孙皇后低声下气地极尽孝道，侍奉公婆，在高祖的妃嫔跟前，竭力替太宗分辨，解释嫌疑。
后来太宗登位，立为皇后，服饰甚是朴素。太宗虽不喜欢，但也不能勉强她。皇后在梳头洗脸的时候，也手中捧着书本儿不肯放的。太宗有时跟皇后说起天下大事来，皇后便推说牝鸡司晨，是国家的大忌。太宗故意问她朝延的事体，皇后终不肯回答。皇后的哥哥长孙无忌，和太宗原是患难的朋友，做了唐朝的开国元勋。太宗欲拜无忌为丞相，和皇后商议着，皇后再三劝说不可。她说道：“妾托体紫宫，尊贵已极，不愿私亲占据权势，如汉朝的吕后、霍后，使万世之下，受人唾骂。”后生太子承乾，乳母请皇后加多东宫的什器。皇后说道：“太子只患无德与名，器何请为？”皇后到病危的时候，太子请父皇大赦天下，又请僧道做法事，替皇后拔除灾难。皇后说：“死生有命，非人力所支，若修福可延寿，吾不为恶；若行善无效，我尚何求。况且赦令是国家的大事，佛老是异教，高祖所不为，岂宜以吾乱天下法。”太宗听皇后说话有理，便也罢了。皇后平时读书，常采古妇人事，着成《女则》十篇。死后，太宗使宫中妃嫔，人人抄读。
皇后死后，葬在昭陵。太宗皇帝，日夜想念不休，便在宫中后苑，造一座高台，称作层观，太宗常常独自登台，从台上望见昭陵。有一天，魏徵有要事进宫面奏，太宗皇帝正站着台上落泪！便召魏徵上台来，太宗拿手指着昭陵说道：“丞相可看见那座陵寝吗？”魏徵睁大了眼睛，伸长了颈子，向宫墙外望去，望了半天，连连摇着头说道：“臣目力眊昏，实未能见。
”太宗又举手指着昭陵说道：“那边高高的不是长孙皇后的陵寝吗？”魏徵便说道：“臣认为陛下望先帝的陵寝呢？若说娘娘的陵寝，臣也早已望见了。”一句话点醒了太宗，便和魏徵拉着手，走下台来。从此太宗也不上层观去了，吩咐把这层观毁去，自己却天天临幸延庆宫。
杨妃见太宗想长孙皇后想得厉害，百般劝慰，也不能解他的悲怀。便也假装作佯嗔薄怒，对太宗总是冷冷的。太宗却诧异起来，反把自己的伤心丢开，温存慰问。杨妃流着泪说道：“如今娘娘去世，使万岁如此想念，这全是娘娘在世时候，贤德贞淑，去世后叫人忘却不得。如贱妾辈命薄早寡，故主死后，又不能矢志守贞。莫说死后风光，便是活在世上，也多得被人轻贱；臣妾愿陛下早赐一死，免得在世使故主蒙羞。”几句话说得娇弱可怜，不由太宗皇帝不动了怜惜之念！忙把杨妃揽在怀里，百般劝慰，才见杨妃回嗔作喜。太宗心中实在宠爱杨妃，想如今皇后去世，中位已虚，不如把这杨妃升入正宫，也可博得美人的欢心。当时便把这意思对魏徵说了，魏徵再三争论，说杨妃有辱妇节，陛下须为万世家法，万不可使失节妇人，母仪天下，使天下人笑陛下为荒淫之主。且陛下更不可以辰赢白果，几句话十分严正。太宗见丞相反抗，便也只好死了这条心肠。又因杨妃常常提起齐王，尚未立后，便下诏把杨妃的亲子曹王明，立作海陵郡王元吉的嗣子，又把海陵郡王追封作巢刺王。
这时天忽大旱，有十个月不曾下雨，京师一带地方，田稻枯死。太宗也曾几次驾临天坛求雨，雨终不至。有司天台右丞李百药奏称因宫中阴气郁结，宫女太多，足以致早；宜多放宫女，宣泄其气，则甘雨可至。太宗依奏下诏，宫女年在二十五岁以上者，从优资给，放令出宫婚嫁。内宫奚官局常侍，奉旨简出三千多宫女，放令出宫。太宗又虑有冤狱，致上违天和，便下诏亲御太和宫审囚。那刑部尚书奉旨，便把那御监内的男女犯人，一齐提进宫去，听候太宗皇帝复审。
这一日武库中把大鼓移设在宫门外，待天色微明，内侍上鼓楼，挝鼓一千声，宫门大开，男女囚徒，从两廓鱼贯俯伏进宫，排列在丹墀下。太宗全身朝服，升上宝座，由刑部左右仆射喝名，那犯人一一上去叩见天颜，遇有可疑的形迹，太宗便详细审问，从辰牌时审起，直审到午牌，男囚已审完，便开审女囚。第一个女囚崔氏，铁索郎当地由内常侍牵引着上殿来，匍匐在龙座下面。太宗打开案卷来看时，见上面一行字写着“犯妇李庶人瑗姬人崔氏”，太宗不觉心中一动，那李瑗原是庐江王，且是太宗的叔父，只因庐江王谋反，事败身死，全家抄没。王妃崔氏，因不得太宗明诏，至今还拘囚在御监中。当下太宗见了案卷，心中才想起，忙传旨令犯妇抬头，太宗也举目向崔氏脸上一看，由不得他心中荡漾起来。在太宗心中想崔氏是他的叔母，年纪总已半老，且在狱中幽禁多年，必也憔悴不堪的了。待到向崔氏脸上一望时，见左右内侍，把崔氏的脸扶住，看她端庄流丽，丰容盛鬋，眉弯呈秀，唇小含珠，竟是一个少年美妇人。太宗忙下旨说：“崔氏是宗室犯妇，不宜当堂对质。”吩咐快送进后宫去，由宫娥看守着，自己也便退朝回宫。
挨到黄昏时候，太宗便在宣华宫中传崔氏进宫去问话。那崔氏是何等聪明的女子，她见太宗把她送入后廷，知道皇上已动了怜惜之念，进得宫来，便沐浴薰香，百般修饰。太宗这时接近容光，微闻香泽，在灯下相看，愈觉明媚动人。崔氏见了太宗，便在膝