议恤，亦给治丧费二万，俟灵柩回国，再派员往祭，着驻日公使章宗祥妥为照料。此令一下，全国皆知。及灵柩回国，返乡归葬、依国葬例办法，不必再表。
且说段祺瑞主持国柄，拥护黄坡，外面甚好，内里无端黑幕，遂令府院两面生出恶感，幸徐世昌出为调解，将两方免职，才算了事。以下如浙督吕公望免职、杨善德督浙、中美借款、中日交涉各案，皆不细述。惟驻京德使，忽来一通牒，内言德政府要采用海上封锁策。政府为此一事，很费难为，照公法上论，德国不应为此。曾经美政府抗议、段总理要仿行，遂再三怂恿黎总统，饬外交部拟定复文，向德抗议。哪知复文去后，德竟不理。即开国务会议，与德绝交，黎总统不肯绝德，遂致段总理动气，不别而行，竟向天津去了，并遣人上书辞职。黎
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总统乃亟请冯副总统设法挽留。国璋道：“除非与德绝交，或可挽留。”国璋又说绝交种种的利益。黎总统道：“倘能如此，你去一行。”国璋遂乘车赴津。至晚果同来，径至总统府，商议一切，即发电各国，令各使探明，皆说我国能绝德，将来条约能更改，自是黎、段才表同情。于是国会议员，有对德抗议的，有反对绝德的，有请政府中立的。到三月九日，段总理及阁员请两院讨论绝德宗旨，遂用投票表决，同意票得多数，即表示通过。绝德案决定，正拟草定照会，提交德使，不料德使照会先送至外交部。段总理见照会中虽有保护航业示意，但封锁战略仍不肯取消，我所提出抗议，终归无效，只好绝交，遂缮好照会，请黎盖印，随即发交德使，并发护照，送他出境。
一面电达驻德公使颜惠庆，向德政府索取护照回国。复下一令，颁布各省长官，照现行国际公法办法施行。
此令一下，德使辛慈卸旗回国，各埠领事亦相继出境。遂欲加入各国协约团，提出宣战问题。黎不肯，致使府院生嫌。
川省又一小变，将罗调京，将刘免职，川患始息。惟段祺瑞一心对付外交，定要与德宣战。遂电各省督军都统赴京会议，解决宣战问题。及各督到来，开军事会议，由段主席，即言对德非战不可，各督军皆是武将，均表赞成。段即报知黎总统，即日咨行。黎即着段代拟咨文。段出府，竟遣秘书拟稿，送交总统府盖印，即送交议院表决。谁知议院正待