米做生活，实在可怜。你们受我一拜，此后不患无饷。”毛文龙道：“督师此言，是使将士集怨本帅矣。数年来饷项虽单，本帅未尝克扣一点军饷，不知督师何出此言？”袁崇焕道：“本院节制四镇，以登莱天津本是个要地，请设东江饷部，钱粮由宁远运至。昨与贵镇相商，并议设道缺查核钱粮，俱不蒙允许。贵镇果属何心？”文龙道：“东江钱粮向由本帅自管，尚多阻压。今若由宁远转运而来，必更多梗塞。在贵督师忠于国家，或能源源接济，但数年来已几换蓟辽总督，恐继督师之后者不知督师好心，压抑本帅军粮，反而有碍大局。此本帅不得不拒，督师岂因此便疑本帅耶？”
袁崇焕道：“贵镇那里是作此想，不过目无法令罢了。但目无本院犹自可，方今天子神武，稔知贵镇一片横悍，也容不得你。你若不信时，且把个利害给你看。”说着把上方宝剑提出来，两军皆为变色。毛军的将士见袁督师已带上方宝剑，只道是朝廷命他来杀毛文龙。且文龙在事前又不知有此意外，故不曾防备，因此部下将士俱不敢置喙。时毛帅已心惊，仍说道：“本帅多负功劳，乃得荐升重镇。向不曾受过天子半点罪责之言，虽小人进谗，饷源见阻，军心咸怨，本帅仍是勤劳边备，抚慰军心。本帅是个武夫，或有不谙礼节得罪上官，惟自问于筹边责任可告无罪。若说本帅是悍臣，目无诏命，怕当粮道困难军心积怨之时，本帅以十万之众反军而西，已不复北面称臣了。但本帅并无此心。今难道因阻设东江饷部，便贻督师罪责不成？”袁崇焕道：“你文龙欺君罔上，屠戮辽民，残破高丽，变人姓名，你罪大矣。尚有何说？”
毛文龙道：“哪件是欺君罔上，我不懂得。只是辽民通敌寇边，我诚杀之。高丽助敌兴师，我诚破之。至若更人姓名，不过羁縻将士，冀以得力。若以是责本帅，本帅知罪。”袁崇焕道：“你尚有得强辩？年来递上朝廷凡劾你的折章，到本院面前凡控你的禀稿，已多了，难道皆是诬你的不成？”文龙道：“既然如此，文龙解任回京，与贵督师对质。”袁崇焕听了大怒道：“你道你可欺瞒朝廷，可与本院相抗耶？”说着便指挥左右，将文龙拿下。时毛永义进道：“昔楚杀得臣而文公喜，秦留孟明而襄公惧。败兵之将尚且如此，今若杀毛帅，敌人闻之必喜。此后谁可继任？愿督师为大局一想。”袁崇焕道：“你们只道本院是个书生，不知本院是个首将。今日杀了文龙，本院若不能恢复辽东，愿偿他命。”毛文龙道：“权臣在内，边将不容易立功。文龙数年已受许多委曲，督师虽有才能，怕恢复辽东，说不得这般容易。”袁崇焕至此，益怒不可遏。左右仍有欲替文龙说情，袁崇焕愤然道：“文龙罪恶滔天，本院若误杀了他，愿试上方以偿他命。”说了便西向叩请王命，立令把文龙斩首。文龙明知辩亦无益，惟有俯身受刑。不多时便押文龙至帐外，斩首缴令。
时毛军部下人心汹涌，皆替文龙不平。但袁督师早已预备，各营围绕严肃，终不敢动。袁崇焕见人心如此，恐久后有变，尽要笼络军心，便令厚葬文龙尸首。一面亲自设祭，并语将士道：“昨杀文龙是国法，今祭文龙是交情。”说罢大哭，军士亦有为之感泣者。后人有诗，单咏杀毛文龙一事的。
诗道：
纵横海外称骄悍，镇慑辽边号将才。
功罪未明头已断，只留公论付将来。
自文龙被杀，江浙人统替文龙呼冤，广东人又统赞袁崇焕执法，至今还没有定论。但文龙本有罪，只惜当时除了文龙已没有可以备边之人，亦不无可叹。
今话休烦絮，单表袁崇焕既杀了文龙，便下令只罪毛文龙一人，余俱不究。又以毛文龙之子毛承禄领兵一协，同守旅顺。袁崇焕杀其父用其子，本欲安抚众心，惟文龙手下几员健将，如吴三桂、耿仲明、尚之信、白遇道、曹变蛟五人，见主将已经被杀，自己恐难免罪，都互相计议欲奔建州，以保生命。吴三桂先道：“毛帅立许多大功且不能免，何况我们？今督师虽说其余不问，不过为眼前安慰人心之计，恐事后见罪，又将奈何？”耿仲明道：“吴公之言是也。督师威令难测，今若不去，后悔无及矣。”因此各人皆以决计，惟仍看袁崇焕处置皮岛之后令如何，方定行止。不想次日袁崇焕下令，以皮岛隔越难以节制，已奏请不复制帅，令旗鼓官徐敷领兵一协，及副将刘兴祚、陈继盛领兵两协，同守边岛。一面发银十万，赏给岛兵。凡从前改姓毛的，都令复还本姓。自此令既下，吴三桂复谓诸将道：“督师此举，殆欲解散毛帅羽党也。毛帅收罗健卒，改令姓毛，欲认为子侄以收臂助。督师多疑，惧以姓毛故至生为毛帅复仇之心，故有此举。诸君试想，毛帅亲丁众多，杀不胜杀，因令复回本姓。今若我们，各受毛帅重恩，方欲死报，料督师未尝一日去怀，不过惧目前有变，暂不敢发耳。我们今日若不图自全，此后将无葬身之地矣。”说罢诸将大哭。时只有耿仲明在旁，即进道：“君言是矣。毛帅以我们五将现分守各要道，毛帅独镇皮岛。今皮岛且不复置帅，何况我们所守之地。彼暂不敢撤去我们者，如君所言，惧目前有变耳。彼疑心既重，恐不特裁撤我们兵权，且将购取我们性命矣。”左右道：“毛帅纵